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bacteria
文章数:90篇
干旱生态系统
iMeta:西农韦革宏团队揭示土壤真菌驱动细菌群落的构建
阐明生物因素在驱动群落构建中的作用,对于理解多样性和生态系统功能至关重要,是微生物生态学中一个基本课题。本研究将跨生物群落的观测研究与微宇宙实验相结合,研究西北旱区复杂陆地生态系统中生物因素(如土壤真菌和跨界物种的相关关系)对土壤细菌生物地理和群落构建的影响,研究结果揭示了生物因素和干旱在塑造复杂陆地生态系统细菌地理分布和调节群落构建中的重要作用。该研究为将土壤真菌与干旱陆地生态系统的生物地理格局和土壤细菌群落构建机制联系起来迈出了重要的一步。第一作者是西北农林科技大学生命学院优青获得者焦硕教授,通讯作者为杰青、长江获得者韦革宏教授,共同通讯为陈卫民教授。
干旱生态系统
细菌
生物地理学
生物因子
群落组装
菌群-免疫互作
Cell子刊:共生细菌与真菌对放疗疗效的不同影响
Cancer Cell上发表的一项最新研究,发现共生细菌可通过促进抗肿瘤T细胞应答以增强放疗的疗效,而共生真菌可通过促进抑制性巨噬细胞及PD-1+ T细胞的产生以抑制放疗的疗效。机制上,肿瘤相关巨噬细胞可通过Dectin-1感知真菌,而在乳腺癌患者中,肿瘤Dectin-1高表达与较差的预后相关。
菌群-免疫互作
研究论文
基础研究
啮齿动物(小鼠)
放疗
肿瘤相关细菌
Cell子刊:细菌易位促进大肠癌肝转移
原发肿瘤产生的因子促进“转移前生态位”(premetastatic niche,PMN)的形成,后者可促进肿瘤的转移。Cancer Cell上发表的一项最新研究发现,结直肠癌(CRC)原发灶中的特定细菌(如大肠杆菌)可破坏肠道血管屏障(GVB),并散播至肝脏促进PMN的形成,以增强对转移癌细胞的招募。在结直肠癌患者中,癌组织与癌旁组织的PV-1(GVB损伤标志物)表达水平均显著升高,并与细菌的肝脏易位、结直肠癌的远端转移及更短的无进展生存期相关。该研究揭示了肠道屏障受损及肠道细菌易位在结直肠癌转移中发挥的重要作用。
肿瘤相关细菌
结直肠癌肝转移
研究论文
基础研究
啮齿动物(小鼠)
人体菌群培养
人体菌群培养最新进展(综述)
发表在Clinical Microbiology Reviews上的综述性文章。针对人体微生物的研究,文章综述了现有的分离、培养方法,所用相关技术及最新研究进展;并在此基础上,指出人体微生物中细菌、古菌和真菌研究分别面临的挑战。为人体微生物相关研究课可能的微生物治疗提供相关理论依据。
人体菌群培养
culture strategies
Human microbiota
bacteria
Archaea
精神分裂症
精神分裂症患者的肠道菌群组成与功能变化
越来越多的证据表明肠道菌群变化与精神分裂症相关。Brain Behavior and Immunity上发表的一项队列研究结果,对比鉴定了精神分裂症患者与对照的肠道菌群组成及功能差异,并发现与免疫应答及脂代谢相关的菌群功能通路在患者的肠道菌群中发生显著变化。
精神分裂症
Psychosis
Serious mental illness
Accelerated aging
gut-brain axis
黏附侵袭性大肠杆菌
黏附侵袭性大肠杆菌损伤肠道上皮的线粒体功能以破坏肠道屏障
黏附侵袭性大肠杆菌(AIEC)与IBD相关,而IBD患者的活检样本中可观察到线粒体功能障碍。CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology上发表的一项最新研究,发现与克罗恩病相关的AIEC菌株——大肠杆菌LF82可在体外诱导结肠上皮的线粒体碎片化及功能障碍,以导致肠道上皮屏障功能受损。
黏附侵袭性大肠杆菌
mitochondrial fission and fusion
human epithelial cell lines
Drp1
epithelial permeability
细菌培养
肠道细菌的通量化培养装置——微流控液滴培养MicDrop平台
肠道细菌的培养和筛选可以测试微生物的功能和治疗潜力,但人类肠道微生物群落的多样性阻碍对单个细菌类群的全面研究。mSystems发表的文章,研发了一种微流控液滴细菌培养平台MicDrop, 可培养超过传统培养方法2.8倍的细菌类群,并对健康人肠道菌群对饮食多糖代谢能力进行研究。该装置或可改造,以适应更多的微生物分析需求。
细菌培养
Microbiome
Microfluidics
bacteria
Gut
血液寄生虫感染
高蛋白饮食帮助昆虫对抗血液寄生虫
