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Adam G Clooney
文章数:8篇
肠道病毒组
Cell子刊:人肠道病毒组的稳定性和无麸质饮食的影响
Cell Reports近期发表的研究聚焦人肠道病毒组,分析了其组成、动态变化、个体差异和稳定性,特别探索了无麸质饮食对肠道病毒组的影响,并对研究方法进行了探讨。
肠道病毒组
饮食干预
crAss-like phages
人体肠道中ΦcrAss002噬菌体的分离和特征分析
肠道crass样噬菌体有4个亚科。迄今为止,在纯培养中分离到的具有代表性的噬菌体只有3种:ΦcrAss001和两种密切相关的噬菌体DAC15和DAC17。Microbiome近期发表的文章,首次从人类肠道中分离出ΦcrAss002,该噬菌体可以跟肠道木聚糖溶菌拟杆菌高水平共存。肠道噬菌体的研究有助于了解噬菌体在细菌-肠道稳态中的作用。
crAss-like phages
IBD
大型纵向洲际研究揭示IBD患者的菌群差异来源
来自Gut上发表的一项纵向队列研究结果,发现个体内部菌群的短暂变化表明疾病的活动性,地理位置时微生物群差异的主要决定因素,虽然大多数差异无法被解释。
IBD
纵向队列研究
地理位置
菌群组成差异
IBD
Cell子刊:全病毒组分析揭示IBD肠道病毒组中的“暗物质”
Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究,对公开数据库中的病毒组序列进行重新分析,鉴定出了IBD患者的肠道病毒组的特异性变化,并发现肠道病毒组的变化反映了肠道细菌的变化。
IBD
Virome
Phageome
INFLAMMATORY BOWEL DISEASE
IBD
肠道病毒组
Cell子刊:稳定、个体化的人类肠道病毒组
人类的肠道中含有大量的病毒,其中绝大部分是噬菌体。在人肠道微生物组的研究中,关于病毒组的研究还比较缺乏。Cell Host and Microbe发表的一项研究,开发了基于宏基因组学的方法工具,能更为深入全面的分析人类肠道病毒组。该研究通过纵向队列分析表明,人肠道病毒组是稳定且高度个体化的,且每个人都存在“持久稳定的个体病毒组”(PPV),由靶向主要肠道细菌类群的烈性噬菌体组成。这些发现为进一步深入研究人类肠道病毒组打下了基础。
肠道病毒组
Bacteriophages
human microbiome
Virome
Phageome
病毒组
病毒组分析,选对软件很关键
迄今为止最完整的病毒组组装软件评测,包含了16个宏基因组组装软件(方法),结果表明SPAdes一致性表现最好。
病毒组
Assembly
Bacteriophage
Benchmark
Comparison
饮食
高脂饮食增加李斯特菌感染风险
高脂饮食会影响感染相关的炎症状态。本研究发现,短期高脂饮食会增加宿主对单核增生李斯特菌的易感性,在感染前和感染后改变肠道菌群,影响免疫反应,改变宿主的基因表达。该成果对研究饮食-菌群互作、优化合理饮食结构、防控感染具有参考价值。
饮食
Diet
Goblet cell
Immunity
infection
肠道病毒组
Cell子刊:揭秘人肠道中最多的病毒——crAss样噬菌体
crAss噬菌体是人体肠道中最多的病毒,但相关基因组数据并不丰富。本研究通过组装粪便病毒组/噬菌体组数据,很大程度上填补了基因组数据匮乏的空缺,证明了crAss噬菌体在人体肠道中的丰富性和多样性,并且通过离体培养观察到了病毒结构。本研究对探索crAss噬菌体与肠道菌群的互作,以及对人体健康的影响具有借鉴作用。
肠道病毒组
crAss样噬菌体
噬菌体结构
人粪便