Nikos C Kyrpides

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Nikos C Kyrpides

文章数：10篇

Cell：全球RNA病毒组的扩展揭示出新的进化分支

噬菌体在人类肠道微生物组的生态学中具有重要作用，但在参考数据库中的代表性不足。2021年，美国劳伦斯-伯克利国家实验室Nikos C. Kyrpides等人，对11810个人类粪便样本的宏基因组进行大规模的病毒基因组组装，构建了宏基因组肠道病毒目录（包含189680个病毒基因组草图）。近日，Nikos C. Kyrpides联合其他研究人员在Cell发表最新研究，通过挖掘5150个不同的宏转录组，鉴定出超过250万个RNA病毒重叠群，鉴定出2个新的噬菌体门和多个噬菌体纲、目，极大地的扩展了噬菌体的进化分支。总之，目前对全球RNA病毒的采样远远没有达到饱和，未来仍需进一步整合，提高我们对RNA病毒圈的认识。

RNA病毒宏转录组研究论文基础研究病毒组

Nature子刊：CheckV评估宏基因组组装病毒基因组的质量和完整性

本文介绍了CheckV（一种用于评估单重叠群病毒基因组质量的自动化流程），以及从环境数据源中系统地识别出的完整病毒基因组的扩展数据库。作者预计，CheckV将在未来的病毒宏基因组学研究和MIUViG清单所需的质量统计报告中广泛使用，也期望CheckV的完整病毒基因组数据库将成为一个有用的群落资源，其中包含对来自不同环境的大量未开发新型病毒的见解。

CheckV 病毒基因组宏基因组装配数据库重叠群

Cell：挖掘人体菌群中不为人知的小蛋白

受计算机和试验方法所限，小蛋白常因难以检测而研究中被忽视。Cell本期发表的一项重磅研究，通过计算机方法，对人体宏基因组中潜在的小蛋白进行了大规模分析和鉴定，揭示出菌群含有的大量未知小蛋白及其多样化的功能，对于进一步挖掘菌群功能有重要意义。

小蛋白 Microbiome small proteins bacteria Genome

生物信息学

IMG/M 5.0：下一代的基因组数据库

说起基因序列数据库“三巨头”，大多数研究人员都耳熟能详，它们分别是GenBank/EBI/DDBJ。这些数据库在设计之初考虑了存储的需求，而在分析和数据挖掘上的功能设计则比较欠缺。IMG/M 作为新一代基因组数据库的代表，不仅完整收录现有数据库的内容，还提供了更完善的注释和丰富的分析工具。

生物信息学生物信息学工具基因组数据库 IMG/M 宏基因组

肠道病毒组

Nature子刊：结肠炎状态下肠道噬菌体组发生变化

肠道噬菌体可能在炎症性肠炎中具有重要作用。本研究通过对比健康小鼠和结肠炎小鼠的肠道噬菌体组，发现在炎症性肠炎条件下，肠道噬菌体组的结构组成和宿主类型会发生变化，为研究IBD中噬菌体的作用奠定了一定的基础，值得专业人士参考。

肠道病毒组炎症性肠炎小鼠模型 Erica L Plummer Mimi L Tang

Nature子刊：瘤胃细菌/古菌基因组再添410个

瘤胃菌群对反刍类家畜的生长有重要作用，Hungate1000项目启动于2012年，收集了来自20多个国家、多种动物的瘤胃微生物培养物，已完成410个细菌和古菌的基因组测序、组装和注释，成果在Nature Biotechnology[IF：41.667]发表，对瘤胃菌群研究的重要意义无需多言。

瘤胃菌群 Computational biology and bioinformatics Ecology Genome microbial ecology

参考基因组

Nature子刊：迄今为止最大规模细菌及古细菌参考基因组数据

Nature Biotechnology[IF：41.667]在本月发布的迄今为止最大规模细菌及古细菌参考基因组数据，这是菌群数据库的一个重大进展，必须值得关注。

参考基因组

宏基因组序列

Science：利用宏基因组序列数据预测蛋白质结构

最近关于利用结构生物学做肠道菌群相关研究的文献多了起来，这篇特别介绍利用宏基因组序列数据预测蛋白质结构，非常值得看一看。

宏基因组序列 Rosetta结构预测结构生物学 Ryan T Demmer Ryan T Demmer

Nature：人类已发现12.5万多个病毒基因组

Nature的最新文章，原题是“Uncovering Earth's virome发现地球上的病毒组”，很显然，不管你是关注环境里的病毒，还是口腔、肠道里的病毒，这篇文章属于必看的收藏文。

病毒组噬菌体 Maria Kyrgiou Anna-Barbara Moscicki

微生物组数据

微生物学趋势：微生物组研究数据，如何充分利用？

我们每天都在产生大量微生物组数据，很多是一过性使用，如何共享，如何统一格式，值得好好看看这篇短小精湛文章提供的思路。

微生物组数据数据标准化数据中心 Maya Raman Padma Ambalam