饮食可影响机体对抗感染的能力,目前的研究聚焦于“自上而下”的作用机制,宿主的营养状态可改善机体的免疫反应,从而控制寄生虫扩增,改善机体健康。近期发表在《Current Biology》的文章,显示高蛋白饮食通过调控宿主血液渗透压,抑制血液寄生虫的生长和增殖,控制感染。揭示出一种全新的“自下而上(bottom-up)”的作用机制,即宿主的营养状态可直接影响寄生虫的适应性。
血液寄生虫感染
osmolality
bacteria
Xenorhabdus
resistance
结直肠息肉
抗生素使用与结直肠息肉风险增加相关
《Clinical Gastroenterology and Hepatology》发表的一项来自瑞典的巢式病例对照研究,发现频繁使用抗生素(特别是某些广谱抗生素),与之后的结直肠息肉风险升高存在显著关联。这些发现再次提示,抗生素相关的肠道菌群失调可能参与了早期结直肠癌的发生。
结直肠息肉
抗生素
anti-aerobic
anaerobic
bacteria
新冠肺炎
香港中文大学团队:新冠患者的肠道菌群特征
新冠病毒能感染胃肠道,但与肠道菌群的关联并不清楚。香港中文大学Siew C .Ng和Paul K.S. Chan与团队在《Gastroenterology》发表的一项新研究,揭示了COVID-19患者住院期间的肠道菌群特征,及其与疾病程度和粪便病毒载量的关联。这些发现提示,靶向调节肠道菌群或许是改善COVID-19的新思路。
新冠肺炎
coronavirus
bacteria
gut microbiome
fecal nucleic acid
益生菌
Nature子刊:如何开发精准益生菌?(评论)
Nature Microbiology最近发表了评论文章,主要讨论了目前益生菌研究的方法策略。在自上而下( top-down )的策略中,通过分析健康个体中富集的细菌、从中分离出潜在的益生菌、利用动物模型和/或临床实验进行因果关系测试、作用机制分析来筛选益生菌。而自下而上(bottom-up)的策略中,包括表型筛选和基于靶目标的筛选。经过以上两种策略,加深益生菌作用机制研究,可促进精准益生菌的开发,并将服务于精准营养或预防医学。开发将个人特定数据与益生菌功效影响因素相匹配的算法,有助于最适益生菌的选择。
益生菌
精准益生菌
Applied microbiology
bacteria
DNA损伤
Nature子刊:抗氧化剂或可用于治疗结肠炎相关结直肠癌
慢性炎症可以诱导多种肿瘤的发生。其中,炎症性肠病(IBD)是引发结肠炎相关结直肠癌的最主要风险因素之一,但炎症诱导结肠癌发生的遗传损伤机制尚不清楚。《Nature Communications》近期发表的一项研究表明,由肠道菌群诱导的氧化性DNA损伤是导致炎症性结直肠癌的遗传因素,而抗氧化剂则可抑制这种损伤。该研究为IBD的治疗提供了理论指导。
DNA损伤
结肠炎相关结直肠癌
bacteria
gastrointestinal cancer
Mucosal immunology
抗生素抗性组
中科院朱永官团队:家庭灰尘中的微生物组是不应被忽视的抗生素耐药基因来源
中国科学院城市环境研究所和生态环境研究中心朱永官院士及团队在Environment International 发表的文章,调查了北京82个家庭落尘样本中的细菌和真菌群组成及其抗生素抗性组,研究结果令人警醒。
抗生素抗性组
环境微生物组
Microbial diversity
Geographical distribution
bacteria
表观遗传学
Nature子刊:肠道菌群可影响RNA表观遗传修饰
肠道菌群调节宿主基因表达的机制尚未完全明确。mRNA的m6A修饰对于免疫细胞分化、神经发生、应激反应、生理节律等十分重要。Nature Communications上发表的一项最新研究,发现肠道菌群可调节盲肠及肝脏中的mRNA m6A修饰,以影响代谢及免疫相关通路。机制上,菌群的缺失可下调甲基转移酶Mettl16的表达,使编码S-腺苷甲硫氨酸合成酶——Mat2a的mRNA的甲基化水平降低,从而减少Mat2a的表达。
表观遗传学
bacteria
Microbiome
菌群-宿主互作
m6A
细菌感染
IIA型分泌磷脂酶A2在宿主防御细菌感染中的作用(综述)
IIA型分泌磷脂酶A2(sPLA2-IIA)对于哺乳动物针对致病细菌的先天性宿主防御十分关键。Trends in Immunology上发表的一篇综述文章,详细介绍了sPLA2-IIA在抗菌防御中的作用机制,以及细菌如何对抗sPLA2-IIA对其的杀伤作用,并讨论了sPLA2-IIA在治疗耐药细菌感染中的潜能。
细菌感染
bacteria
infections
phospholipase
antimicrobial enzyme
产前胎儿菌群
Nature子刊:胎儿肠道中真有活菌定殖吗?
