Mikhail Kolmogorov

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Mikhail Kolmogorov

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使用HiFi测序有助于识别MAG中的罕见突变

HiFi reads是基于Sequel II平台推出的CCS测序模式产生的兼具长读长和高准确度的测序序列，有利于生成更完整的MAG，也促进了识别潜在的突变位置。近日，美国加州大学圣地亚哥分校在Genome Research发表最新研究，开发了strainFlye流程，通过相关数据集测试证明可以较好地鉴定和分析HiFi reads组装的MAG中的罕见突变，值得相关人员测试。

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宏基因组组装基因组 (MAGs)

Naure子刊：从复杂的菌群中生成谱系分辨率的、完整的宏基因组组装基因组

本研究作者提出了一项原理验证研究，将 HiFi 测序应用于复杂菌群，使用来自寄生虫感染的羔羊的粪便样本的极深测序，并结合来自同一样本的 Hi-C 数据。作者记录并量化了具有 HiFi 读长的 MAGs 组装的改进，并提出了一种称为 MAGPhase 的计算方法来对这些 MAGs中的替代单核苷酸多态性 (SNP) 单倍型进行定相，以提供更精细的样本后代谱系变异分辨率。作者进一步表明，HiFi 组件极大地提高了将移动遗传元件分配给宿主基因组的精度，以及从宏基因组数据推断完整的生物合成基因簇。

宏基因组组装基因组 (MAGs) Hi-C 分箱变异单倍型移动遗传元件长读长

Nature子刊：三代长读长宏基因组序列组装新方法metaFlye

长读长测序技术已大大改善了许多筛选的细菌基因组的组装。但最先进的长读长组装软件，仍然很难装配出复杂的宏基因组数据集。在这里，作者介绍了metaFlye，它解决了重要的长读长宏基因组组装难题，例如细菌组成不均和种内异质性，并表明它可以产生准确且连续的装配。作者使用各种模拟的和真实的细菌群落对其进行基准测试，证明了它比最新的长读长装软件Canu，FALCON，miniasm，OPERA-MS和wtdbg结果都更好。

metaFlye 长读长宏基因组组装细菌基因组 k - mers

Nature子刊：新技术“读云”可获得高质量宏基因组序列

“读云”的核心是采用了微液滴封装技术降低了宏基因组复杂性，之后再结合现有方法测序和新算法组装。这相当于对宏基因组展开了一场“降维攻击”。

宏基因组宏基因组算法微液滴封装新一代测序技术 C Bosetti