Nicola Segata

肠道微生物组的组成与免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的临床反应有关，但是与ICI临床益处相关的特定微生物组特征还缺乏认知。Nature Medicine近期发表的文章，通过对晚期黑色素瘤患者接受ICI治疗前的粪便样本进行测序分析，同时整合之前发表的数据集，发现肠道微生物组的组成与ICI的临床反应具有相关性，但是呈现队列之间的差异性，没有一个物种在所有队列中是完全一致的。

晚期黑色素瘤肠道菌群人群队列数据

microRNA

粪便miRNA谱可反映饮食和肠道菌群模式

microRNA 研究论文基础研究生物标志物队列研究

研究论文

关注肠道蠕动性：蓝色粪便追踪+手机APP或优于传统分析法？

研究论文医学研究

肠道菌群

Nature子刊：分析1000+人，鉴定菌群、饮食和代谢的关系

肠道菌群受饮食调控，并能影响宿主的代谢健康，三者之间存在着非常复杂的关联。Nature Medicine近期发表的一项新研究，对英国和美国2个队列的1098人进行了分析，深入探究了肠道菌群特征与心血管代谢和习惯饮食之间关系，值得专业人士仔细研读。

肠道菌群饮食-菌群互作心血管代谢

猪

Nature子刊：猪肠道细菌集合的分析鉴定

Nature Communications上发表的一项最新研究，对猪的肠道细菌进行培养，在分离出的117个菌株中，鉴定出16个新的菌属及22个新的菌种，并发现了一些新的有趣的菌群功能，包括Clostridium porci的基因组中编码的岩藻糖转移酶等。该研究鉴定出的“猪肠道细菌集合”（PiBAC）已公开，有助于进一步深入了解猪肠道菌群的功能。

猪研究论文基础研究

生酮饮食

生酮饮食或能增强癌症免疫治疗

生酮饮食研究论文肿瘤免疫治疗 PD-1单抗基础研究

粪菌移植

粪菌移植有效缓解TKI治疗引起的腹泻

口服酪氨酸激酶抑制剂（TKI）可显著改善转移性肾细胞癌（mRCC），但TKI治疗引起的腹泻会影响药物疗效和患者恢复。Nature Communications上发表的一项随机双盲对照试验，在20名接受TKI治疗的mRCC患者中发现，来自健康供体的粪菌移植可有效缓解患者的腹泻。

粪菌移植酪氨酸激酶抑制剂（TKI）转移性肾细胞癌腹泻研究论文

个性化营养

Nature子刊：多因素机器学习模型预测餐后代谢反应

对食物的代谢反应可影响心血管代谢疾病的风险，但目前仍缺少大规模高分辨率的相关研究。《Nature Medicine》发表的一项最新研究，纳入了英国PREDICT1研究中的1002名健康受试者（包括几百名双胞胎），分析了他们的餐后代谢反应情况（甘油三酯、血糖、胰岛素），及其与膳食成分、日常饮食、用餐背景（之前的饮食、进餐顺序/时间、睡眠、运动等）、人体和临床生化指标、遗传、肠道菌群等因素的关系，并在一个独立的美国队列中进行了验证。该研究发现，遗传因素（基于SNP分析）对于餐后的代谢反应（特别是甘油三酯）似乎并没有起到主导作用，而一些可变因素（如用餐背景）的作用则比预期的要大。研究者使用机器学习开发了一个预测个体餐后反应的模型，在血糖和甘油三酯预测方面有相对较好的表现。这些发现对于进一步开发个体化的饮食营养干预策略有参考意义。

个性化营养 Biomarkers Diseases Endocrinology Health care

直肠真杆菌

从宏基因组中重构1321个直肠真杆菌基因组，发现了什么？

直肠真杆菌是一种属于毛螺菌科细菌，广泛存在于人类肠道菌群中。《Genome Biology》发表的一项研究，建立了一种宏基因组分析流程，从>6500个粪便宏基因组中重构了1321个高质量的直肠真杆菌基因组，并分析了这种细菌的种群结构和分布。

直肠真杆菌宏基因组系统发生生物地理学人肠道细菌

肿瘤免疫治疗

肠道菌群组成影响肾细胞癌患者对肿瘤免疫治疗的应答

多项研究报道了肠道菌群组成影响癌症患者对免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的应答，但尚无在肾细胞癌中的相关研究。European Urology上发表的一项最新研究，在接受纳武单抗治疗的69名肾细胞癌患者中发现，近期抗生素使用可改变肠道菌群组成，并降低患者的客观应答率。将应答患者的菌群或有益于ICI治疗的菌种（在应答患者中富集）移植给荷瘤小鼠可增强后者对ICI治疗的应答。另外，在使用纳武单抗之前使用酪氨酸激酶抑制剂，也可能引发不利于ICI治疗的菌群变化。

