Tal Korem

早产研究论文阴道菌群

基于测序的微生物群落分析方法很容易受到污染，这可能会掩盖生物信号或产生假象。使用对照组进行计算去污染的方法是常规使用的，但不能最佳地利用不同样品的共享信息，也不能处理来自污染或生物材料泄漏到对照组的分类群。近日，哥伦比亚大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，开发出一种高精度去污方法SCRuB（https://github.com/Shenhav-and-Korem-labs/SCRuB），通过结合多个样品和对照的共享信息，可精确识别和清除污染，值得关注。

SCRuB 去污染工具研究论文基础研究疾病分类

阴道代谢物

Nature子刊：孕期阴道代谢物特征可预测早产风险

本研究通过对阴道代谢组学的检测分析，并借助机器学习方法构建预测模型，发现外源性的一些代谢物可能是导致早产的危险因素，而通过阴道部分代谢物特征可以构建早产的风险评估模型。该成果有望在临床上推广使用。

阴道代谢物研究论文孕妇阴道菌群自发性早产

预测模型

通过整合临床和菌群数据，预测1型糖尿病患者的餐后血糖反应

作者通过对1型糖尿病(T1D)患者为期两周的餐后血糖反应(PPGR)的分析开发了T1D患者PPGR的预测模型,其算法整合了大量的参数，数据，该模型在不同的亚群中是稳健的，其能够更准确地预测PPGR，因此可以更好地调整膳食所需的胰岛素剂量，它可以在闭环系统中进一步实施，并可能基于预期低血糖反应的膳食为T1D患者量身定制合理设计的营养干预措施。

预测模型机器学习算法血糖反应胰岛素剂量

新冠疫情

新冠大流行对人类共生微生物的影响（观点）

新冠病毒的全球大流行为人类的生活方式带来了极大的改变。这些生活方式的改变和认知将在很大程度上对人类共生微生物发生长期的、巨大的影响，从而对人类健康带来巨大的影响。近期一篇发表在PNAS的展望，从新冠肺炎本身以及对于人类生活方式的影响等多个角度和层面讨论了新冠病毒流行对于人类共生菌，特别是肠道菌群的影响，以期未来当人类面对新的流行疫情时，充分考虑多个角度的影响，选择更加适合的防控策略和手段。

新冠疫情卫生假说共生菌群其他展望

血液代谢组

Nature：血液代谢物，饮食和菌群是关键源头？

血液中的代谢物与很多疾病存在关联，哪些因素能预测甚至决定这些代谢物的水平？ Nature最新发表了来自以色列魏茨曼科学研究所Eran Segal团队主导的研究，通过机器学习算法，研究了遗传、肠道菌群、临床参数、饮食、生活方式和人体测量学等因素与1251种血液代谢物的关系，表明饮食和菌群是这些代谢物的关键预测因子。这些发现对于深入探究血液代谢物的决定因素和机制，以及开发操纵特定代谢物以改善健康的干预方法，有重要参考价值。

血液代谢组饮食肠道菌群机器学习预测模型

菌群-宿主互作

Nature：挖掘细菌基因多态性与宿主健康

菌株水平的基因差异可能意味着功能上的显著变化。《Nature》近期发表研究，在人类肠道菌群中发现了基因拷贝数多态现象，同时发现结构和丰度存在差异的微生物基因簇与人类宿主健康存在关联。该研究提出的概念和研究方法，有助于在基因功能水平阐释共生菌群与宿主的相互作用，对目前的共生菌群研究有重要参考价值。

菌群-宿主互作宏基因组基因拷贝数多态细菌功能肠道菌群宏基因组

益生菌

Cell：抗生素治疗后，益生菌干预不利于菌群复原

抗生素治疗后常用益生菌来调理菌群失调，但尚不清楚该过程中益生菌在肠粘膜菌群重建中扮演什么角色。Cell刚刚发表来自以色列魏茨曼研究所两位Eran等主导的另一项研究，表明抗生素治疗后的益生菌干预，并不利于肠粘膜菌群和肠道基因表达的复原，而自体粪菌移植（aFMT）可使其快速恢复。这些发现提示，aFMT或个性化益生菌干预，应是抗生素后促进菌群复原的更佳方法。

益生菌抗生素肠道菌群 Mohammad Miri Ramezanali Khamirchi

遗传关联研究

Nature：对菌群的影响，环境大于宿主基因！

# Nature再发菌群分析强文！# 宿主的遗传背景对人类肠道菌群的影响程度一直不甚明了。Nature杂志（IF:40.137）最新发布了以色列魏茨曼科学研究所Eran Elinav & Eran Sega课题组的研究成果，通过一系列遗传学和统计学相关性分析，指出环境因素比宿主基因对肠道菌群结构的影响更加显著，开创性地将“菌群相关性系数（microbiome-association index）”纳入计算模型，利用肠道菌群数据提高对血糖、肥胖等体质特征的预测精度。作者还鲜明提出，通过菌群来改善治疗效果，无须考虑太多宿主遗传背景，可针对人群特征推动。这篇文献具有较强的研究和应用参考价值，非常值得认真看看，特别推荐给大家。

遗传关联研究人类遗传学人肠道菌群 Genetic association study Genetics

昼夜节律

Cell：转录组周期性振荡，受肠道菌群昼夜节律调节

以色列魏兹曼科学研究所的两位Eran大神在今天出版的Cell上的又一力作，话不多说，看文章吧！强烈推荐。

昼夜节律生物钟转录组肝脏解毒 Chad K Porter

肠道菌群

Eran Segal：微生物组研究者，请关注免疫！

肠道菌群免疫系统

NLRP6炎症小体

Cell：菌群代谢产物调节炎症小体，塑造肠道微环境

这是2015年在Cell发表的经典文献，介绍牛磺酸、组胺、精胺等肠道菌群代谢产物如何通过调节NLRP6炎症小体以塑造肠道微环境，这是重要的菌群相关免疫学机制研究，特别推荐阅读！

NLRP6炎症小体肠道微环境代谢产物抗菌肽

宏基因组数据

Science：从“静态”数据获得肠道菌群“动态”信息

这是2015年，Eran Elinav,Eran Segal等人发表在Science的重要生物信息学研究，通过单一宏基因组样品数据的挖掘，找到获知肠道菌群生长速率的方法。很强大，很神奇，值得关注。

宏基因组数据 Purna C Kashyap Yogesh Bhattarai

人工甜味剂

Nature：人工甜味剂伤害小鼠菌群并引起葡萄糖耐受不良

这是2014年发表在Nature上的食品添加剂如何影响菌群并导致葡萄糖耐受不良的研究，这项研究可以与两篇食品乳化剂文献（第一篇：http://www.xunludkp.com/papers/read/1091914540，第二篇：http://www.xunludkp.com/papers/read/1096108812）一起读，必有收获。

人工甜味剂葡萄糖耐受 Lisa Rizzetto Lisa Rizzetto