Se Jin Song

微生物样本保存方法研究论文

病原体感染期间肠道微生物群的变化通常会影响疾病的结局。然而，研究病原体是否会引起微生物群的变化，目前的结论是不一致的。结果显示感染中的变数，而不是感染的单独存在，会塑造病原体-微生物的关系。例如，大多数宿主同时收到多种病原体的感染，并且宿主在感染的时间长短也不相同，这可能会放大或减少针对膜中病原菌的微生物变化。ISME Journal近期发表的文章，显示共同感染和感染持续时间会影响单一病原体对非洲水牛肠道微生物群的作用。表明感染的异质性是理解病原体和肠道微生物群之间关系时需要考虑的重要因素。

感染非洲水牛牛结核病胃肠道线虫

早期菌群紊乱

鸵鸟雏鸟高死亡率或与菌群失调有关

菌群失调导致的肠道、自体免疫疾病在脊椎动物包括小鼠、人类IBD中被充分验证。但我们对于非模型动物的菌群紊乱、个体发育与疾病的关系则知之尚少。最新发表的肠道微生物组文章表明，在鸵鸟这种相对长寿的大型禽类中，出生前三个月的死亡率非常高，或可由肠道菌群紊乱导致。值得思考的是鸵鸟肠道菌群失调的特征、致病共生菌和“有益”共生菌的变化模式与人类相似。或许在进化过程中，致病“肠型”在不同物种间相对恒定？

早期菌群紊乱死亡率相关 Dysbacteriosis Gut microbiota Microbial diversity

发酵食品

发酵植物食品影响人体菌群

Rob Knight课题组在Current Developments in Nutrition期刊发表的研究成果。文章利用肠道微生物组学和代谢组学分析了摄食发酵植物食品带来的肠道菌群差异。研究认为，CLA可能是其中“衔接”发酵食品摄入和肠道菌群的关键代谢物。不同类型的发酵食品对菌群和健康的影响是未来的研究方向。

发酵食品

动物肠道菌群

鸟类和蝙蝠肠道菌群结构类似，或与飞行适应相关

哺乳动物的饮食和宿主系统发育地位，驱动着肠道菌群变化，但这种驱动模式是否适用于所有的脊椎动物尚不清楚。mBio最近的研究中，纳入315种哺乳动物和491种鸟类，分析饮食、系统发育和生理对肠道菌群的作用，发现鸟类和能飞行的哺乳动物-蝙蝠的菌群组成相似性高，在不具备飞行能力的哺乳动物中，饮食和短期进化亲缘关系驱动着微生物组成变化，并且许多微生物物种是特定存在于一种哺乳动物的。但鸟类和飞行类哺乳动物-蝙蝠打破了这种模式，它们的许多微生物在不同宿主间共享，与饮食或宿主的亲缘关系几乎没有相关性。本研究结果提示，对飞行的适应性或破坏了宿主和微生物之间长期存在的共进化关系。

动物肠道菌群饮食进化飞行微生物组

微生物-代谢物互作

mmvec神经元网络算法评估微生物-代谢物的互作

Nature Methods的这篇文章介绍了神经元网络mmvec在多组学研究中的使用。传统的统计学方法过度简化数据，容易造成大量假阳性结果，而微生物组和代谢组数据均为成分性数据，更加剧了分析误差的可能性。作者Rob Knight团队提出的mmvec神经元网络能够通过学习代谢物和微生物同时出现的概率，对代谢物与微生物互作进行评级，并可视化显示分析结果。作者随后对mmvec进行使用验证，证明mmvec在分析效用上显著优于目前常用方法。推荐需要多组学分析研究的读者尝试（https://github.com/biocore/mmvec）！！