肿瘤免疫治疗 Kidney cancer Renal cell carcinoma microbiota Nivolumab Antibiotics

空气菌群

秦楠+朱听：城市空气颗粒物中的菌群

上海第十人民医院秦楠和清华大学朱听与团队，近期在Genome Biology发表研究，对2012-2013年间北京的空气样本，进行宏基因组测序分析，测定了空气中含有的主要菌群，并发现菌群的抗生素耐受性普遍存在。随着雾霾的加重，空气菌群组成呈动态变化，且来源于哺乳动物的菌群增加。该研究为雾霾天气的致病性提供了证据。

空气菌群颗粒物空气污染 Jilian Li Jilian Li

抗肿瘤细菌

Nature子刊：可抑制肠道肿瘤的产短链脂肪酸菌

Nature Microbiology上发表的一项最新研究，在结直肠癌小鼠模型中发现Faecalibaculum rodentium可通过产生短链脂肪酸发挥抗肿瘤作用，而在人体内与其对应的细菌为Holdemanella biformis，在晚期腺瘤阶段丰度降低，并可通过释放短链脂肪酸在体外抑制肿瘤细胞系或患者肿瘤样本的生长。

抗肿瘤细菌 Faecalibaculum rodentium 产短链脂肪酸细菌短链脂肪酸结直肠癌

宏基因组组装基因组（MAGs）

人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的比较宏基因组分析

Genome Biology发表的文章，比较分析了人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的宏基因组，扩展了人类与NHP相关的微生物多样性，能够更好地表征灵长类动物菌群，深入进行人类和NHP的比较研究。

宏基因组组装基因组（MAGs）非人类灵长类动物肠道菌群 metagenomic assembly Non-human primates microbiome Microbiome sharing

肠道共生菌

Cell子刊：Prevotella copri的种内多糖利用差异

Prevotella copri是人类肠道普雷沃氏菌属中最普遍的一种细菌，与饮食和疾病相关。Cell Host and Microbe发表的一项研究分析人类肠道中的83个P. copri分离菌，表明这种细菌不同菌株间具有广泛的基因组变异和多糖利用基因差异，并通过体外培养试验确认了其对膳食植物（而非动物）源的多糖利用差异。

肠道共生菌 Diet human microbiome intestinal commensals whole genome sequencing

人肠道细菌

Cell子刊：揭秘西化人群中缺乏的Prevotella copri

Prevotella copri是常见的人类肠道细菌，尤其存在于非西化人群中，这种菌在健康与疾病中的作用仍有不小的争议。Cell Host and Microbe近期发表的一项研究，分析了超过7000个宏基因组中>1000个P. copri基因组，结合对古人类化石样本的分析，充分揭示了这种菌的种内多样性和在不同人群中（西化vs非西化）的存在情况，及其与人类共生的进化史，表明西化进程（尤其是相关的饮食变化）可能导致了这种菌在人类肠道中不断减少。

人肠道细菌 human microbiome metagenomics Prevotella copri comparative microbial genomics

结直肠癌

粪便菌群组成+粪便小RNA谱，或可用于结直肠癌诊断

结直肠癌 gut microbiome human stool samples small RNAs microRNAs

皮肤菌群

评估个人护理产品对皮肤和口腔菌群扰动的安全性（综述）

2016年10月英国的一个为期2天的研讨会上，31位专家对靶向皮肤和口腔微生物组的个人护理产品的安全性考虑因素等问题进行了探讨，并将相关讨论内容发表在Clinical Microbiology Reviews上，推荐专业人士关注。

皮肤菌群口腔菌群个人护理用品安全性微生物组扰动

微生物组多样性

微生物组研究中多层次的未知

微生物组研究已取得很大进展，但仍有大量未知等待人们去探索。BMC Biology近期发表的一篇评论短文，对微生物组多样性研究中存在的多个层次的未知进行了探讨，值得关注。

微生物组多样性

结直肠癌

Nature子刊：跨越人群的大肠癌肠道菌群特征和诊断标志物

不少研究报道了肠道菌群与结直肠癌（CRC）之间的密切关系，但在不同队列和人群之间是否存在通用的菌群诊断标志物，仍需进一步探究。《Nature Medicine》刚刚上线的一项研究，对涉及5个国家人群的已报道的队列和意大利的2个新队列的粪便宏基因组数据集，进行了荟萃分析，鉴定出在不同人群间共通的CRC相关肠道菌群组成和功能特征，构建了含16个物种的CRC疾病预测模型，并在两个额外的队列数据中得到验证。该研究再次证实了，不同人群中的CRC菌群特征存在异质性，但综合分析多个队列获得的菌群标志物，能提高诊断准确性。这些发现对于用菌群标志物进行疾病诊断，以及研究菌群成员在CRC中的潜在作用，均有参考价值。

