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Alex D Washburne
文章数:2篇
生物信息学工具
菌群时间序列数据分析的新方法
生长速率、种间互作、随机过程和物种迁移等都会影响菌群的动态,这些因素的不同导致群落模型的适用性上存在差异,并可能影响种间相互作用关系的确定。一个新工具可以区分时间序列数据的噪音类型,帮助确定微生物动态的驱动因素,指导互作网络的构建。
生物信息学工具
时间序列
互作网络
R语言
群落组装
宏基因组分析方法
Nature子刊:菌群系统发育分析的方法
复杂菌群中的个体并非是孤立存在的,而是具有一定亲缘关系的。因此,在分析菌群表型时理应将物种之间的系统发育信息考虑进来。Nature Microbiology上的这篇综述总结出4种不同的研究问题和分析方法,更在网站上在线提供了具体分析流程,是进行菌群数据系统发育分析时非常有价值的参考材料。
宏基因组分析方法
系统发生学