Liang Chen

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文章数：7篇

王军+宋默识Nature子刊：二代+三代测序，深挖人类肠道菌群

中科院微生物所王军团队和中科院动物所宋默识团队合作，在Nature Communications发表文章，报道了一种新方法，结合短读长的二代测序（Illumina）和长读长的三代测序（纳米孔）数据进行宏基因组分析，深入挖掘了人类肠道微生物组的基因结构变异、原噬菌体和CRISPR间隔元件，在菌株水平上揭示了肠菌功能差异以及与宿主代谢组和表型的关系。

宏基因组三代测序牛津纳米孔测序菌株水平肠道菌群

王军+蔡磊+陈亮：全长rRNA操纵子纳米孔测序，赋能真菌组研究

Molecular Ecology近期发表了来自中科院微生物所王军、蔡磊、陈亮与团队的研究成果，建立了基于真菌全长rRNA操纵子纳米孔测序的真菌组研究方法，揭示了以前的方法可能低估的真菌组物种多样性。

真菌组牛津纳米孔测序全长rRNA操纵子

三代测序技术的宏转录组

王军+周宏伟+解立新：建立靶向RNA的病原检测新方法mtNGS和mtTGS

以牛津纳米孔测序技术（ONT）为代表的三代测序拥有快速制备文库及超长读长等优势，能有效提高临床样本中病原的检测，而ONT直接RNA测序技术也为临床样本中RNA病原无偏的检测提供了可能。为此，中科院微生物所王军、南方医科大学珠江医院周宏伟、解放军总医院第八医学中心解立新与研究团队，收集了肺泡灌洗液、脑脊液和血液样本，建立了RNA/cDNA靶向测序（mtNGS（使用二代测序技术的宏转录组）），以减少临床样本中的宿主核苷酸比例，并通过与ONT相结合（mtTGS（使用三代测序技术的宏转录组））以缩短测序时间。

三代测序技术的宏转录组牛津纳米孔技术病原检测宏基因组测序

蛋白质与肠道菌群互作影响机体脂代谢

文章探究了不同来源的蛋白（酪蛋白和乳清蛋白）的不同剂量（10-30%）对高脂饮食小鼠体重和组织脂肪。研究结果显示，高脂饮食增加小鼠体重和组织重量，但不同的膳食蛋白对小鼠菌群、体重等影响不同。

高脂饮食膳食蛋白

仝小林、王军等：葛根芩连汤调菌群降血糖，小檗碱是关键成分

葛根芩连汤（GQD）是一种常用于2型糖尿病的中药配方。来自中科院微生物所的王军团队、广安门医院的仝小林院士和赵林华与团队，在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一项最新研究，发现GQD可通过其关键组分——小檗碱调节肠道菌群的组成，富集丁酸盐产生菌，调控回肠基因表达，并降低全身及胰岛的炎症因子表达，从而降低糖尿病大鼠的血糖。

小檗碱葛根芩连汤研究论文基础研究动物实验

人类肠道病毒组

微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日，中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序，基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列，提供有关病毒多样性的更多信息，且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外，使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰（甲基化）信号进行检测。

人类肠道病毒组富集扩增牛津纳米孔技术表观基因组学

菌群-免疫互作

刘占举等：肠道菌群产物如何调节Th1缓解肠道炎症

Nature Communications刚刚上线来自同济大学附属第十人民医院刘占举团队与德克萨斯大学加尔维斯顿医学分部Yingzi Cong团队合作主导的最新研究。该研究通过小鼠和细胞实验，揭示了肠道菌群代谢物短链脂肪酸（SCFA）是如何调节效应T细胞中的Th1细胞，从而维持肠道稳态、抑制过度炎症的。这些发现对研究菌群产物对宿主免疫的调控，以及炎症性肠病的治疗，均有参考价值。

菌群-免疫互作短链脂肪酸结肠炎炎症性肠病 Th1细胞