低丰度物种

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文章数：6篇

Science子刊：用于表征凝集素与微生物互作的方法—Lectin-Seq

凝集素是一种可溶性的碳水化合物结合蛋白，可区分细胞表面多糖，并特异地结合相关的菌株。先前遗传模型表明，凝集素在调节肠道微生物群中起着重要作用。然而，人类凝集素在宿主-共栖微生物群落中的作用尚未阐明。近日，麻省理工学院研究人员在Science Advances发表最新研究，开发出一种Lectin-Seq方法，用于表征凝集素与微生物相互作用，性能较好，值得关注。

Lectin-Seq 凝集素研究论文基础研究方法工具

低丰度物种和抗性基因的最优宏基因组组装比较（综述）

测序和计算机技术的进步使高分辨率评估复杂菌群的宏基因组组装成为现实。基于此，Briefings in Bioinformatics发表的综述专门评估了长读（LR）和短读（SR）以及混合（HY）宏基因组组装器在低丰度物种上的性能和优缺点。

宏基因组低丰度物种综述

全宏基因组鸟枪法测序

孙志宏团队：用超深度混合宏基因组测序，研究人类肠道菌群中低丰度物种的基因组和功能

内蒙古农业大学孙志宏团队近期在Gut Microbes发表研究，设计了一种 HiSeq-PacBio 混合、超深度宏基因组测序方法，并用于从 8 名人类受试者获得的 12 份粪便样本中重建宏基因组组装基因组（MAGs），研究结果表明该策略超过了人类肠道菌群中低丰度和超低丰度物种的基因组和功能表征的现有方法。该方法流程能够揭示功能宏基因组水平的更完整信息，突出了深度测序在揭示复杂菌群中存在的稀有物种的全面基因组特征和功能宏基因组潜力方面的价值。

全宏基因组鸟枪法测序 PacBio SMRT 测序低丰度物种宏基因组组装基因组 (MAG) 完整的 MAG (CMAG)

杜震宇+张美玲等：非优势肠道菌柠檬酸杆菌促进鱼的能量获取

华东师范大学生命科学学院杜震宇教授、张美玲教授课题组近期在《mSystems》发表最新研究，系统分析了一株鱼肠道细菌对于鱼体脂肪沉积的影响，表明特定肠道细菌可帮助宿主鱼类从高脂食物中获取更多能量，证实肠道菌群调控宿主能量储存是一种不仅存在于哺乳动物中的保守机制。此外，该项研究还说明，肠道菌群中的非优势菌也能对宿主能量代谢有显著影响，非优势菌引发的“蝴蝶效应”不容忽视。

能量代谢鱼肠道菌群 energy harvest Gut microbiota high-fat diet

低丰度细菌驱动饮食变化引起的肠道菌群组成改变

Microbiome上发表的最新研究，评估不同饮食对白蚁菌群的影响，发现低丰度细菌驱动了饮食引起的肠道菌群变化。

白蚁菌群人工神经网络深度学习低丰度物种 16S rRNA gene sequencing

低丰度物种

PLoS CB：成功分析菌群中低丰度物种互作的新方法！

绝大多数的菌群研究关心高丰度物种，而事实上，低丰度物种不仅种类繁多，数量也不可小觑，对低丰度物种互作的分析，非常必要。新的运作方法，一定程度解决了低丰度物种分析的问题。特别推荐！

低丰度物种布尔运算