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amplification
文章数:2篇
人类肠道病毒组
微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法
Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日,中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室,中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序,基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列,提供有关病毒多样性的更多信息,且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外,使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰(甲基化)信号进行检测。
人类肠道病毒组
富集
扩增
牛津纳米孔技术
表观基因组学
乳酸菌
张和平等:分析复杂生物样本中乳酸菌群的特异引物
乳酸菌(LAB)对人体健康有重要意义,但其在粪便等样本中的丰度较低,使得分析其多样性有较大难度。Frontiers in Microbiology近期发表了内蒙古农业大学张和平团队主导的最新研究,设计并检测了一系列LAB特异的PCR扩增引物,并鉴定出其中的最佳者,可用于高通量测序,在种水平上分析粪便等复杂样本中的LAB类别和多样性,值得相关研究者参考。
乳酸菌
lactic acid bacteria
Microbial diversity
specific sequence primers
single molecule real-time sequencing