首页
热心肠日报
文献库
产业库
榜单
关于日报
《肠·道》演讲
往期精彩
《肠·道》2024
《肠·道》2023
《肠·道》2022
《肠·道》2021
《肠·道》2020
《肠·道》2019
《肠·道》2018
《肠·道》2017
关于《肠·道》
肠道大会
热心肠大会
热心肠智库
智库专家
专家动态
智库新闻
关于智库
奖学金
年度人物奖
更多
会议信息
科学与艺术
学术专刊
R·AI
周刊
热心肠先生
研究院动态
关于我们
搜索
登录
关闭
手机邮箱登录
扫码登录
微信扫描二维码快捷登录
验证成功,将在
3
秒钟后跳转
已超时,请
重试
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
+86
+1
+852
+886
+81
+65
+61
+44
获取验证码
登录 / 注册
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
获取验证码
登录 / 注册
Eric J Alm
文章数:23篇
微生物单细胞测序
Science:微生物高通量单细胞测序,助力在菌株水平上解析肠道菌群
肠道菌群是复杂的微生物群落,典型的人肠道菌群可包含数百个微生物物种,而每个物种中又可能包含多个有功能差异的菌株。然而,在菌株水平上开展大规模的肠道菌群研究,目前在方法学上仍存在挑战。为了克服这一困难,哈佛大学David Weitz团队与麻省理工学院Eric Alm团队合作,开发了一种新的微生物高通量单细胞测序方法Microbe-seq,无需培养即可从复杂群落中获得大量的单个微生物基因组信息,解析出菌株分辨率的高质量微生物基因组,并以人肠道菌群分析为例展示了该方法在菌群研究领域中的巨大潜力。相关论文已于Science发表,郑文山博士和赵诗杰博士是共通第一作者。相信随着方法学的不断突破,人们对于菌群的研究和认知也将被拓展到新的高度。
微生物单细胞测序
肠道菌群
菌株水平
风险评估
香港大学张彤 Nature子刊:基于组学的抗生素耐药基因风险评估框架
病原微生物的抗生素耐药性已经成为威胁人类健康的关键因素。抗生素耐药基因(ARGs)是微生物耐药的主要机制,ARGs广泛存在于自然界中,然而并不是所有的ARGs都会威胁公共健康。因此,如何有效识别和评价潜在的高风险ARGs对于人类有针对性的开展主动预防具有重要的意义。近期国内香港大学张彤团队在Nature子刊,Nature Communications上发表了他课题组最新的研究成果,他们基于组学的信息成功开发一套崭新的ARGs评估框架,该框架以抗性基因是否高度集中于与人类相关的环境中、在微生物种间的可转移性,以及在宿主(人类)内的可致病性为主要因素,将ARGs按照风险程度分成了四个级别,系统地评估了ARGs对人类所构成的风险。
风险评估
评估框架
抗生素耐药基因
研究论文
基础研究
炎症性肠病(IBD)
粪菌移植治疗IBD过程中菌群定植的动态变化
粪菌移植(FMT)可成功治疗炎症性肠病等免疫疾病,研究猜想治疗性菌群及其有益功能和免疫的相互作用的前提是在受体患者体内定植,并在体内积累足够的数量和时间以产生临床益处。然而,移植菌群的定植和持久性,以及移植菌群的功能和其与宿主免疫系统的相互作用,目前都缺乏研究。mBio近期发表的文章,通过分析溃疡性结肠炎患者经过粪菌移植治疗前后肠道菌群变化。结果显示,移植菌株的定植能力在个体间差异较大,而菌群的功能、细菌与宿主免疫系统的互作均可在个体间传递。
炎症性肠病(IBD)
粪菌移植
溃疡性结肠炎(UC)
肠道细菌
Cell:工业化加速了人肠道菌群中的基因转移
工业化影响了人类肠道生态系统,改变了微生物的组成和多样性。细菌基因组是否也能适应宿主种群的工业化,目前尚不清楚。Cell最新发表的文章,通过对工业化和非工业化地区的15个人群的肠道细菌进行分析,发现基因的水平转移(HGT)在近几代宿主的肠道菌群中积累,发生频率很高,而且工业化的生活方式与较高的HGT比率有关。即肠道细菌在适应宿主生活方式的基础上不断获得新的功能,较高速率的HGT可能与人类历史中工业化发展有关。
肠道细菌
基因水平转移
工业化
human gut microbiome
Industrialization
宿主-微生物共进化
肠道细菌是否与宿主共同进化?