结直肠癌肠道菌群 Cancer genomics colorectal cancer Microbial communities

饮食-菌群-宿主

Cell子刊：具体哪株菌，饮食来决定

肠道普雷沃菌对人类健康的影响具有争议。本研究纳入多个意大利人粪便菌群研究数据，发现Prevotella copri菌株类型和功能的人群间个体差异受饮食结构的影响显著，可能因此对宿主健康带来不同的影响。本文的结果对研究饮食-微生物-宿主互作具有重要参考价值。

饮食-菌群-宿主 Prevotella copri 意大利人人体研究宏基因组

环境微生物

宏组基因组和培养组联合揭示热泉微生物组成和功能

泉水提供了重要的生态系统服务，包括饮用水供应、娱乐和水疗，但其微生物群落在很大程度上仍然未知。在这项研究中，我们在温泉的四个采样点包括自然（泉水和井）和人为（储水箱，浴缸）环境的四个采样点表征了意大利Comano Terme的泉水微生物组。这项研究证实，地下水环境中存在着由许多未知类群组成的高度适应的，稳定的微生物群落，甚至存在于可培养的部分中。

环境微生物温泉宏基因组培养组学细菌基因组

人类微生物组

Cell：9428个人体宏基因组！探索全球人类微生物组中的广大未知

人类微生物组 human microbiome metagenomics metagenomic meta-analysis metagenomic assembly

生物信息学工具

Nature 子刊：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析

HUMAnN2 可实现快速宏基因组、宏转录组的物种和功能定量，同时提供功能通路内物种组成信息。

生物信息学工具宏基因组宏转录组 Elizabeth Pennisi Elizabeth Pennisi

母婴肠道细菌传递

Cell子刊：孩子继承母亲的肠道细菌有什么规律？

Cell Host and Microbe刚刚上线的另一项母婴菌群传递的研究中，在44对母婴中，在菌株水平揭示了母亲向孩子传递肠道细菌的两种主要模式及决定因素，并分析了抗生素耐药基因在母婴间传播的情况。

母婴肠道细菌传递菌株水平分析抗生素耐药基因 gut microbiome Cristina Palacios

婴儿菌群

Cell子刊：婴儿的菌群发育，母亲的直接贡献很大

Cell Host and Microbe刚刚上线一项母婴菌群纵向传递的研究，结合宏基因组学和菌株水平的计算方法，表明母亲身体多个部位的菌群参与了婴儿口腔和肠道菌群的发育，其中母亲的肠道菌群贡献最大，婴儿自身的生理环境选择也对菌群塑造有重要作用。

婴儿菌群母婴传播菌株水平分析 Infant microbiome Shotgun metagenomics

垂直传播

GR：在菌株层面追踪婴儿的肠道菌群来源

谁/什么是孩子肠道菌群的主要贡献者？Genome Research[IF：11.922]上月发表的一项研究，分析并追踪了婴儿肠道菌群中的菌株来源，证明自然分娩的婴儿的肠道菌群主要来自母亲，其他家人和环境中的菌株在孩子后续成长中也能不断定殖。这种机制或许减少了环境中的机会性菌株在后代肠道中的早期定殖，从而对婴儿肠道菌群发育起保护作用。

垂直传播母婴环境菌株追踪 Y Alan Wang

宏基因组

Nature子刊：宏基因组研究超强综述——从取样到分析

此文是Nicola Segata领衔创作的宏基因组分析综述，是目前我所见到的指导宏基因组实验和分析最好的综述。Segata本人及其团队在宏基因组分析领域编写了最多的主流软件，如LEfSe、MetaPhlAn2、HUMAnN2（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1055870103）和GraPhlAn等，而且还表发了众多顶级宏基因组研究文章，如《Cell：9428个人体宏基因组！探索全球人类微生物组中的广大未知》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1047831920）、《Nature子刊：跨越人群的大肠癌肠道菌群特征和诊断标志物》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1066677273）等。此文发表近2年，引用200+次，是CNS平均引用的2.5倍多，足以见此文的重要性。

宏基因组系统综述实验设计宏基因组拼接宏基因组分箱

双歧杆菌

Microbiome：婴儿的双歧杆菌及对应噬菌体，从妈妈而来！

研究母婴之间共享的双歧杆菌，发现除了双歧杆菌本身会由目前传播给婴儿，其特异性噬菌体也是妈妈那里传来的。不太出乎所料，但被研究所证，也证明了母亲的无私付出是多么伟大。

双歧杆菌双歧杆菌噬菌体母婴传播母乳 Henrik Munch Roager

银屑病

NPJBM：研究牛皮癣相关皮肤菌群，分析到菌株水平很必要！

银屑病皮肤菌群菌株水平 Morten O A Sommer Dan I Andersson

皮肤菌群

实验皮肤病学：系统阐述皮肤菌群研究方法（综述）

皮肤菌群宏基因组核糖体 Maria Kulecka Jerzy Ostrowski