Francesco Asnicar

肠道微生物组的组成与免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的临床反应有关，但是与ICI临床益处相关的特定微生物组特征还缺乏认知。Nature Medicine近期发表的文章，通过对晚期黑色素瘤患者接受ICI治疗前的粪便样本进行测序分析，同时整合之前发表的数据集，发现肠道微生物组的组成与ICI的临床反应具有相关性，但是呈现队列之间的差异性，没有一个物种在所有队列中是完全一致的。

晚期黑色素瘤肠道菌群人群队列数据

研究论文

关注肠道蠕动性：蓝色粪便追踪+手机APP或优于传统分析法？

Gut上最新发表的文章，采用可食用蓝色染料标记测量肠道转运时间与人肠道微生物组间的关系，既便宜又方便，或可在大型流行病学调查中推广。蓝色染料添加入松饼服用，配合手机APP记录。有时候一个小创新，在实践中就可能大有作为。

研究论文医学研究

肠道菌群

Nature子刊：分析1000+人，鉴定菌群、饮食和代谢的关系

肠道菌群受饮食调控，并能影响宿主的代谢健康，三者之间存在着非常复杂的关联。Nature Medicine近期发表的一项新研究，对英国和美国2个队列的1098人进行了分析，深入探究了肠道菌群特征与心血管代谢和习惯饮食之间关系，值得专业人士仔细研读。

肠道菌群饮食-菌群互作心血管代谢

生酮饮食

生酮饮食或能增强癌症免疫治疗

JCI insight上发表的一项最新研究，发现生酮饮食诱导产生的酮体——3HB可通过抑制巨噬细胞的PD-L1表达，并促进CXCR3+ T细胞扩增，从而在小鼠体内发挥抗肿瘤作用，并增强免疫检查点抑制剂（ICB）——PD-1单抗及CTLA-4单抗的治疗效果。

生酮饮食研究论文肿瘤免疫治疗 PD-1单抗基础研究

粪菌移植

粪菌移植有效缓解TKI治疗引起的腹泻

口服酪氨酸激酶抑制剂（TKI）可显著改善转移性肾细胞癌（mRCC），但TKI治疗引起的腹泻会影响药物疗效和患者恢复。Nature Communications上发表的一项随机双盲对照试验，在20名接受TKI治疗的mRCC患者中发现，来自健康供体的粪菌移植可有效缓解患者的腹泻。

粪菌移植酪氨酸激酶抑制剂（TKI）转移性肾细胞癌腹泻研究论文

直肠真杆菌

从宏基因组中重构1321个直肠真杆菌基因组，发现了什么？

直肠真杆菌是一种属于毛螺菌科细菌，广泛存在于人类肠道菌群中。《Genome Biology》发表的一项研究，建立了一种宏基因组分析流程，从>6500个粪便宏基因组中重构了1321个高质量的直肠真杆菌基因组，并分析了这种细菌的种群结构和分布。

直肠真杆菌宏基因组系统发生生物地理学人肠道细菌

抗肿瘤细菌

Nature子刊：可抑制肠道肿瘤的产短链脂肪酸菌

Nature Microbiology上发表的一项最新研究，在结直肠癌小鼠模型中发现Faecalibaculum rodentium可通过产生短链脂肪酸发挥抗肿瘤作用，而在人体内与其对应的细菌为Holdemanella biformis，在晚期腺瘤阶段丰度降低，并可通过释放短链脂肪酸在体外抑制肿瘤细胞系或患者肿瘤样本的生长。

抗肿瘤细菌 Faecalibaculum rodentium 产短链脂肪酸细菌短链脂肪酸结直肠癌

宏基因组组装基因组（MAGs）

人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的比较宏基因组分析

Genome Biology发表的文章，比较分析了人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的宏基因组，扩展了人类与NHP相关的微生物多样性，能够更好地表征灵长类动物菌群，深入进行人类和NHP的比较研究。

宏基因组组装基因组（MAGs）非人类灵长类动物肠道菌群 metagenomic assembly Non-human primates microbiome Microbiome sharing