肠道菌群在免疫发育过程中有重要作用。在妊娠早期,胎儿的肠粘膜免疫就已经开始发育,然而目前尚不清楚子宫内是否存在活菌与胎儿的肠道免疫系统互作。Nature Medicine发表的一项最新研究,用扫描电子显微镜和16S rRNA测序表明,孕中期的人类胎儿肠道内存在很有限的细菌,并分离出其中的一种优势细菌(微球菌)。该菌表现出对子宫内胎儿肠道环境的适应性,并在体外呈现免疫调节活性,可能对胎儿肠道免疫发育有潜在调控作用。这些发现拓展了人们对生命早期肠道菌群定殖、菌群对免疫发育的影响的认知,值得进一步验证和研究。
产前胎儿菌群
bacteria
Gastrointestinal system
Microbiome
Mucosal immunology
瘤胃
瘤胃菌群中的群体感应蛋白
反刍家畜瘤胃适宜的环境(如恒定的温度、pH及充足的养分)为众多微生物的生长提供了良好条件,同时,这些瘤胃微生物在对营养物质进行降解时存在着复杂的共生、竞争关系。群体感应(Quorum sensing, QS)是大多数生物膜中细菌的交流方式,基于酰基高丝氨酸内酯(Acyl- homoserine lactone, AHL)的群体感应通常只存在于革兰氏阴性菌,而基于lux蛋白的自诱导物-2(AI-2)的群体感应常用于革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌间的交流。然而,对瘤胃中细菌细胞间的交流知之甚少。发表在Microbiome的研究对瘤胃菌群基因组进行了全面的群体感应(QS)蛋白鉴定,并结合瘤胃宏转录组分析,表明基于Lux蛋白系统的QS广泛存在于瘤胃菌群。该研究有助于更好地理解瘤胃中植物与微生物的相互作用。
瘤胃
群体感应
细菌
酰基高丝氨酸内酯
LuxS
细菌-噬菌体互作
Nature:细菌和噬菌体之间的“军备竞赛”(综述)
阐释细菌-噬菌体的抵御-抗抵御机制有助于深入阐释微生态的微生物互作。Nature发表的这篇综述系统性回顾了细菌中的各种抗噬菌体系统,同时总结了噬菌体相应的规避机制,有助于对共生微生态中细菌-病毒互作模式形成总体概念。
细菌-噬菌体互作
bacteria
综述
Francesca Crovetto
Ayako Nakaki
蛋白质更新
Cell子刊:肠道蛋白质更新的区域特异性与菌群反应性
Cell Reports近期发表的文章,生成了一个通用的综合数据库,阐明小鼠肠道上皮细胞和黏液单个蛋白质的更新动态及肠道空间位置和菌群对其的影响。
蛋白质更新
肠上皮
bacteria
colon
colonization
生殖系统菌群
生殖系统菌群或影响性生活的方方面面(综述)
本综述阐述了男女生殖系统菌群在人类性生活中可能扮演的作用,在总结现有证据的基础上,为进一步开展生殖系统菌群研究指明方向。
生殖系统菌群
bacteria
cryptic female choice
reproductive immunity
sperm competition
可移动遗传元件
Cell子刊:用MGEfinder分析细菌中的可移动遗传元件
细菌的演化主要通过DNA突变和可移动遗传元件(MGE)的转移,《Cell Host and Microbe》发表的这项研究介绍了一个用于分析MGE的生信工具MGEfinder,并用其分析了9种细菌病原体,为MGE如何影响抗生素耐药性、毒力和致病性提供了新见解。
可移动遗传元件
Mobile genetic elements
transposable elements
bacteria
Pathogen
Antibiotic
定制益生菌可代替抗生素调节家禽菌群
mBio最近的一项研究发现,精心挑选的针对宿主的定制益生菌混合补充剂,要比非定制益生菌混合补充剂能更有效的调节商业火鸡菌群,改善火鸡品质,并且这种作用类似于低剂量抗生素。暗示利用定制益生菌干预的方法或可替代低剂量抗生素,调节禽类宿主性能及菌群结构。
Antibiotic
bacteria
Fungi
Host
microbiota
抗生素
亚致死剂量抗生素影响肠道菌群的机制
亚致死剂量的抗生素可引起肠道菌群的巨大变化,但机制尚未明确。来自PNAS上发表的一项最新研究,使用限菌斑马鱼作为模式动物,利用活体成像技术发现,亚致死剂量的抗生素可促进肠道细菌的聚集,并导致容易聚集生长的细菌更易被肠道的机械收缩排出。
