表观遗传

短链脂肪酸（SCFA）宿主生理 G蛋白偶联受体（GPCRs）表观遗传组蛋白乙酰化

类器官是研究器官组织发育和疾病的重要体外模型，然而，传统的类器官模型主要代表的是自组织干细胞及其衍生物的稳态情况。Cell Research近期发表了来自北京大学邓宏魁、徐君、李程与研究团队的文章，报道了一种方法，能构建研究肠上皮损伤后再生的类器官模型，并揭示了两种表观遗传调节因子在调控肠道损伤后再生过程中的关键作用和机制。

肠道类器官肠上皮再生表观遗传

结肠癌

Nature子刊：组蛋白甲基转移酶Mll1或调控肠道肿瘤发生

Wnt/β-catenin信号对肠癌的发生及肠癌干细胞的维持至关重要。Nature Communications近期发表文章，发现组蛋白甲基转移酶Mll1是Wnt驱动肠道癌症的一个调控因子，Mll1调控干细胞基因表达，调控维持癌症干细胞的重要转录因子Gata4/6表达，从而促进Wnt驱动肠道肿瘤的发生。

结肠癌组蛋白甲基转移酶干细胞表观遗传

结直肠癌

中山大学团队：可预测大肠癌患者预后的生物标志物（综述）

II/III期结直肠癌（CRC）患者术后治疗策略仍有争议，目前主要根据组织病理特点和临床危险因素判断是否进行辅助化疗，然而，也只有小部分患者能从辅助化疗中受益。因此，迫切需要更严格的分层生物标志物来帮助进一步区分这些患者群体。来自中山大学的徐瑞华及研究团队最新发表在Molecular Therapy的综述，讨论了发现生物标志物的策略，总结了之前发表的生物标志物在CRC中的地位并评估其效用。

结直肠癌预后预测基因组转录组学

肝脏脂肪生成

Nature子刊：肠道激素FGF15/19抑制肝脏脂肪生成的表观遗传机制

FGF15/19（小鼠的FGF15，对应人类的FGF19）是胆汁酸诱导的进食后期的肠道激素，其作用是降低肝脏的脂肪生成，促进从进食向禁食状态的代谢转化。Nature Communications近期发表的一项研究发现，FGF15/19通过活化其下游的核受体SHP，进而招募DNA甲基化转移酶DNMT3A至Fasn等生脂基因位点，通过表观遗传机制来抑制肝脂生成，而这一机制可能在脂肪肝和肥胖者中受损。这些发现或为防治相关代谢疾病，带来新启示。

肝脏脂肪生成肠道激素表观遗传

结直肠癌

PVT1-lncRNA或可作为大肠癌的预后生物标志物和潜在的治疗靶点

越来越多的证据表明，转录增强因子的失调在癌症发病中起着重要作用。发表在Molecular Cancer上的一项研究在全基因组范围内发现了大肠癌（CRC）中的增强因子——从PVT1基因座转录的PVT1长非编码RNA（PVT1 lncRNA），其转录活性受自身增强子甲基化介导的表观遗传控制。PVT1 lncRNA具有显著的高增强活性，最终负责调节MYC癌基因的表达。该研究结果表明，PVT1 lncRNA的表达是一个具有潜力的预后生物标志物和一个潜在的CRC治疗靶点。

结直肠癌 lncRNA PVT1 Myc 增强子

结肠癌

O-GlcNAc乙酰化或将连接营养与结肠癌中UNC5A表观遗传下调

营养可以影响结直肠癌的表观遗传修饰，但其潜在机制有待进一步研究。Cancers近期发表的文章，发现高碳水化合物饮食的摄入加重小鼠结肠癌的发生，并与UNC5A的下调有关。机制上，营养感知器O-GlcNA酰化可调节PRC2复合物，招募EZH2到UNC5A启动子上，抑制其转录。揭示出O-GlcNA酰化或可作为营养和结肠癌发生中重要肿瘤抑制基因发生表观遗传下调现象之间的连接。

结肠癌 O-GlcNA酰化 UNC5A 高碳水饮食表观遗传

表观遗传

马曦团队：营养、菌群与肠道表观遗传调控（综述）

肠道菌群可以通过多种机制与宿主发生相互作用，从而影响宿主健康。中国农业大学马曦团队近期在Critical Reviews in Food Science and Nutrition，详细介绍了饮食等干预方法对肠道菌群的塑造作用，重点探讨了菌群对肠道的表观遗传调控机制，并对未来的发展进行了展望，值得专业人士参考。

