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Harri Lähdesmäki
文章数:7篇
菌群-免疫互作
一种罕见自身免疫病的菌群特征
IgG4相关疾病(IgG4-RD)和系统性硬化(SSc)是罕见的自身免疫疾病,以血液中存在CD4+ 细胞毒性T细胞、多器官炎症及纤维化为特征。Genome Medicine上发表的一项最新研究,对比鉴定了IgG4-RD患者与SSc患者的肠道菌群组成及功能的变化,发现与其它自身免疫疾病或炎症性疾病(如多发性硬化、类风湿关节炎、IBD)的患者不同,IgG4-RD患者与SSc患者有着独特且类似的菌群特征。
菌群-免疫互作
自身免疫疾病
系统性硬化
IgG4相关疾病
研究论文
纵向组学分析
Nature子刊:使用LonGP分析医学纵向组学数据
医学纵向组学数据分析常出现无法恰当选择斜变量结构,无法处理无规律取样时间点和数据缺失,无法考虑随时间变化的斜变量和无法选择合适的非线性模型等困难。LonGP专为这种纵向数据分析设计,可解决以上常见的问题,软件工具储存在 https://github.com/chengl7/LonGP
纵向组学分析
高斯过程模型
Xianghui Liang
Zhipeng Zhang
Yongyi Shen
肠道菌群建立
Nature子刊:人类幼年的肠道菌群基因组和功能具有高度多样性
肠道菌群的早期建立对研究菌群结构和功能具有重要意义。本研究利用DIABIMMUNE研究中从芬兰、爱沙尼亚和俄罗斯收集到的儿童菌群数据数据,研究了微生物基因组多样性对肠道微生物组发育的影响,重点阐释了拟杆菌属、双歧杆菌属的多样性和差异性,在菌株水平拓展了对菌群早起建立的认识,值得参考。
肠道菌群建立
儿童肠道菌群
拟杆菌
双歧杆菌
Nature:早发1型糖尿病的早期菌群特征
1型糖尿病(T1D)是一种自身免疫疾病,与遗传和环境因素有关。TEDDY研究是一项美国和欧洲的多中心纵向队列研究,分析有T1D遗传风险的婴幼儿的肠道菌群等潜在T1D风险因素。Nature刚刚上线两项基于该队列的研究,本研究主要分析了与T1D相关的肠道菌群功能和组成特征,表明短链脂肪酸对T1D有潜在预防作用。该研究也分析了婴幼儿期肠道菌群发育的规律,不妨与另一项研究(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1083526450)搭配阅读。
1型糖尿病
Nature:早发1型糖尿病的早期菌群特征
1型糖尿病(T1D)是一种自身免疫疾病,与遗传和环境因素有关。TEDDY研究是一项美国和欧洲的多中心纵向队列研究,分析有T1D遗传风险的婴幼儿的肠道菌群等潜在T1D风险因素。Nature刚刚上线两项基于该队列的研究,本研究主要分析了与T1D相关的肠道菌群功能和组成特征,表明短链脂肪酸对T1D有潜在预防作用。该研究也分析了婴幼儿期肠道菌群发育的规律,不妨与另一项研究(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1083526450)搭配阅读。
1型糖尿病
TEDDY研究
婴儿肠道菌群
母乳喂养
Chikako Shimokawa
免疫原性
Cell:不得自身免疫病,靠儿时细菌的免疫训练?
最新Cell,再次证明肠道菌群在正常免疫系统发育过程中的重要作用。
LPS
免疫原性
自身免疫
Maartje van der Heijden
Louis Vermeulen
一型糖尿病
Cell子刊:易感一型糖尿病婴儿的肠道菌群动态变化
① 对33个具有I型糖尿病(T1D)遗传倾向的婴儿进行肠道微生物组分析;② 尽管特征物种的菌株组成在个体间是高度可变的,但在整个婴儿期内,高丰度的菌株组成在个体内是稳定的;③ 婴儿期肠道微生物的代谢组成和代谢途径的丰度相对稳定;④ 血清转化后,T1D发病前的这段时间,婴儿的肠道菌群α多样性显著下降,炎症相关的有机物、基因功能以及血清和粪便代谢物增加。
一型糖尿病
婴儿肠道微生物
Anja Pomowski
Isabel Uson
Zuzanna Nowakowska