尽管肠道菌群显著影响宿主健康,但是推动宿主-菌群系统进化的机制缺乏定论。Cell Host and Microbe发表的观点文章质疑了“哺乳动物-共生微生物的系统发育同步性源于物种共进化”的理论,强调了地理隔离对哺乳动物、共生微生物进化的重要影响。地理隔离并不是物种形成的必要条件,只有排除这一影响因素,才有可能证明宿主-菌群系统发育同步性与物种共进化的关系。
宿主-微生物共进化
gut microbiome
coevolution
cospeciation
allopatry
细菌适应性
Cell子刊:人体肠道内的“适者生存”
任何环境下细菌都在经历自然选择过程。来自MIT的赵诗杰博士与其同事近期在《Cell Host and Microbe》发表研究,将菌株培养技术与粪便菌群宏基因组测序技术联用,发现了脆弱拟杆菌通过积累突变来适应人体宿主环境的模式、人体肠道适应性密切相关的基因以及在人体宿主内的菌株演化动态特点。该结果有助于研究肠道共生细菌的适应性机制,对于阐释细菌-人体宿主互作以及共演化具有重要参考价值。
细菌适应性
宿主内演化
粪便宏基因组
菌株培养
脆弱拟杆菌
菌群传递
Nature子刊:社交人群中的菌群传递
《Nature Microbiology》近期发表研究,对斐济群岛上287人的肠道和口腔菌群进行核心SNP分析和可变基因组区域分析,阐释了共生菌群在人群中的水平传递现象,发现菌群的相似性一定程度上可以反映人群的社交关系。该结果对于阐释环境因素对共生菌群的影响、共生菌群的建立具有重要参考价值。
菌群传递
社会结构
人群研究
宏基因组
肠道菌群
群落组装
自组装微生物群落的相互作用存在多样性饱和限制
为了阐释多样性对群落功能的影响规律,作者通过连续稀释海水的方法得到不同多样性的群落,并进一步在群落稳定后测量其生产力指标。结果发现,多样性在促进群落生产力时存在饱和阈值,其数值大概为26个物种。
群落组装
微生物生态学
海洋菌群
碳利用率
呼吸速率测定
细菌适应性
Science:肠内生存不易,倒位子或是细菌适应肠道环境的利器
细菌如何适应变化的环境?Science发表的最新研究表明,一种称为倒位子(inverton)的遗传元件可能在肠道菌适应肠内环境中有重要作用。含有启动子的倒位子可翻转方向,使其调控的基因表达状态在“开”和“关”之间切换,从而在需要的时候让细菌表达有利于其生存的基因,比如与细菌表面结构分子和抗生素耐药性有关的基因,前者有助于细菌-环境(比如宿主免疫)互作,后者能帮细菌抵御抗生素的毁灭性打击,从而使细菌更好的在肠道等宿主环境中安居。
细菌适应性
倒位子
启动子
细菌-宿主互作
抗生素耐药基因
炎症性肠病
Science子刊:IBD及IBS患者的肠道菌群组成及功能变化
Science Translational Medicine上发表的一项最新研究,对近2000名受试者(包括355名IBD患者、412名IBS患者)的肠道菌群进行了宏基因组测序,对菌群组成及功能的异同进行了全面的剖析对比。
炎症性肠病
肠易激综合征
炎症性肠病
肠易激综合征
宏基因组测序
简单饮食和补充剂对人肠道菌群的短期影响
短期饮食干预对肠道菌群的影响,是目前的一个研究热点。Scientific Reports近期发表一项小型人体试验,揭示了低复杂度的标准化液体食物和益生元对健康受试者肠道菌群的短期影响。
饮食
简单饮食和补充剂对人肠道菌群的短期影响
短期饮食干预对肠道菌群的影响,是目前的一个研究热点。Scientific Reports近期发表一项小型人体试验,揭示了低复杂度的标准化液体食物和益生元对健康受试者肠道菌群的短期影响。
饮食
肠道菌群
益生元
Gunnar C Hansson
Gunnar C Hansson
饮食干预
Cell子刊:膳食成分控制肠道共生菌定植