表观遗传 Dietary nutrients Gut microbiota intestinal mucosa epigenetic modification

慢性肾病

Nature Reviews：“食疗”如何改善慢性肾病（综述）

中国自古就有”药食同源“的说法，很多食物或者某些膳食模式可用于防治疾病。近期发表于Nature Reviews Nephrology的一篇综述，介绍了“以食为药”（food as medicine）治疗慢性肾病（CKD）的相关研究进展。文章讨论了“以食为药”和“食物组”（foodome）的概念，归纳了多种食物和/或其生物活性成分对CKD中不同病生理特征（表观遗传、肠道菌群组成和功能、早衰、线粒体功能、炎症和氧化应激相关转录因子、一氧化氮生成）的靶向性和多效性的调控机制。文章干货颇多配图精美，感兴趣的读者可详细阅读。

慢性肾病营养治疗表观遗传肠道菌群衰老

表观遗传

Nature：特定菌群产物可活化HDAC3，促进肠道损伤修复

共生菌群对宿主的影响体现在很多方面，包括通过表观遗传来调控宿主细胞功能。Nature最新发表了来自美国辛辛那提儿童医院医学中心的研究，发现肠道菌群代谢膳食植酸产生的三磷酸肌醇等代谢物，可拮抗丁酸对肠道组蛋白脱乙酰酶3（HDAC3）的抑制作用，诱导HDAC3的活化，从而促进肠上皮细胞增殖和肠道损伤修复，或能用于改善炎症性肠病。HDAC3作为重要的表观遗传调控因子，可接收多种菌群和饮食信号，连接宿主生理和环境。

表观遗传菌群代谢产物肠道菌群膳食植酸三磷酸肌醇

结直肠癌

于君、王海天等：促大肠癌细菌可影响抑癌基因的表观遗传调控

肠道菌群的特定变化以及异常的抑癌基因（TSG）启动子超甲基化，是结直肠癌（CRC）的两个重要特征。香港中文大学于君、王海天与团队在Microbiome发表的一项最新研究，对人结肠组织样本的DNA甲基化组和微生物组进行了平行分析，发现CRC中富集的具核梭杆菌和Hungatella hathewayi可上调DNA甲基转移酶，与多个TSG启动子的超甲基化存在显著关联，从而可能驱动了CRC的发生和发展。

结直肠癌 colorectal cancer microbiota DNA methylation MBDCap-Seq

IBD

SETDB1调控肠上皮稳态，或是治疗IBD的潜在靶点

SETDB1是一种组蛋白H3K9甲基转移酶，在肠道上皮稳态及IBD中发挥调控作用。来自Gut上发表的一项最新研究，SETDB1可通过沉默内源性逆转录病毒以抑制DNA损伤，从而维持肠道上皮稳态。肠道上皮细胞中特异性缺失SETDB1的小鼠表现出肠道上皮分化受损、肠道屏障障碍、肠道炎症增强及生存率降低。同时，在IBD患者中，一些与SETDB1功能缺失相关的错义突变显著富集。综上，该研究结果提示，SETDB1或是治疗IBD的潜在靶点。

IBD IBD IBD治疗靶点 SETDB1 肠道上皮屏障

益生菌

表观遗传学：益生菌研究的新前沿（观点）

《Trends in Microbiology》发表的这篇观点性综述文章，介绍了细菌中参与调节重要功能基因表达的表观遗传机制，认为同样的机制也存在于益生菌中。作者提出，应结合基因组和宏表观遗传学数据进行研究，以更好地了解益生菌的作用方式、与微生物组的关系和对消费者的影响。

益生菌表观遗传 probiotics epigenetics genomics

结肠炎

染色质重塑因子Smarcad1调控肠上皮细胞功能

Smarcad1是一个保守的染色质重塑因子，在肠上皮的干性和增殖区高度表达，但其对肠上皮组织的功能未知。Genome Biology最新发表的文章，发现肠上皮细胞特异性敲除Smarcad1导致染色体可及性和组蛋白H3K9me3显著变化，调控基因表达，上调天然免疫和炎症等相关基因，缓解小鼠中菌群诱导的炎症及结肠炎病症。

