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scRNA-seq
文章数:6篇
结直肠癌
Nature子刊:单细胞分析揭示息肉→肠癌过程中细胞的连续变化
Nature Genetics近期发表的文章,收集48个息肉、27个正常组织和6个有或没有APC突变患者的CRC样本,每个样本生成1000到10000个细胞进行scATAC和scRNAseq分析,从而绘制出健康结肠向癌前腺瘤转化为结直肠癌(CRC)过程中发生的细胞组成和细胞状态变化。
结直肠癌
scRNA-seq
scATAC-seq
息肉
单细胞测序
Coronavirus disease 2019 (COVID-19)
SARS-CoV-2干扰人类肠道的内在免疫反应
过度的促炎免疫反应有助于COVID-19的病理发生。Molecular Systems Biology近期发表的文章,通过对SARS-CoV-2感染的人类结肠和回肠类器官进行单细胞转录组测序分析,鉴定出一个肠细胞亚群是SARS-CoV-2的主要感染靶点,且ACE2的表达与感染的易感性之间缺乏正相关性。感染的细胞诱导强烈的促炎反应和表达IFN,同时下调ACE2表达,而IFN以旁分泌的方式作用于旁观者细胞上调干扰素诱导基因的表达。
Coronavirus disease 2019 (COVID-19)
scRNA-seq
免疫反应
肠道生态位发育
Cell子刊:绘制人类肠道生态位发育的转录图谱
人类肠道干细胞生态位支持上皮细胞的自我更新和功能,但其自身的发育知之甚少。Cell Stem Cell近期发表的文章,利用scRNA-seq和原位验证的方法对受孕后7-21周的人类肠道发育进行研究,表征发育中的人类肠道干细胞生态位中细胞多样性。同时转录组和空间图谱显示,NRG1表达于表皮下间充质细胞中,NRG1而不是EGF促进分泌系细胞的分化,从而增加细胞多样性。研究强调了肠道中EGF/ERBB信号的复杂性,描绘了发育中肠道关键生态位的细胞和信号。
肠道生态位发育
scRNA-seq
发育
NRG1
IBD
溃疡性结肠炎及克罗恩病的免疫细胞亚群差异
来自Gastroenterology上发表的一项最新研究,利用质谱流式细胞(CyTOF)技术及单细胞RNA测序技术,分析对比了溃疡性结肠炎(UC)与克罗恩病(CD)患者的结肠粘膜及血液中的免疫细胞,鉴定出了不同患者(包括活动性UC、活动性CD、非活动性UC、非活动性CD)的结肠及血液中富集的免疫细胞亚群。该研究结果提示,未来或可靶向特定免疫细胞亚群以治疗不同类型的IBD。
IBD
Treg
MAIT cells
ILC3
scRNA-seq
肝癌
国内团队:肝细胞癌中单个免疫细胞的动态特性
肝癌是世界上第三大癌症相关死亡原因,肝细胞癌(HCC)约占所有肝癌发病率的90%。虽然免疫治疗对其他癌种有一定的临床益处,但HCC对免疫治疗的应答率非常低。患者整个免疫系统各参数与免疫应答效率息息相关。因此,确定HCC患者的免疫特征对HCC的免疫治疗至关重要,包括确定肿瘤浸润免疫细胞的组成和性质,以及与其他免疫相关解剖区域的比较等。来自北京大学的张泽民、任仙文、北京世纪坛医院和北京大学的彭吉润、勃林格殷格翰制药公司的Kang Liu研究团队近日在Cell发表一项最新研究,其结合两种单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术,制作来自5个免疫相关位点(肿瘤、邻近肝脏、肝淋巴结、血液、腹水)的HCC患者CD45+免疫细胞转录组,旨在研究HCC患者不同免疫相关位点的免疫细胞群。该研究鉴定了两群肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)亚群,并发现两个与炎症相关细胞因子分泌相关的基因在TAM中高表达。另外,还发现了一群LAMP3+树突细胞(DCs),具有调节多种淋巴细胞亚型的潜力。该研究揭示了不同CD45+细胞类型的动态特性,为HCC的免疫研究提供了新的视角。
肝癌
免疫细胞亚群
巨噬细胞
树突细胞
SLC40A1
2型天然淋巴细胞
Cell子刊:神经肽α-CGRP调节肠道ILC2应答
小肠中的免疫应答异常可驱动与多种免疫细胞类型相关的2型炎症反应。来自Immunity上发表的一项最新研究,发现在2型炎症反应下,肠道2型天然淋巴细胞(ILC2)显著增加,而胆碱乙酰转移酶+ 肠神经元产生的神经肽——α-CGRP在ILC2的稳态及应答中起到了关键调节作用,提示神经-免疫互作在肠道免疫稳态调节中的重要角色。
2型天然淋巴细胞
CGRP
allergic inflammation
batch effect correction
intestinal immune cell atlas