Ruth E Ley

肥胖（OB）常伴有不良的心血管代谢健康状况（CHS），包括血压和血糖升高、胰岛素抵抗、甘油三酯或胆固醇浓度异常等，这些都增加了心脏病、中风和2型糖尿病等相关疾病的风险。OB和CHS是合并症，经常被混淆。发表于Gut Microbes上的研究，旨在解析OB和不良CHS之间微生物组功能特征的关联，并测试它们的普遍性。结果表明，无论CHS状态如何，OB都是微生物组功能变化的主要驱动因素。

肥胖心血管代谢健康状况研究论文基础研究肠道菌群

菌群-免疫互作

Science子刊：TLR5与鞭毛蛋白的“沉默”互作

细菌的鞭毛蛋白可激活Toll样受体5（TLR5），或逃逸TLR5的识别，但无法解释共生细菌的鞭毛蛋白对TLR5的弱激活作用。Science Immunology上发表的一项最新研究结果，鉴定出一种“沉默”鞭毛蛋白，因缺失FliC D0结构域，导致其与TLR5二聚体的结合能力减弱，仅能高亲和力地结合TLR5单体，因此对TLR5的激活作用较弱。这类“沉默”鞭毛蛋白可由毛螺菌科产生，在小鼠及人的肠道共生细菌中均存在，且在非西方人群中富集。

菌群-免疫互作研究论文基础研究鞭毛蛋白 TLR5

肠道菌群

Science：肠菌与人类的共同演化

肠道菌群中，很多微生物物种都伴随人类发生长期的共同演化（共多样化），Science最新发表来自德国马克斯·普朗克生物研究所Ruth E. Ley团队的研究，大规模评估了人与59种人肠道菌（细菌、古菌）的菌株的共多样化情况，鉴定出与人类共同演化的几十个菌种，以及这些与宿主共演化的肠菌之间的共性特征。这些发现对于深入理解人类与微生物的共生关系和共同演化有重要价值，也提示在研究肠道菌群介导的疾病表型中，要特别关注人群特异性菌株的潜在作用。

肠道菌群共演化

细菌代谢途径

Nature子刊：肠菌如何合成肌醇脂质

不同于真核生物，在细菌中肌醇脂质的产生比较少见。最近，人类肠道细菌——多形拟杆菌（BT）被报道可产生肌醇脂和鞘脂，但其代谢途径尚不明确。Nature Microbiology发表的这项研究对BT生成肌醇脂的代谢通路进行了解析，并探索了该通路对细菌适性的影响以及在拟杆菌中的普遍性。

细菌代谢途径

肠道菌群

Cell子刊：从菌株水平理解婴儿肠道微生物发育（综述）

本综述详细阐述了婴儿肠道微生物组的来源、发育特点、影响因素以及潜在健康作用等方面的内容。为进一步开展婴儿肠道菌群研究提供了基石。

肠道菌群综述婴儿

遗传-菌群互作

Science：菌群与宿主遗传的互作，如何影响人类对环境的适应（综述）

生活在不同地区和环境中的人群，存在着不同的遗传适应变化，以及菌群的适应变化。Science最新发表的重磅综述，探讨了宿主遗传与菌群之间的交互作用，在人类对环境的适应中的重要意义。当人类在遗传层面上适应新的环境时，菌群也可能参与其中。一方面，微生物比其宿主有更快的演化速度，这使它们能够对环境变化做出快速反应；另一方面，菌群也会通过其自身的代谢和生理调控功能，“过滤”宿主的环境，改变环境对宿主的选择压力，从而影响宿主的表型，以及对饮食、气候和病原体的变化的适应性。

遗传-菌群互作适应性

脂代谢

Nature子刊：肠道菌群产的鞘脂可影响宿主脂代谢

鞘脂（SL）是哺乳动物体内重要的信号分子，与代谢紊乱息息相关。其中研究最多的一种SL是神经酰胺，它被认为与胰岛素抵抗相关。动物研究表明，降低肝脏神经酰胺的水平能缓解胰岛素抵抗。饮食是获得SL的一个重要方式，但其实人体肠道中的主要菌群成分拟杆菌门也是重要的SL来源。本文因此想要探究拟杆菌门产的SL对宿主肝脏的SL代谢的影响。作者先后使用细胞培养、无菌小鼠特定菌群定植和给传统喂养小鼠喂细菌补剂的方式，证明了拟杆菌门产的SL可调节宿主肝脏中具有生物活性的脂质水平。具有生物活性的脂质或可加入短链脂肪酸、次级胆汁酸、细胞内毒素、三甲胺和吲哚等代谢物，成为可调节宿主健康的肠道菌群产物之一。