结肠炎 Smarcad1 肠道上皮细胞肠道菌群表观遗传

禁食

Nature子刊：禁食激活肝脏自噬和脂质降解，与表观遗传有什么关系？

禁食可以诱导肝脏自噬，促进脂质降解、维持能量平衡，Nature Communications近期发表的一项研究揭示了这一过程的表观遗传机制。该研究表明，禁食诱导的成纤维细胞生长因子21（FGF21）信号，可活化组蛋白去甲基化酶JMJD3，导致组蛋白去甲基化作用介导的自噬基因激活。这些发现或能为治疗脂肪肝提供新的靶点。

禁食自噬非酒精性脂肪性肝病表观遗传组蛋白去甲基化酶

癌症

Nature Reviews：膳食模式与患癌风险（综述）

多个系统研究和荟萃分析报告了特定癌种与饮食模式之间的流行病学联系。发表在Nature Reviews Cancer的重磅综述，总结了该领域的现状，分析不同饮食模式与患癌风险之间的联系，饮食模式涉及西式饮食、健康饮食、高肉类饮食、地中海饮食等。不同饮食模式与患癌风险相关联的潜在机制包括肠道菌群失调、表观遗传、免疫功能、代谢、激素紊乱及氧化应激等。

癌症饮食模式菌群失调表观遗传炎症与免疫

艰难梭菌

房刚等：调控艰难梭菌的孢子形成的关键表观遗传因子

艰难梭菌表观遗传 DNA甲基转移酶孢子形成

神经发育

孕期西式饮食为何会损害后代神经发育？

西式饮食中富含ω-6多不饱和脂肪酸（PUFA），不少证据显示，过多的ω-6 PUFA可影响代谢和认知过程。Molecular Psychiatry近期发表的一项小鼠研究表明，孕期饮食中含有过多ω-6 PUFA，可影响后代的大脑神经发育和功能，并揭示了该现象背后的分子机制。

神经发育动物实验孕期营养焦虑抑郁

代谢节律

Science：菌群如何掌控肠道代谢生物钟

生物体的代谢存在明显的昼夜节律性，Science最新发表来自德克萨斯大学西南医学中心团队的一项小鼠研究，表明菌群控制宿主小肠上皮细胞的营养摄入和代谢的昼夜节律性。该过程中，组蛋白脱乙酰酶3（HDAC3）整合肠道菌群和光暗节律信号，是调控代谢基因节律性表达的关键因子。这些发现为肠道菌群调控宿主代谢和生物钟提供了新的机制，也表明靶向肠上皮HDAC3，或是治疗肥胖等代谢疾病的新策略。Science同期专门配发了解读性的观点文章（链接见延伸阅读），不妨搭配阅读。

代谢节律菌群-宿主互作表观遗传小肠上皮细胞组蛋白脱乙酰酶3

表观遗传

运动与表观遗传有啥关系（综述）

表观遗传通过改变DNA甲基化和组蛋白修饰来调节特定基因的表达水平，在生物对环境和自身变化的适应中有关键作用。《Trends in Endocrinology and Metabolism》近期发表的综述讨论了表观遗传在骨骼肌对运动的适应性变化中的作用，值得专业人士参考。

表观遗传运动基因表达调控代谢

脂肪肝

饮食可改善脂肪肝，但表观遗传和肠道菌群变化未能复原

饮食干预和治疗非酒精性脂肪肝，《Cellular and Molecular Life Sciences》近期发表的一项小鼠研究显示，高脂或高果糖饮食诱导的脂肪肝表型，可在普通饲料喂养一段时间后得到部分逆转，但血液甘油三酯、某些肠道菌群成员以及部分肝脏基因的甲基化水平，却没有复原，三者间的相关性是否具有因果关联（特别是肠道菌群与肝脏基因甲基化水平的关联）有待进一步验证。

