土壤宏基因组

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土壤宏基因组

文章数：5篇

Science子刊：南农沈其荣、徐阳春团队证实苗期土壤菌群微生态决定作物未来健康

沈其荣教授领衔的南京农业大学微生态与根际健康研究团队继上个月发表Nature子刊（http://mr-gut.cn/papers/read/1073890272）之后，又在Science子刊发表论文。论文研究发现，苗期土壤菌群的结构可以决定作物未来是否发病，从实践上明确了早期土壤菌群的重要功能，为未来可能开展的植物微生态调控奠定了理论基础。植株“儿童”时期的菌群决定“长大”后能否发病，这一结果在肠道菌群研究中似曾相识。

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宏基因组组装

蛋白水平组装可从宏基因组样本中获取数倍蛋白序列

常规的测序数据组装都是基于DNA序列的。如果先把测序数据按6个读码框翻译成蛋白质，然后再根据氨基酸序列组装，则称为蛋白水平组装。Plass就是完成此任务的一个软件。我们可以看到，作为一个新事物，蛋白水平组装具有一些优势和劣势。

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Nature子刊：世界范围内土壤真菌群落中以子囊菌为优势型

真菌是土壤微生物群落的重要组成，是分解者中的先锋物种。Nature Communication中发表的这一篇论文从六大洲采集了235份土壤样本，利用ITS序列测序和宏基因组测序的方法，系统地鉴定了土壤中真菌群落的组成。发现子囊菌是全球土壤中中占主要的物种，其次是担子菌和未分类真菌。

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赣南师大+华大基因：全球柑橘的根际微生物组研究

赣南师范大学国家脐橙工程技术研究中心的王年教授与华大基因的 Jin Tao 在 Nature Communication 上发表研究论文，公布了对来自六大洲土壤和柑橘根际微生物的研究成果。

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土壤宏基因组

Nature子刊：从土壤中取利福平同源物，杀耐利福平细菌

利福平是治疗结核病和其它革兰氏阳性细菌感染中最常用的药物之一，其作用是通过结合RNA聚合酶阻碍基因表达来实现的。本文报道在土壤中发现了利福平的同源物——康乐霉素（kanglemycin），同样也是作用于RNA聚合酶，但是其具体机制有所不同，因而能够对利福平耐药菌产生作用。

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