脂代谢肠道菌群鞘脂神经酰胺肝脏脂代谢

细菌基因组

Nature子刊：微生物如何适应植物的？

是什么使病原和共生菌都能与真核宿主保持密切联系呢? Nature Genetics于发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队领衔，美国能源部JGI研究所的Tanja Woyke和Susannah G. Tringe共同通讯的文章"Genomic features of bacterial adaptation to plants"，揭示了微生物是如何在与植物的共生、竞争、致病中与植物基因组共进化的历史。同期还配发了Ryan A. Melnyk和Cara H. Haney两位大佬的news & views对文章的导读和重要性评价。重镑成果，值得细读。

细菌基因组植物宏基因组基因家族同源序列

Bacteroidetes

Ruth Ley等：拟杆菌如何影响肥胖等代谢疾病？（综述）

Ruth Ley（2012年发表孕妇孕早期、孕晚期菌群对比的Cell文献的大牛）和几位作者合作，最近写的关于拟杆菌门和代谢系统疾病的综述，强烈推荐给大家。

Bacteroidetes gut microbiome Obesity type 2 diabetes Michael J Workman

Fecal microbiome

GB：通过3666名双胞胎确定的粪便菌群与肥胖的相关性

这是一群大佬合作在Genome Biology 发表的重要文章，对3666名双胞胎的粪便菌群及肥胖情况进行分析，再次确认粪便菌群的低多样性与肥胖相关，特别是内脏脂肪与细菌的相关性。这篇文章MC之前没有重点推荐，其实非常重要，强烈推荐阅读！

Fecal microbiome Genetic association Heritability Obesity Twins

鞭毛细菌

NEJM：图解Lypd8缠住鞭毛细菌并阻止结肠炎症

7月13日出版的新英格兰医学杂志上，介绍了今年3月30日发表于Nature的一项重量级研究。NEJM的介绍文用的图，非常直观，我们特意把它编译成了中文，非常值得看一下，必有收获。

鞭毛细菌肠上皮细胞肠道炎症 IBD Lypd8蛋白

胃酸

Gut：质子泵抑制剂，可能增加肠道等感染风险！

① 质子泵抑制剂（PPI）是一种常用的抑制胃酸分泌药，近期研究发现该药可能会增加肠道感染或其他感染的风险；② 通过分析1827对健康双胞胎的肠道菌群，结果表明PPI使用者的肠道菌群丰度和多样性都较低，但口腔和上消化道共生菌的丰度显著增加，其中肠道乳杆菌（特别是链球菌）明显增加；③ 这些关联在一项独立的干预研究和一项70对单卵双胞胎的配对研究中得到验证；④ 菌群的变化可能是由于去除了上消化道细菌和下消化道之间的低pH屏障引起的；

胃酸肠道微生物乳酸菌质子泵抑制剂 Kei E Fujimura

乳化剂

Nature：乳化剂改变菌群，促进小鼠结肠炎和代谢综合征

这是2015年的Nature文章，很值得一看，更值得充分关注乳化剂等食品添加剂的安全性新问题。

乳化剂食品添加剂聚山梨酯80 羧甲基纤维素

孕早期

Cell：孕早期到晚期，孕妇的肠道菌群会怎么变？

① 对91名不同孕前体重指数和妊娠期糖尿病状况的孕妇及其婴儿的粪便细菌进行分析；② 婴儿和母亲菌群的相似性随年龄增长而增加，且婴儿菌群不受母亲健康状况的影响；③ 肠道菌群从孕早期到孕晚期发生很大变化，个体差异大大增加，变形杆菌和放线菌增加，但是菌群丰富性降低；④ 孕晚期粪便菌群有炎症和能量损失迹象，但3个月期间菌群的基因序列恒定；⑤ 相对于孕早期，孕晚期菌群转移到无菌小鼠更易诱导肥胖、降低胰岛素敏感性。

孕早期孕晚期

双胞胎

Nature：双胞胎的肠道菌群特征

【经典回顾】这是2008年发表在Nature的经典文献，是Peter J Turnbaugh在Jeffrey I Gordon实验室的成名作。致敬经典，特别推荐！

双胞胎 Xingming Deng Guoqing Lyu

人类微生物组计划

Nature：人类微生物组计划的内容和目标（2007）

经典回望，2007年，Nature介绍人类微生物组计划（HMP）的文章，我们熟悉的几位大佬在作者列表中。通过它，可以了解科学家为什么要发起HMP，而我们也可以大致检验看一看，人类是否达到了计划的初衷。

人类微生物组计划京都基因基因组百科 Alexandra Paun Jayne S Danska

肥胖

Nature：肥胖与拟杆菌门和厚壁菌门有关

这是2006年，Jeffrey I Gordon、Peter J Turnbaugh以及Ruth Ley等人的重要开天辟地研究，11年后，看到依然令人激动。特别推荐！

肥胖 Bee Wah Lee Le Duc Huy Ta