菌群分析方法

搜索
登录

菌群分析方法

文章数：13篇

菌群分析方法

比较宏基因组学测序与总RNA测序，哪种方法用于群落分类单元鉴定更准确？

Nucleic Acids Research近期发表研究，对比了宏基因组学和总RNA测序（总RNA-Seq）两种测序分析方法在微生物群落的分类群鉴定方面的表现。结果表明，尽管数据处理流程还需进一步探索，总RNA-seq或许是宏基因组学方法的有利替代方案。

菌群分析方法

菌群分析方法

拉曼结合原位杂交实现单细胞水平菌群代谢分析

这是发表在PNAS上的一份工作，作者结合受激拉曼散射的优势进行单细胞稳定同位素探测以及双光子FISH，以高通量方式识别细胞，同时实现对胞内直径约为1µm的低浓度代谢物检测。该技术相较传统自发拉曼技术，具备通量高、成像速度快的优势。在原位跟踪人体肠道微生物的黏膜糖觅食相关行为时，作者发现黏膜糖代谢通常由拟杆菌门主导，但在岩藻糖代谢方面梭菌表现优于拟杆菌门。

菌群分析方法菌群代谢功能肠道菌群拉曼光谱单细胞水平

菌群分析方法

用于快速菌群分析的新方法

菌群在疾病的诊断和筛查方面具有潜力。然而，将分析菌群的二代测序方法大规模应用于常规临床诊断，目前仍具有挑战。Small Methods发表的这项研究报道了一种基于数字PCR熔解曲线分析的方法，或能帮助实现菌群快速分析在临床实践中的应用。

菌群分析方法

Nature子刊：Rob Knight团队发表微生物组数据降维新方法

人类微生物组研究的解读能力受到个体间差异很大的限制。现有的降维方法没有考虑微生物组数据高维，稀疏性、组成性、变异大等特点。加州大学圣地亚哥分校Rob Knight团队描述了一种降维方法，成分张量因子分解（compositional tensor factorization，CTF）。该方法将来自多个样本中同一宿主的信息合并在一起，以揭示驱动表型微生物组成差异的模式。 CTF可以识别稀疏成分数据集中的稳健模式，从而可以检测可在数据集之间重现的特定表型相关的微生物变化。

降维生物信息分析菌群分析方法

菌群分析方法

构建特定生境的训练集进行16S种水平分类

16S rRNA基因测序的低成本促进了人群规模的分子流行病学研究。现有的计算算法可以将16S rRNA基因序列解析为高分辨率扩增子序列变体（ASVs），这些变体代表了在研究中可比拟的一致标记。将这些ASV分配给种水平的物种分类可增强基于16S rRNA基因的微生物群研究的生态和/或临床相关性，并进一步促进跨研究的数据比较。《Microbiome》上发表的一项研究中，作者提出了一种系统的方法，用于构建基于系统发育的，高分辨率的，特定生境的训练集，该训练集允许将物种/超物种水平的物种分类分配给短读长和长读长的16S rRNA基因衍生的ASVs，这一进步实现了这一目标。

菌群分析方法 Training set Naïve Bayesian RDP Classifier Species-level taxonomy 16S rRNA gene

菌群分析方法

评估16S rRNA基因测序分析方法的框架

有多种生物信息学下游分析流程可用于分析16S rRNA基因扩增子测序，但尚无研究使用环境混合物评估16S rRNA基因测序结果的准确性。在《Microbiome》发表的这项研究中，作者开发了一种评估16S rRNA基因测序分析方法的框架，该框架利用一种新颖的两样品滴定混合物数据集和指标来评估计计数型表的定性和定量特征，并通过评估三个主流分析流程生成的计数表演示了该框架的分析结果。该框架是评估16S rRNA标记基因生物信息学方法的宝贵资源，并将帮助科学家为其标记基因分析选择合适的分析方法。

菌群分析方法 16S rRNA gene Assessment Bioinformatic pipeline Normalization

生态学原理

赵立平：微生物组大数据分析中的生态学原理分析

上海交通⼤学微生物学特聘教授、美国罗格斯大学应用微⽣物学冠名讲席教授赵立平博⼠，发表题为《微生物组大数据分析中的生态学原理分析》。指出需要用⽣态理论指导菌群研究，重视不同细菌类群间的联系。

生态学原理菌群分析方法物种间互作菌株水平差异因果性研究

菌群分析方法

Nature子刊：通过tRNA测序进行菌群分析

来自Nature Communications上发表的一项最新研究，介绍了一种利用tRNA测序进行菌群分析的方法。

菌群分析方法菌群分析方法 tRNA测序 Nan Gao Shiyan Yu

菌群分析方法

Nature子刊：甄别试剂中的菌群污染

试剂中的菌群会对样品菌群造成污染，很可能会对后期菌群分析造成显著影响。本文总结了试剂菌群污染的特点，并从生态学、实验设计、数据分析等多个角度提出了一系列甄别试剂污染、排除试剂菌群干扰的方法，对菌群分析，尤其是低丰度菌群样本分析具有重要的参考价值，值得专业人士关注。

菌群分析方法试剂污染 Masoud Zamani Esteki Thierry Voet Joris Robert Vermeesch

菌群分析方法

绝对定量菌群丰度的新方法

菌群相对丰度削弱了不同样品间的可比性，也难以揭示生物域水平的菌群结构变化。本研究采用人工合成的嵌合体DNA作为内参，可以计算土壤这样的复杂环境样品中的细菌绝对丰度，有助于不同样品间的比较，并且强调了绝对丰度与相对丰度在描述菌群变化中的差异。该成果对优化菌群分析手段、解读菌群相关的研究成果都具有参考价值，值得专业人士关注。

菌群分析方法绝对丰度嵌合体DNA内参 Tine Jess Marie Villumsen

菌群分析方法

一文读懂：Rob Knight手把手指导菌群研究（必读综述）

菌群研究和分析方法日新月异，本文系统性地介绍了菌群研究的实验设计、方法选择和数据分析方式，在列举和比较大量研究方法的同时，指出了目前OTU分析、菌群丰度分析和相关性分析的缺陷，强调数据共享、方法标准化的重要性。文中提及大量最新研究、分析方法和平台，指导作用强，值得专业人士参考。

菌群分析方法多组学分析 Jordi Merino Jordi Merino

菌群分析方法

对标记基因扩增子序列的系统分类进行优化

Microbiome上发表的一篇生信方法学文章，介绍了如何利用QIIME1及QIIME2中的各类工具，对标记基因扩增子序列的系统分类进行优化。

菌群分析方法生物信息学 Michael Sieber Michael Sieber

菌群分析方法

Nature子刊：16s扩增子测序的局限性和应对方法

16S高通量测序是目前菌群分析最常用的方法，在菌群研究中仍具有不可替代的作用，但是该方法受样品采集/处理过程的差异、扩增引物通用性有限、分析方法局限性等因素的限制，无法精确地反映样品中实际的菌群结构。本文分析了基于16S高通量测序的菌群分析法的各种误差来源，并不同程度地提供或提出了解决方法，值得专业人士参考。

菌群分析方法 16S扩增子高通量测序 K Z Coyte K Z Coyte Seth Rakoff-Nahoum