生物信息学算法

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生物信息学算法

文章数：4篇

华科宁康团队：一个快速、准确的微生物群落结构搜索利器——Meta-Prism

华中科技大学宁康教授课题组在Briefings in Bioinformatics发表论文，介绍了一款新的微生物群落结构搜索利器：Meta-Prism。这一款主要由 C++ 和 CUDA 语言创作的工具采用了双向索引（dual index）、一个新的打分函数和 CPU/GPU 并行计算等技术，使得在大数据库中快速搜索和样本结构差异比较的速度较过去的 Meta-Storms 等算法快 10 倍以上。

宏基因组生物信息学算法 microbial community community structure search dual indexing

宏基因组分析工具

青岛能源所苏晓泉：一种对鸟枪宏基因组进行全面分类和系统发育比较的新方法

目前用于计算微生物鸟枪宏基因组之间距离时使用的方法，常会忽略物种之间的进化关系，进而推算出错误的微生物组β多样性模式。中科院青岛能源所的苏晓泉团队开发了一个新工具——动态Meta-Storms，通过整合分析宏基因组组装与系统进化树，提高了运算速度和分类准确性。软件使用GPL许可发布，可以在GitHub(https://github.com/qibebt-bioinfo/dynamic-meta-storms)获取。

宏基因组分析工具生物信息学算法鸟枪法宏基因组学 Noha H Youssef Casey H Meili

生物信息学算法

HULK：k-mer频谱草图用于微生物组快速分析

近年来公共可用微生物组数据的增长为基因组研究提供了宝贵的资源。大量的微生物组数据，以及微生物组研究的广泛普及和临床宏基因组学时代的到来，意味着迫切需要开发能够在短时间内处理大量数据的分析方法。为了满足这一需求，发表于《Microbiome》的研究提出了一种使用流式k-mer频谱的相似性草图表示微生物组测序数据差异的新方法。这些草图允许近似实时地进行差异估计，快速的微生物组目录搜索和微生物组样品的分类。项目地址：https://github.com/will-rowe/hulk 。

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基因组数据库

Nature子刊：仅用万分之一空间便可存储所有细菌和病毒的基因组信息

生物大数据的产生给我们带来了存储、检索等方面的挑战。Nature Biotechnology上介绍的一种新型基因组存储、检索方案，仅用比传统方法低四个数量级的空间就可存储目前所有的约44万个细菌、病毒基因组信息，并可有效用于基因检索，值得参考。

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