脂肪肝 DNA methylation epigenetics gut microbiome high-fat diet

肠-脑轴

刘星吟等：自闭症相关基因突变改变肠道免疫，经菌群影响果蝇行为

KDM5家族蛋白是一种组蛋白去甲基化酶，参与基因的表观遗传调控。此前有研究表明，在智力残疾和自闭症患者中，存在KDM5功能丧失型基因突变。南京医科大学刘星吟团队主导的最新研究，发现肠道菌群在KDM5突变相关的社会行为异常中有重要介导作用。通过使用多种KDM5缺陷型果蝇模型，该研究揭示出，KDM5通过调控先天免疫通路，影响肠道屏障和菌群组成，经肠脑轴改变果蝇社会行为，并表明靶向肠道菌群的干预方法可在一定能程度上改善果蝇的社会行为异常。相关成果发表在Cell Host and Microbe上，对于研究宿主-菌群互作和菌群-肠-脑轴等都很有借鉴价值。

肠-脑轴自闭症谱系障碍黑腹果蝇表观遗传肠道菌群

结直肠癌

从基因组到表观基因组，菌群如何影响结肠癌（综述）

结直肠癌菌群-宿主综述基因损伤表观遗传

炎症性肠病

Nature Reviews：炎症性肠病的分子表型（综述）

炎症性肠病（IBD）具有高度异质性，《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》近期发表综述，回顾了使用高通量测序技术研究IBD分子表型所取得的进展，重点介绍了基因表达、表观遗传和肠道菌群方面的研究，对于理解不同IBD亚型背后的分子机制和研究个性化疗法，很有参考意义。

炎症性肠病分子表型基因表达谱基因表达调控表观遗传

结直肠癌(CRC)

上海交大附属仁济医院：菌群影响结直肠癌的表观遗传（综述）

结直肠癌(CRC) 表观遗传肠道菌群结构菌群代谢物 Tao Xu

结直肠癌

俞春东+李文岗：组蛋白脱甲基酶JMJD2D在大肠癌中的作用

厦门大学俞春东和厦门大学附属翔安医院李文岗与团队合作的研究，近期在Gastroenterology发表，该研究分析了结直肠癌中赖氨酸脱甲基酶4D（JMJD2D）在肿瘤进展中的作用，揭示了其与Wnt通路中β-catenin的互作，为结直肠癌的治疗提供新的潜在靶点。

结直肠癌表观遗传 Wnt信号通路赖氨酸脱甲基酶4D β-catenin

动脉粥样硬化

JAMA子刊：孕期胆固醇水平可影响胎儿动脉粥样硬化病变的表观遗传

孕期血脂异常，是后代发生动脉粥样硬化疾病的风险因素。JAMA Cardiology近期发表的研究表明，母亲孕期的总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇水平，可能影响胎儿动脉粥样硬化病变的表观遗传特征。

动脉粥样硬化表观遗传血脂异常 Kenneth Wilson Kenneth Wilson

表观遗传

父亲的早期创伤或能通过精子中的RNA传递给后代

精神疾病具有很强的遗传性，表观遗传是机制之一，有研究表明精子中的RNA可将父亲创伤经历的不良影响传递给后代。Molecular Psychiatry近期发表的研究，在小鼠中分析了精子所含的长RNA和小RNA，在传递应激创伤中的作用。

表观遗传早期生活应激 Laura Craven Michael Silverman

克罗恩病

菌群相关的表观遗传特征，与肠炎有密切关联

表观遗传是菌群影响宿主的途径之一。JCI insight近期发表一项研究，分析了克罗恩病（CD）患儿的回肠上皮细胞的组蛋白甲基化特征，并鉴定出表观遗传受菌群调控的基因，与患者的肠道炎症程度密切相关。这些发现有助于阐释宿主如何整合来自菌群的信号，进一步揭示菌群在炎症性肠病中的作用和机制，为相关疗法带来启示。

克罗恩病回肠上皮细胞表观遗传组蛋白甲基化肠道菌群

孕期微生物干预

母体幽门螺杆菌暴露，减轻后代小鼠的呼吸道过敏性炎症

孕期和哺乳期的多种母体暴露因素（如吸烟、饮酒、营养等），可经胎盘和乳汁对后代健康造成影响。Journal of Allergy and Clinical Immunology近期发表一项小鼠研究，发现将围产期母鼠暴露于幽门螺杆菌提取物，可使子代和第二子代小鼠均获得对呼吸道过敏性炎症的抵抗能力，且不会导致免疫抑制，并揭示了相关免疫变化。这些发现再次提示，幽门螺杆菌促进免疫耐受的功能，或对预防和治疗相关过敏性疾病，有一定启示。

孕期微生物干预气道变应性炎症免疫调节免疫耐受幽门螺杆菌