抗生素
antibiotics
Gut microbiota
aggregation
population dynamics
肠-脑轴
IBD缓解期患者的肠道菌群与心理症状的关联
Clinical Gastroenterology and Hepatology上发表的一项前瞻性队列研究结果,发现IBD缓解期的患者的肠道菌群多样性与组成与心理压力、抑郁、焦虑等心理症状相关。
肠-脑轴
Psychology
bacteria
gut–brain interactions
CD
生殖道菌群
女性生殖道感染过程中的宿主-病原体互作(综述)
女性生殖道(FGT)的微生物群失衡,可导致FGT感染。Trends in Microbiology近期发表属,主要以阴道加德纳菌、生殖道支原体、人支原体、淋病奈瑟氏球菌、无乳链球菌、沙眼衣原体、阴道毛滴虫、念球菌等FGT相关病原体为例,探讨了这些病原体导致FGT感染的多种机制,重点关注了该过程中的宿主-病原体互作。
生殖道菌群
vaginosis
cervicitis
virulence
bacteria
小蛋白
Cell:挖掘人体菌群中不为人知的小蛋白
受计算机和试验方法所限,小蛋白常因难以检测而研究中被忽视。Cell本期发表的一项重磅研究,通过计算机方法,对人体宏基因组中潜在的小蛋白进行了大规模分析和鉴定,揭示出菌群含有的大量未知小蛋白及其多样化的功能,对于进一步挖掘菌群功能有重要意义。
小蛋白
Microbiome
small proteins
bacteria
Genome
呼吸道病毒感染
肠道菌群产生的乙酸帮助抵抗呼吸道病毒感染
严重的呼吸道合胞病毒(RSV)感染,是2岁以下婴儿的主要健康威胁之一。《Nature Communications》发表的一项最新研究表明,高纤维饮食的抗RSV作用中,菌群产生的短链脂肪酸——乙酸有关键作用,乙酸通过活化受体Gpr43来调节肺上皮细胞的1型干扰素应答,从而抵抗RSV感染。这些发现有助于理解肠肺轴在呼吸道感染中的作用,提示富含膳食纤维的饮食甚至口服补充乙酸,或能用于RSV感染的预防和治疗。
呼吸道病毒感染
bacteria
IMMUNOLOGY
innate immunity
Virology
粪菌移植
粪菌移植治疗肥胖效果如何?
动物研究显示,肠道菌群可影响肥胖发生,用粪菌移植(FMT)治疗肥胖是菌群转化应用领域的热点问题。《Clinical Gastroenterology and Hepatology》近期发表的一项初步临床试验,首次报道了在无代谢障碍的肥胖患者中进行FMT的短期效果和安全性。尽管FMT有效而持续的改变了受试者的肠道菌群组成和胆汁酸代谢,使之变得更像瘦供体,但短期内的BMI没有显著变化。FMT能否治疗肥胖?目前看来,仍需更多扎实的临床和机制性研究。
粪菌移植
overweight
Treatment
bacteria
microbe
抗菌素
控制食源性细菌的新方法:使用脂质基纳米递送系统传递抗菌素(综述)
为减少包括具有抗生素抵抗性的食源性细菌,盐、硝酸盐、香精油、多酚、金属、脂肪酸和细菌素等多种抗菌素被应用于食品制造中,但由于直接使用的效率低下,现常用脂质基纳米递送系统来有效递送抗菌素。Advances in Colloid and Interface Science的这篇综述介绍了4个主要的脂质基纳米递送系统类型,分别列举了其制作方法和优缺点,证明了该递送系统未来在封装抗菌素等生物活性物质中的作用。值得注意的是,作者在文末提及目前还没有关于抗菌素脂质基纳米递送系统的全面性研究,并且未来还需模拟封装的抗菌素在细胞中释放的动力学,并研究纳米递送物与不同细胞膜和细胞壁接触时的行为特征。
抗菌素
脂质基纳米递送系统
食源性细菌
Antimicrobials
bacteria
哮喘
哮喘患者的呼吸道菌群
Journal of Allergy and Clinical Immunology上发表的一项最新研究,对比了哮喘患者与健康人的呼吸道菌群(包括真菌与细菌)的差异,并分析了呼吸道菌群组成及多样性与哮喘表型之间的关联。
哮喘
16S ribosomal RNA
FEV1
Airway inflammation
Asthma