人肠道细菌

Cell子刊：揭秘西化人群中缺乏的Prevotella copri

Prevotella copri是常见的人类肠道细菌，尤其存在于非西化人群中，这种菌在健康与疾病中的作用仍有不小的争议。Cell Host and Microbe近期发表的一项研究，分析了超过7000个宏基因组中>1000个P. copri基因组，结合对古人类化石样本的分析，充分揭示了这种菌的种内多样性和在不同人群中（西化vs非西化）的存在情况，及其与人类共生的进化史，表明西化进程（尤其是相关的饮食变化）可能导致了这种菌在人类肠道中不断减少。

人肠道细菌 human microbiome metagenomics Prevotella copri comparative microbial genomics

环境微生物

宏组基因组和培养组联合揭示热泉微生物组成和功能

泉水提供了重要的生态系统服务，包括饮用水供应、娱乐和水疗，但其微生物群落在很大程度上仍然未知。在这项研究中，我们在温泉的四个采样点包括自然（泉水和井）和人为（储水箱，浴缸）环境的四个采样点表征了意大利Comano Terme的泉水微生物组。这项研究证实，地下水环境中存在着由许多未知类群组成的高度适应的，稳定的微生物群落，甚至存在于可培养的部分中。

环境微生物温泉宏基因组培养组学细菌基因组

人类微生物组

Cell：9428个人体宏基因组！探索全球人类微生物组中的广大未知

Cell发表的一项微生物组最新研究，对32个国家不同人群、生活方式、年龄段和身体部位（粪便、口腔、皮肤和阴道）的9428个人体宏基因组进行大规模组装，发现了大量的未知微生物物种和基因组，使人类微生物组的参考基因组规模翻了1倍，大大扩展了人们对人体微生物组多样性的认知，将为后续研究——特别是在菌株水平的肠道和口腔微生物组研究，提供很大助力。

人类微生物组 human microbiome metagenomics metagenomic meta-analysis metagenomic assembly

母婴肠道细菌传递

Cell子刊：孩子继承母亲的肠道细菌有什么规律？

Cell Host and Microbe刚刚上线的另一项母婴菌群传递的研究中，在44对母婴中，在菌株水平揭示了母亲向孩子传递肠道细菌的两种主要模式及决定因素，并分析了抗生素耐药基因在母婴间传播的情况。

母婴肠道细菌传递菌株水平分析抗生素耐药基因 gut microbiome Cristina Palacios

婴儿菌群

Cell子刊：婴儿的菌群发育，母亲的直接贡献很大

Cell Host and Microbe刚刚上线一项母婴菌群纵向传递的研究，结合宏基因组学和菌株水平的计算方法，表明母亲身体多个部位的菌群参与了婴儿口腔和肠道菌群的发育，其中母亲的肠道菌群贡献最大，婴儿自身的生理环境选择也对菌群塑造有重要作用。

婴儿菌群母婴传播菌株水平分析 Infant microbiome Shotgun metagenomics

银屑病

NPJBM：研究牛皮癣相关皮肤菌群，分析到菌株水平很必要！

一项关于牛皮癣（银屑病）相关皮肤菌群的研究，结果值得关注，作者的观点也值得思考。在菌群研究的时候，是否要把分辨率精确到菌株水平，一直有各种争议，那么你的观点呢？

银屑病皮肤菌群菌株水平 Morten O A Sommer Dan I Andersson

宏基因组

Nature子刊重磅：从宏基因组信息鉴别菌株信息！

① 本文介绍了一种利用宏基因组数据完成菌株鉴别的工具——PanPhlAn；② PanPhlAn根据一个物种的泛基因组，确定在一个物种的不同菌株中有无哪些基因，可得到菌株功能及其致病潜能；③ PanPhlAn能识别造成疾病爆发的菌株，且可对已知菌株和新菌株进行鉴定和比较；④ 结合转录组数据，PanPhlAn能分析相应菌株在复杂的群落中的转录活性；⑤ PanPhlAn克服了宏基因组组装相关的局限性，即使对于参考基因组很少的物种，也能很好地进行菌株鉴定。

宏基因组菌株鉴定