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Manimozhiyan Arumugam
文章数:16篇
肠道病毒组
研究肠道病毒组的新资源+一种普遍存在的新噬菌体
mSystems近期发表一项来自丹麦的研究,报道了基于当地人群的肠道病毒组数据库,并从中发现了一种在全球人群中存在较为普遍的新的噬菌体。
肠道病毒组
噬菌体
SHIME
SHIME或可作为研究复杂菌群的有效工具
文章利用SHIME( Simulator of the Human Intestinal Microbial Ecosystem )系统探究了人体粪便微生物的短期(~22-31天)的生态适应性和继承性。研究结果显示,人类粪菌在一定时间内在SHIME系统中呈现良好的生态适应性和继承性,并且该系统使特定菌群的检测成为可能。
SHIME
AKK菌
挖掘人肠道中的Akk菌多样性
嗜粘蛋白阿克曼菌(Akkermansia muciniphila)在调节肠道和宿主健康中有重要作用,但人们对这种细菌及其近缘种的基因组多样性仍所知有限。Genome Biology近期发表研究,通过对人源的阿克曼菌属(Akk菌)的分离菌基因组和宏基因组组装基因组进行大规模分析,揭示了Akk菌的系统发育和功能多样性,为未来进一步研究Akk菌的功能机制和转化应用打下基础。
AKK菌
前驱糖尿病
不同国家的前驱糖尿病人群的肠道菌群特征
来自Genome Medicine上发表的一项最新队列研究结果,纳入来自丹麦及印度的262名前驱糖尿病者及275名血糖正常者,鉴定出了与前驱糖尿病相关的跨种族肠道菌群组成变化,并在不同国家人群中鉴定出了不同的前驱糖尿病相关肠道菌群特征。
前驱糖尿病
研究论文
队列研究
2型糖尿病
不同国家的2型糖尿病患者的肠道菌群特征
近期发表于Genome Medicine的一项研究,纳入血糖正常或2型糖尿病(T2D)的279名丹麦人(138名血糖正常和141名T2D)和294名南印度人(137例血糖正常和157例T2D),鉴定出了丹麦人和南印度人之间的肠道菌群主要组成差异,其中一些可能与种族、生活方式和人口学的差异有关。通过比较未使用二甲双胍的T2D患者及血糖正常者,鉴定了丹麦人和印度人中的T2D相关菌群变化。另外,在跨种族研究中,确认了二甲双胍可改变肠道菌群的组成及功能。
2型糖尿病
研究论文
队列研究
肝硬化
Nature Reviews:一文读懂肠道菌群在肝硬化中的作用(综述)
肝病的终末期阶段常表现为失代偿期肝硬化,并可能进展为慢加急性肝衰竭(ACLF),导致较高的死亡率。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇综述文章,详细介绍了肠道菌群在失代偿期肝硬化及ACLF进展中的潜在致病机制,并讨论了肠道菌群作为诊断标志物及治疗靶点的可能。
肝硬化
综述
失代偿期肝硬化
慢加急性肝衰竭
肠-肝轴
母乳寡糖
Nature 子刊:梭菌能代谢母乳低聚糖,并通过交叉喂养方式利用粘蛋白
生命早期人类肠道菌群对宿主的健康产生终身影响,如梭菌目中Roseburia和Eubacterium的早期定植,与预防结直肠癌、免疫和代谢紊乱有关。《Nature Communications》最近发表的文章,通过基因组分析,发现在Roseburia中,HMO利用位点具有多样性并普遍存在;并且在与降解粘蛋白的Akk菌共培养过程中,HMO分解代谢上调,表明该途径在促进交叉喂养和获取粘蛋白o-聚糖方面发挥了额外的作用。本研究结果提示,产丁酸盐的梭菌目细菌对HMOs的分解代谢,可能有助于提高该菌群在断奶引发的菌群成熟过程中的竞争优势。
母乳寡糖
梭菌
粪便菌群
Nature子刊:全球数据揭示结直肠癌特征菌群
《Nature Medicine》近期发表一项涵盖全球多个地区结直肠癌研究的荟萃分析,发现了29个具有全球代表性的特征肠道菌群,以及与结直肠癌相关的菌群代谢特点,这些宏基因组信息有望用于全球范围内的结直肠癌诊断。
粪便菌群
结直肠癌
荟萃分析
结直肠癌诊断
特征菌群
抗生素影响
Nature子刊:健康成人的肠道菌群对抗生素扰动有较强的恢复力
Nature Microbiology本周上线的一项重要研究表明,健康成年人的肠道菌群经短期广谱抗生素扰动后,整体上有较强的恢复能力,但也有少数潜在的有益菌种和菌株在半年后仍无法恢复,抗生素耐药基因的携带情况可影响细菌在恢复过程中的定植和生存。这些发现提示,健康成年人偶尔短期服用抗生素,应该不会对菌群造成明显的长期不良影响,但长期和经常性服用抗生素的后果,以及抗生素对儿童和老年人菌群的影响,仍需更多研究。
抗生素影响
人体肠道菌群
抗生素耐药基因
血液微生物组
Gut:肝硬化患者血液循环中的菌群
Gut[IF:16.658]近期发表的通讯短文,在肝硬化患者中分析了肠-肝轴血液(门静脉)中的菌群,与肝静脉、中央静脉和外周静脉血中的菌群进行比较,并表明这些血液循环中的菌群与系统性炎症有潜在关联。
血液微生物组
肝硬化
肠-肝轴
系统性炎症
细菌易位
肠型
Nature子刊:利用“肠型”对肠道菌群进行分类
这是Nature Microbiology发表的重要文献,包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家,针对“肠型”这个概念进行了新的探讨,以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖,我们仅简要介绍。特别推荐!
肠型
Trevor Beaudoin
Charles M Deber
高脂饮食
Microbiome:高脂饮食而非肥胖导致小鼠肠道菌群改变
胖老鼠的肠道菌群发生改变,是因为它胖,还是因为它吃了不健康的食物呢?这篇文章有答案!吃,看来是肠道菌群扰动的最大因素之一!
高脂饮食
肥胖
C57BL/6J mice 129S6/Sv mice Obesity High-fat feeding Microbiota Microbiome Indomethacin
血清代谢组学
Nature:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险
最新online的nature,关注肠道菌群如何影响血清代谢组、胰岛素抵抗、代谢和心血管疾病,值得一读。
血清代谢组学
胰岛素抵抗
支链氨基酸
转运蛋白
葡萄糖不耐受
DNA提取
SR:提取宏基因组DNA的靠谱改进方法!
这篇文章的作者自诩新方法能成为DNA样本提取的黄金标准,每天都在提取DNA的群友们看一看评一评,告诉大家真的有那么牛气冲天么?
DNA提取
THSTI
宏基因组测序
方法学
Janelle S Ayres
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
去年Nature上的重量级研究,证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的。强烈推荐重温经典。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
Grace Hewon Shin
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
经典回顾,这是MetaHIT抢在HMP团队之前在Nature上发出的第一个重量级阶段性研究成果,也是覃俊杰博士的成名之作,迄今被引用次数已近4000次。
人肠道宏基因组
Jacques Ravel
Jacques Ravel