系统发生学

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文章数：5篇

系统发生学

Nature子刊：依据细菌共有单拷贝蛋白构建新的生命之树

16S rRNA基因是现有细菌分类系统的基石。这个仅以单基因核酸差异构建的细菌生命之树并非尽善尽美。Nature Biotechnology上面的一篇报道，将单基因分类系统扩展到120个细菌共有单拷贝蛋白质，在大量氨基酸水平差异的基础上构建新的分类系统（命名为GTDB），大幅修正了现有的细菌生命之树。

系统发生学 16S rRNA 基因分类多序列比对

宏基因组分析方法

Nature子刊：菌群系统发育分析的方法

复杂菌群中的个体并非是孤立存在的，而是具有一定亲缘关系的。因此，在分析菌群表型时理应将物种之间的系统发育信息考虑进来。Nature Microbiology上的这篇综述总结出4种不同的研究问题和分析方法，更在网站上在线提供了具体分析流程，是进行菌群数据系统发育分析时非常有价值的参考材料。

宏基因组分析方法系统发生学

Nature子刊：哺乳动物和肠道菌群到底如何协同进化？

关于宿主基因组和微生物组协同进化的研究最近多了起来，这也是其中一篇重要的文献，推荐阅读。

物种进化协同进化系统发生学 Geoffrey Michael Gadd Geoffrey Michael Gadd

CHM：新方法助力理解细菌致病机制

Cell Host & Microbe的一篇Review，Gordon出品，不过不是Jeff Gordon[偷笑]

细菌致病机制全基因组测序系统发生学 Yuanmin Zhu

BMC进化生物学：28株乳酸菌的物种进化历史

① 通过比较基因组学策略，我们获得并整合220个直系同源基因进化信息；② 结合两种最为可靠的系统发育学分析手段，从基因组水平阐述了28个具有全基因组的乳酸菌的物种进化历史；特别是对于分化最大的乳杆菌属的物种；③ 同时，研究者还鉴定了一个多基因（uvrB, polC和pbpB）序列分子标记，对于未来没有公布基因组的乳酸菌物种的分类和鉴定具有重要的意义。

乳酸杆菌进化树系统发生学物种进化 Diana P Bojanova