微生物-代谢物互作神经元网络算法mmvec I M Moreno I Martín-Carrasco

城市化

Nature子刊：城市化如何影响家庭中的化学物质和微生物群落？

城市化进程对人类的文化和健康都有巨大影响。Nature Microbiology近期发表的一项研究，通过代谢组学和测序分析，评估了城市化对房屋和人体的化学物质暴露和包括细菌、真菌和微真核生物（如：单细胞寄生虫）在内的微生物群落的影响，以及化学物质暴露与微生物群变化的关系。该研究重点分析了真菌群落组成和多样性的变化，发现化学制剂（如清洁剂、抗菌剂）的使用与城市化相关的微生物群改变和室内真菌多样性的增加有关。

城市化环境菌群微生物组人体菌群 Juan José Alba-Linares

宿主-菌群互作

宿主生理和饮食，哪个对菌群影响更大？

ISME Journal发表的一项研究，从演化角度，分析比较了18种灵长目动物的肠道菌群组成，表明影响菌群的主要因素是宿主本身的生理演化，而非宿主食性。该结论与此前的部分研究有所不同，作者也进行了一些探讨。对菌群-宿主互作、菌群-宿主共演化感兴趣的专业人士不妨关注。

宿主-菌群互作灵长类动物微生物组食性

进化

BMCB：人体微生物组的进化（综述）

这是Rob Knight等人在BMC Biology[IF：6.779]发表的重要综述，系统性地总结了人类对自身和微生物组的进化过程的相关研究，横向对比了人类与其他灵长类动物、不同的脊椎动物之间的微生物的差别，提出了人类微生物组进化的可能进程。对关注进化和基因组学的人来说，这篇文章值得好好看看。

进化 Codiversification evolution Habitat filtering Microbiome

肠道微生物组

人类微生物组群的系统发育观点

① 生活在肠道中的数以万亿计的肠道微生物在人类生物学和疾病中起着重要的作用。虽然已经人类已经做了很多工作来探索其多样性，但对微生物群体的充分理解需要一个渐进的过程。② 本综述中，我们将人类群体的微生物群体置于与人类近亲和远缘两种动物亲属的微生物背景下进行了比较。③ 我们讨论了产生宿主特异性微生物组态的潜在机制以及破坏这些机制的后果。④ 我们认为这种更广泛的系统发育观点有助于对理解人类-微生物组群的相互作用机制。

肠道微生物组特异性微生物系统发育 Codiversification evolution

马

SR：圈养改变菌群，唯一未被驯化的野马也不能幸免

普氏野马是唯一尚未被人类驯化的马种，是研究自然状态下野生动物和圈养动物菌群差异的良好模型，这篇文章正是关注于此，值得好好看看。

马普氏野马驯化圈养 Min Han

肠道菌群研究

GB：如何避免菌群研究得到不正确生物学结论？（综述）

最近发表在Genome Biology [IF 11.313]的一篇重要综述，特别提醒大家在研究中需要避免技术上的偏差而导致的不正确的生物学结论，非常好的文章，强烈推荐给大家！

肠道菌群研究 Robert Häsler Philip Rosenstiel

蜜蜂

mBio综述：蜜蜂微生物组

最近有几篇重要的蜜蜂微生物组的综述，这小蜜蜂感觉是研究微生物的良好模型啊。

蜜蜂蜜蜂微生物组

剖腹产

Nature子刊：涂抹产道分泌物，部分恢复剖腹产婴儿菌群

老文分享，今年2月在Nature Medicine发表的重量级研究，再次推荐给大家。

剖腹产顺产阴道菌群 Jeffrey I Gordon Vanessa K Ridaura

尸体分解

Science：我们死后，被哪些细菌分解？

今年1月Rob Knight在Science的“恐怖”之作，结果大概是，不管你死后被埋在哪里，分解你尸体的细菌大概都是类似的。。。

尸体分解微生物群法医死亡时间刑事案件

Science：我们死后，被哪些细菌分解？

今年1月Rob Knight在Science的“恐怖”之作，结果大概是，不管你死后被埋在哪里，分解你尸体的细菌大概都是类似的。。。