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Bart Deplancke
文章数:5篇
肠道发育
Nature子刊:绘制肠系膜淋巴结间质细胞的发育过程
肠引流肠系膜淋巴结(LN)提供了形成肠道适应性免疫反应的框架。之前的研究显示,LN基质细胞(SC)的组成和免疫调节功能因位置而不同。Nature Communications近期发表的文章,对不同年龄小鼠(D0、D10、D24、D56、D300)mLN的基质细胞(SC)进行单细胞测序,绘制了非内皮SC的转录和表观基因组,且指出其具有位置特异性,不依赖肠道菌群的特点,同时揭示出个体发育过程中不同SC亚群的转录因子动态表达。
肠道发育
间充细胞
网状细胞
单细胞RNA测序
Nature子刊:新技术帮助识别肠隐窝和类器官组成的变化
目前的单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法主要针对大型细胞输入(>1,000个细胞),这使得它们在处理小的、单独的组织样品时效率低下且成本高。Nature Methods发表的研究,为低细胞输入的scRNA-seq开发了一个确定性的、mRNA捕获珠和细胞共同封装的液滴系统(DisCo),DisCo可以有效地处理只含有几百个细胞的样品,识别类器官的异质性。未来,这种方法或能适用于罕见的小型临床样本,以增加对疾病相关细胞异质性和动态的了解。
单细胞RNA测序
类器官
类器官异质性
肠隐窝
肠道感染
肠道感染改变果蝇的RNA剪接
RNA剪接是基因表达中重要的转录后调控机制。Genome Biology上发表的一项最新研究,利用果蝇作为模式动物,发现肠道感染可促进5'端的内含子保留,这些内含子具有类似外显子的特征。机制上,RNA结合蛋白——Lark介导了肠道感染诱导的5'端内含子保留。
肠道感染
infection
Gut
Splicing
Intron retention
肠道感染
ntc基因的表达水平影响果蝇肠道感染的易感性
个体免疫系统在对抗外来入侵病原能力方面具有显著不同,但其生物学机制并不明确。近期在Genome Biology上发表的一项基于果蝇肠道感染的研究,发现nutcracker(ntc)可能是调控肠道抗感染能力的主效基因,并通过表达数量性状基因座(eQTL)分析和果蝇遗传参考品系(DGPR)测验鉴定了大量与抗感染相关的eQTL。该研究结果揭示了特定基因的表达可能影响肠道抗能力。
肠道感染
肠道感染
顺式调控元件
果蝇
eQTL
肠道先天免疫反应
COGD:如何调控肠道先天免疫细胞的基因?(综述)
无关菌群的一篇综述,但有关于肠道先天免疫反应,值得一读。
肠道先天免疫反应
基因调控机制
M Andrea Azcarate-Peril
Todd R Klaenhammer