测序技术

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文章数：9篇

Nature子刊：Greengenes2或可实现扩增子和宏基因组结果一致？

使用16S rRNA和宏基因组学的研究通常会产生不同的结果，这通常归因于PCR扩增的偏差。近日，加州大学圣地亚哥分校Rob Knight及团队在Nature Biotechnology发表最新研究，发布了一个名为Greengenes2的新参考数据库，该数据库可以比较组合和统一来自16S rRNA或宏基因组测序的微生物组数据，值得关注。

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长读长和短读长宏基因组测序技术恢复的MAGs有何差异？

随着测序技术和生信方法的进步，短读长和长读长测序技术间的差距逐渐缩小。从短读长到长读长宏基因组方法的转变是否会在MAG恢复方面引入偏差以捕获微生物种群的遗传潜力如何尚不清楚。近日，马克斯普朗克海洋微生物学研究所研究人员在Microbiome发表最新研究，比对了长读长和短读长宏基因组测序技术在恢复MAGs方面差异，发现短读长技术比长读长回收了更多的MAGs和更多物种，而长读长样本产生了更高质量的MAG和相似的物种组成。此外，还发现尽管可以在高和低GC含量的MAG中观察到差异，但两种技术回收的群体基因组相对丰度相似，值得关注。

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宏基因组组装基因组 (MAGs)

陈卫华+赵兴明等：利用基因组分辨肠道宏基因组学计算策略的调查（综述）

恢复高质量宏基因组组装基因组对于探索微生物组成和微生物表型关联至关重要。但目前用于此目的的多种测序平台和计算工具可能会使研究人员感到困惑，因此需要进行广泛的评估。近日，复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新综述，利用4种测序技术（mNGS、PacBio、Nanopore和metaHiC），在三个数据集上评估多种用于基因组解析宏基因组学的计算工具和测序平台，通过多个性能进而确定组装和分箱最佳工具，发现混合组装和基于metaHiC分箱组合的性能表现最好，其次是混合和长读长组装。

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Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：测序识别人类菌群

测序技术的发展有助于人类探索和自身相关的微生态结构和功能。本文回顾了检测人体相关菌群的测序方法，介绍了从一代Sanger测序到三代长度长测序在研究菌群特征中的优缺点，以及近期在人类菌群参考基因组构建、新基因组组装上获得的进展。

Milestones in human microbiota research Sanger测序扩增子测序鸟枪法测序参考基因组

Joan Wong：使用PacBio HiFi读段进行宏基因组学分析

PacBio公司高级生物信息学应用专家Joan Wong发表题为《使用PacBio HiFi读段进行宏基因组学分析》的报告，介绍了PacBio长读长测序在菌群研究中的应用。

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新生儿胆汁淤积症

新生儿胆汁淤积症的诊断和治疗（综述）

新生儿黄疸分为生理性和病理性，及时有效地识别病理性黄疸，对新生儿胆汁淤积症的治疗具有重要的意义。本综述阐述了二者的区别，并总结了新生儿胆汁淤积症可能的病因、面临的挑战，以及分子生物学技术的发展给其带来的机遇。

新生儿胆汁淤积症综述新生儿筛查测序技术

绿豆芽菌群

Microbiome：用不同富集方法得到的绿豆芽菌群不同

蔬菜上的沙门氏菌及产生志贺毒素的大肠杆菌等，与许多大规模疾病爆发相关。豆芽等发芽种子上存在大量共生细菌，会阻碍致病菌检测，而用不同方法富集豆芽上的菌群，得到的检测结果不一样。这提醒我们在对食品安全至关重要的检测工作中，要充分注意试验方法的差异。

绿豆芽菌群富集方法测序技术菌群组成 Anirikh Chakrabarti

SR：用Nanopore测16S全长，可鉴定出更多种

Nanopore，所谓四代测序，据说最后会做成U盘大小，应用于微生物检测恐怕要带来革命。

测序技术微生物分类纳米孔 Matteo Soverini Marco Candela

研究方法与技术

王军：数据和方法驱动的微生物组研究

中国科学院微生物所王军研究员发表题为《数据和方法驱动的微生物组研究》报告，强调了微生物组数据分析方法的进步对相关研究的推动作用。

研究方法与技术测序技术