Mick Watson

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文章数：6篇

牛瘤胃菌群

1200个非洲牛瘤胃微生物基因组

Boran牛是撒哈拉以南非洲的本土瘤牛品种，对恶劣的热带环境有很好的适应性，受经济和饲料品质限制，这些牛通常处于饲喂不足的状态，这种饲养条件对于牛瘤胃微生物组的影响尚不清楚。Genome Biology发表的一项研究通过宏基因组学方法，获得了1200个来自Boran牛瘤胃的高质量宏基因组组装基因组，并对其组成和功能，以及饲喂不足产生的影响，进行了分析。

牛瘤胃菌群宏基因组组装基因组

鸡肠道菌群

鸡肠道微生物再添新成员

鸡是大部分人非常重要的蛋白质来源，鸡盲肠微生物群通过短链脂肪酸的产生、氮的再循环和氨基酸的产生在鸡的营养中起着关键作用。通过控制鸡的盲肠微生物群可能提高鸡的生产能力，因此我们需要对鸡肉中存在的细菌类型及其营养功能有一个很好的了解。《Genome Biology》上发表的一项研究对鸡盲肠菌群进行宏基因组测序，组装了许多新的基因组，并明确了品系、饮食方式和性别对鸡肠道菌群丰度及体重的影响。该研究丰富了鸡盲肠微生物群的组成，为鸡肠道菌群的功能研究奠定了基础。

鸡肠道菌群 microbiota chicken metagenome microbial ecology

Nature子刊：牛瘤胃微生物组的参考基因组集

反刍动物为全世界数十亿人提供必需的肉、奶等重要营养。瘤胃是一种特殊的胃，适应植物来源的复合多糖的分解。瘤胃微生物组的基因组编码数千种适于消化植物物质的酶，它们主导反刍动物饮食结构。本文对近三百个牛胃样本进行宏基因组二、三代混合测序，获得了近五千个宏基因组组装的基因和40多万个碳水化合物代谢相关基因，为深入研究牛瘤胃微生物组提供了参考基因组，可进一步挖掘功能基因和筛选高转化效率菌种提供基础。同时也是近期第三篇Nanopare技术参与发表在自然生物技术杂志在宏基因组领域的文章，可见新技术在宏基因组中应用带来的巨大优势。另两篇详见 https://www.mr-gut.cn/papers/read/1088940721 和 https://www.mr-gut.cn/papers/read/1074446025

瘤胃菌群宏基因组学 MinION纳米孔测序

Nature子刊：关注蜜蜂宏基因组

欧洲蜜蜂在授粉和食物生产中起着重要作用。蜜蜂的健康是环境，宿主遗传和相关微生物的复杂作用结果。加深对这些因素的了解将有助于应对蜜蜂健康的挑战。本研究使用DNA测序来表征来自英国各地的19个蜜蜂群的基因组和宏基因组。研究结果分析揭示了与蜜蜂相关的微生物群落，并证明了高通量，定向宏基因组学在鉴定农业生态系统中新的生物威胁方面的能力。

蜜蜂宏基因组 Yangyu Liu Yandong Xiao

Nature子刊：奶牛瘤胃菌群中的913个细菌/古菌基因组

研究瘤胃菌群，对畜牧业、乳制品工业等领域具有重要意义。一项对奶牛瘤胃菌群的宏基因组研究，拼接了来自瘤胃的913个细菌/古菌基因组，极大地扩展了瘤胃菌群数据库的容量及覆盖度。

瘤胃菌群宏基因组测序

抗生素耐药性

Microbiome：食物影响肉牛瘤胃菌群的耐药性及致病性基因

这是Microbiome[IF：8.496]发表的针对肉牛瘤胃菌群中“存储”的耐药性及致病性基因的研究，发现不同食物组合会对它们都产生影响。值得专业人士特别关注。

抗生素耐药性瘤胃菌群肉牛饲料变形菌门