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分类
文章数:5篇
结直肠癌
菌群分类越精细,大肠癌分类越准确?No!
肠道菌群已成为无创检测结直肠癌的一个有希望的靶点。大多数基于菌群的分类工作利用来自操作分类单元(OTU)或扩增子序列变体(ASV)的分类丰度数据,以提高分类分辨率。然而,目前尚不清楚哪种分类分辨率最适合用于基于菌群的结直肠癌分类。mBio近期发表的文章,对门、纲、目、科、属、OTU和ASV等不同分类分辨率下预测模型的性能进行量化分析,发现分类分辨率和预测性能之间需要权衡,粗略的分类分辨率(如门)不够清晰,但精细分辨率(如ASV)过于个性化,无法准确分类样本。这类似于金凤花和三只熊的故事,中程分辨率(即科、属和OTU)对于从肠道菌群数据优化预测结直肠癌来说“恰到好处”。
结直肠癌
菌群
机器学习
分类
菌群
重新设计分类软件用于菌群功能注释
为了促进功能菌群分析,作者重新利用了著名的分类学工具,以使其能够执行直接的功能测序读长分类,并获得功能层次结构的额外好处。为实现此目的,作者开发并提出了一个树形功能层次结构,该层次结构代表了基因本体注释结构的分子功能子集。作者使用此功能层次结构来取代分类工具使用的标准系统分类,并将查询序列准确地分配到树中最低可能的分子功能。作者用模拟和实验数据集证明了这一点,并揭示了新的生物学见解。
菌群
功能分析
测序读长分类
分类
分类
中科院微生物所联合70位学者共同修订真菌界担子菌门分类系统
中国科学院微生物研究所为第一单位,联合培养博士生贺茂强为第一作者,赵瑞琳研究员为唯一通讯作者,联合国内外70位作者,于2019年11月发表于Fungal Diversity的文章,其集结了近十年来担子菌门分类研究的新进展,在多基因及基因组层面对整个门的系统发育关系进行了梳理,并估算了担子菌门内亚门、纲、目、科的演化时间范围,还对担子菌门中的已知3198个属名进行梳理,通过3000余篇文献查阅结合本研究结果认定其中1261个异名或不合格发表名称,1928个为合法属名,并将这些合法属依次归入所属科、目、纲和亚门,并且整理提供了每个合法属的各类信息包括分类地位、物种数、模式种、生活类型、生境、分布地、DNA数据以及系统发育等,进一步完善分类系统的各类信息。
分类
分子钟
真菌
系统分类学
物种分类
系统发生学
Nature子刊:依据细菌共有单拷贝蛋白构建新的生命之树
16S rRNA基因是现有细菌分类系统的基石。这个仅以单基因核酸差异构建的细菌生命之树并非尽善尽美。Nature Biotechnology上面的一篇报道,将单基因分类系统扩展到120个细菌共有单拷贝蛋白质,在大量氨基酸水平差异的基础上构建新的分类系统(命名为GTDB),大幅修正了现有的细菌生命之树。
系统发生学
16S rRNA 基因
分类
多序列比对
化学计量学
【食品化学】复杂的食品体系需要复杂的分析化学
① 传统的化学/微生物分析方法和单因素方差分析等单变量统计学,已不能满足食品质量研究的需求。② 光谱法/色谱分析结合化学计量学方法,可进行多元分析,用于食品真伪鉴定、食品安全、分类预测等研究领域。③ 本文简要介绍化学计量学在海产品、乳制品、橄榄油、植物饮料、蜂蜜、咖啡、茶叶、酒等食品/饮料质量评估中的应用。④ 本文认为,化学计量学应用于食品/饮料研究之前,应先了解其应用范围和局限;关键步骤是确定合适的校正模型。
化学计量学
分析化学
多元分析
质量
安全