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转录组分析
文章数:5篇
乳糜泻
乳糜泻患者摄入谷蛋白后的肠道黏膜基因表达变化
CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology上发表的一项最新研究,对15名长期严格摄入无谷蛋白饮食的乳糜泻患者的十二指肠活检样本进行转录组分析,发现在摄入谷蛋白之前,患者与健康人的肠道粘膜基因表达即存在显著差异;而在摄入谷蛋白之后,肠道粘膜基因表达发生进一步的变化,且该变化与组织损伤相关。
乳糜泻
Gluten challenge
RNA-seq
Celiac disease
Gluten-free diet
肠道感染
ntc基因的表达水平影响果蝇肠道感染的易感性
个体免疫系统在对抗外来入侵病原能力方面具有显著不同,但其生物学机制并不明确。近期在Genome Biology上发表的一项基于果蝇肠道感染的研究,发现nutcracker(ntc)可能是调控肠道抗感染能力的主效基因,并通过表达数量性状基因座(eQTL)分析和果蝇遗传参考品系(DGPR)测验鉴定了大量与抗感染相关的eQTL。该研究结果揭示了特定基因的表达可能影响肠道抗能力。
肠道感染
肠道感染
顺式调控元件
果蝇
eQTL
甲硫氨酸限制
Cell子刊:少吃甲硫氨酸延长早衰小鼠寿命
甲硫氨酸限制(MR)可缓解小鼠的衰老相关疾病并延长寿命。本文通过阐释MR对早衰小鼠转录组和代谢组的影响,发现MR可改变衰老相关炎症和DNA损伤应答的异常,并改善脂质谱,可改善早衰小鼠的健康状态并延长寿命,对研究MR的促健康机制、开发饮食干预手段具有参考价值。
甲硫氨酸限制
aging
dietary intervention
Caloric restriction
methionine restriction
BRAF基因突变
孔乙己说:BRAF基因有三种”写法“
① BRAF是一种丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶,参与高度致癌性的RAS/RAF/MEK/ERK信号通路;② BRAF在肿瘤发展中起重要作用,约7%肿瘤都携带有BRAF突变,最常见突变为V600E,但对BRAF基因的表达调控机制还不清楚;③ 本文对9种癌症类型超过4800位病人的RNA-seq数据进行分析,发现BRAF mRNA有三种亚型,它们在编码序列最后一部分,长度及 3'UTR序列上有所不同;④ 三种亚型的蛋白表达丰度在不同类型肿瘤中是不一样的,可根据其表达情况针对性治疗。
BRAF基因突变
RNA测序
转录组分析
BRAF
Exon-spanning reads
胃肠道癌症
消化道肿瘤的分子分型:必读综述
① 胃肠道不同部位发生的癌症有不同的临床特征;② 基因组和转录组学分析通过发现胃肠道同一部位癌症的“分子亚型”,进一步了确定这些癌症内部的异质性;③ 每种亚型有特定的遗传畸变和表达特征,对生物学差异的产生非常重要;④ 有些分子亚型在不同类型的癌症中重复出现,这些共性可以增加我们对癌症的全面了解,也可能被用于癌症治疗;⑤ 这篇综述讨论了各种胃肠道癌症中亚型的鉴定,以及如何将其用于临床实践。
胃肠道癌症
基因组分析
转录组分析
靶向治疗
Lili Sheng