Shijie Zhao

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Shijie Zhao

文章数：4篇

微生物单细胞测序

Science：微生物高通量单细胞测序，助力在菌株水平上解析肠道菌群

肠道菌群是复杂的微生物群落，典型的人肠道菌群可包含数百个微生物物种，而每个物种中又可能包含多个有功能差异的菌株。然而，在菌株水平上开展大规模的肠道菌群研究，目前在方法学上仍存在挑战。为了克服这一困难，哈佛大学David Weitz团队与麻省理工学院Eric Alm团队合作，开发了一种新的微生物高通量单细胞测序方法Microbe-seq，无需培养即可从复杂群落中获得大量的单个微生物基因组信息，解析出菌株分辨率的高质量微生物基因组，并以人肠道菌群分析为例展示了该方法在菌群研究领域中的巨大潜力。相关论文已于Science发表，郑文山博士和赵诗杰博士是共通第一作者。相信随着方法学的不断突破，人们对于菌群的研究和认知也将被拓展到新的高度。

微生物单细胞测序肠道菌群菌株水平

香港大学张彤 Nature子刊：基于组学的抗生素耐药基因风险评估框架

病原微生物的抗生素耐药性已经成为威胁人类健康的关键因素。抗生素耐药基因（ARGs）是微生物耐药的主要机制，ARGs广泛存在于自然界中，然而并不是所有的ARGs都会威胁公共健康。因此，如何有效识别和评价潜在的高风险ARGs对于人类有针对性的开展主动预防具有重要的意义。近期国内香港大学张彤团队在Nature子刊，Nature Communications上发表了他课题组最新的研究成果，他们基于组学的信息成功开发一套崭新的ARGs评估框架，该框架以抗性基因是否高度集中于与人类相关的环境中、在微生物种间的可转移性，以及在宿主（人类）内的可致病性为主要因素，将ARGs按照风险程度分成了四个级别，系统地评估了ARGs对人类所构成的风险。

风险评估评估框架抗生素耐药基因研究论文基础研究

细菌适应性

Cell子刊：人体肠道内的“适者生存”

任何环境下细菌都在经历自然选择过程。来自MIT的赵诗杰博士与其同事近期在《Cell Host and Microbe》发表研究，将菌株培养技术与粪便菌群宏基因组测序技术联用，发现了脆弱拟杆菌通过积累突变来适应人体宿主环境的模式、人体肠道适应性密切相关的基因以及在人体宿主内的菌株演化动态特点。该结果有助于研究肠道共生细菌的适应性机制，对于阐释细菌-人体宿主互作以及共演化具有重要参考价值。

细菌适应性宿主内演化粪便宏基因组菌株培养脆弱拟杆菌

Nature子刊：社交人群中的菌群传递

《Nature Microbiology》近期发表研究，对斐济群岛上287人的肠道和口腔菌群进行核心SNP分析和可变基因组区域分析，阐释了共生菌群在人群中的水平传递现象，发现菌群的相似性一定程度上可以反映人群的社交关系。该结果对于阐释环境因素对共生菌群的影响、共生菌群的建立具有重要参考价值。

菌群传递社会结构人群研究宏基因组肠道菌群