系统发育分析

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VBCG：经验证的20个核心基因集，可提高系统发育分析？

系统基因组分析已成为细菌多样性和进化研究中不可分割的一部分，许多不同的细菌核心基因已被整理并用于系统基因组树重建。然而，这些基因的选择是基于它们在所有细菌基因组中的存在和单拷贝比率，而忽略了基因的“系统发育保真度”。近日，伊利诺伊理工大学研究人员在Microbiome发表最新研究，提炼出经过验证的20个核心基因集，用于提高系统发育分析的保真度和分辨率。此外，还开发了一个Python流程和桌面应用程序，用于自动重建系统基因组树，值得关注。

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肺癌循环DNA进阶版：分子进化监测

① 在最初的100例TRACERx（通过治疗示踪非小细胞肺癌进化）研究参与者中构建肿瘤特异性系统发育方法分析ctDNA，包括1例患者同时参与PEACE（晚期肿瘤环境的死后评估）尸检研究；② 鉴定出ctDNA释放的独立预测因子，分析了肿瘤体积检测极限；③ 术后血浆盲态分析，辅助化疗耐药的证据，鉴定出术后复发的患者；④ 建立早期肺癌ctDNA无创性示踪肿瘤进化动力学的方法，系统发育 ctDNA 分析示踪复发和转移亚克隆的性质，促进ctDNA驱动治疗性研究。

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乳腺癌转移：有两种不同的形式

① 全基因组分子技术研究表明原发肿瘤及他们的远处转移间存在不同程度的遗传异质性，但不知传播模式；② 系统发育技术对十例尸检的原发性和多发转移性肿瘤进行全基因组测序和拷贝数分析，推断乳腺癌进展史；③ 观察到两种模式，一种是所有远处转移群集于与原发病灶分离的分支上，体细胞突变的克隆频率分析表明，转移有一个单克隆的起源，且有一个共同的'转移前体'；④ 另一种是多发转移病灶源自原发肿瘤内存在不同的克隆，可以水平交叉转移。

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