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Philip Burnham
文章数:3篇
宏基因组分析工具
一个适用于cfDNA宏基因组测序降噪的R语言工具
无细胞DNA(cfDNA)是溶解在血液、尿液等生物流体中的一些DNA片段,这些片段可以来自于人体自身细胞或者共生的微生物。游离在细胞外的cfDNA可以很容易通过人体的组织或免疫屏障,显现于血液或尿液等生物流体中。cfDNA已经在临床上实现了无创产前诊断的应用。类似的,通过对cfDNA的检测也可以敏锐地获知人体内部细菌和病毒感染。cfDNA样本很容易受到污染或干扰,对背景信号的降噪要求很高。低生物量背景校正(LBBC)工具用流行的 R 语言写成,使用方便,值得一试。
宏基因组分析工具
Cell-free DNA
metagenomics
Biomarkers
infectious disease
尿路感染
Nature子刊:肠道内的尿路病原体,或是尿路感染元凶
尿路感染是最常见的细菌感染疾病之一。接受肾脏移植的个体会定期检查菌尿(尿液中有细菌感染,但患者不表现排尿困难、尿急、尿频等临床症状)及尿路感染(尿液中有细菌感染,患者表现排尿困难、尿急、尿频等临床症状)情况,因此有利于研究尿路感染机制。Nature communications 最近发表的一项研究,主要探讨了肠道菌群与发生菌尿症或尿路感染风险之间的关系,发现肠道中高丰度的大肠杆菌和肠球菌与相应细菌感染导致的菌尿症相关,并且肠道中高丰度大肠杆菌还与尿路感染相关。本研究结果支持肠道菌群- 尿路感染轴,并暗示调节肠道菌群或可用于预防尿路感染。
尿路感染
菌尿症
肠道菌群
埃希氏杆菌
肠球菌属
尿路感染
Nature子刊:尿液游离DNA可用于监测尿路感染
来自Nature Communications发表的最新研究报道,发现利用尿液中的游离DNA(cfDNA),可监测肾脏移植患者的尿路细菌及病毒感染、抗菌药物敏感性、移植物损伤等指标。
尿路感染
尿液游离DNA
肾移植
Christine E Spadola
Christine E Spadola