开发可控的菌群干预手段意义重大。本研究利用非常规膳食成分,影响特定肠道共生细菌在肠道菌群内的定植和丰度,并发现早期饮食干预的频率影响该成分对相应细菌的作用。该成果为开发通过饮食进行可控性菌群干预手段提供了参考,值得专业人士关注。
饮食干预
Bacteroides
gut microbiome
Gut microbiota
orthogonal niche
菌群抗逆性
抗逆性细菌或为人类肠道的核心菌群
人肠道菌群中存在大量具有产内生孢子和其他抗逆性状的细菌。本研究通过检测人粪便菌群,监测具有抗逆性状的菌群结构和动态变化,发现抗逆类群在个体间的差异性较小、更易在个体间共享,而且抗逆类群的生长与脂肪酸含量有关,有望通过膳食脂肪酸进行菌群调节。本研究角度新颖,值得专业人士关注。
菌群抗逆性
膳食脂肪酸
人粪便菌群
Yuanyuan Li
Yan Zhang
粪菌移植(FMT)
Nature Reviews:如何优化粪菌移植疗法
本文总结了目前粪菌移植疗法的局限性,提出了克服粪菌供体/受体特异性的治疗优化手段,强调了运用数据模型、供体信息来提高疗效的必要性,以及这种适应性策略对研发、改良菌群干预手段的指导意义。本文对优化粪菌移植疗法、拓展粪菌移植的运用领域以及开发新的菌群干预手段均有参考价值,值得专业人士关注。
粪菌移植(FMT)
个体差异
Hyun Jik Kim
Sang Sun Yoon
Jae Young Choi
地下水
中山大学等:菌群功能基因多样性或可预测地下水污染
来自中山大学与俄克拉荷马大学的合作研究:地下水的污染可改变其中的菌群功能基因多样性,并可利用后者预测地下水的生态系统功能。
地下水
功能基因
ecosystem functioning
Environmental contamination
groundwater microbiome
粪菌移植(FMT)
Cell子刊:在菌株水平追踪FMT前后的菌群变化
粪菌移植(FMT)是治疗艰难梭菌感染的有效手段,其要素之一是来自供体的细菌在患者肠道中定殖(植入)。哈佛-麻省理工Broad研究所的两位大牛Ramnik Xavier和Eric Alm教授领衔,在菌株水平进行追踪分析,结合机器学习,成功建模预测FMT后患者肠道菌群的植入情况,发现并总结了其中的若干规律。这是FMT疗法研究的重要突破,于上周在Cell Host and Microbe[IF:14.946]上线,值得关注。
粪菌移植(FMT)
细菌植入规律
细菌定殖
疾病
NC:重新分析既有数据,探究疾病与菌群的相关性
这是Nature Communications[IF:12.124]发表的关于对横跨10种疾病的28项已发表的菌群研究的数据进行再分析的研究,对不同疾病与菌群的相关性进行了新的定义,很值得关注,特别推荐!
疾病
meta分析
Sivaranjani Namasivayam
Alan Sher
Michael S Glickman
物种进化
Nature子刊:哺乳动物和肠道菌群到底如何协同进化?
关于宿主基因组和微生物组协同进化的研究最近多了起来,这也是其中一篇重要的文献,推荐阅读。
物种进化
协同进化
系统发生学
Geoffrey Michael Gadd
Geoffrey Michael Gadd
肠道菌群动态
PCB:人体肠道菌群的两个动态体系
菌群数据分析的方法学创新,值得读一读。
肠道菌群动态
非自回归
时间序列
均值回归
稀疏向量自回归模型
菌群失调
Nature子刊:菌群失调造成疾病?现有证据还不够给力
菌群失调会造成疾病么?从现有证据和可能洗脑的理念看,会。可是从理性看呢?不一定!这篇Nature Microbiology上的小评论文,挺值得一读。
菌群失调
Hong Liang
Yuezhu Wang
Wei Yuan
Zai-Si Ji
共生微生物
FM:菌群中哪些菌株是可传播的?
① 人体内的共生微生物可在人与人及人与环境之间传播; ② 本综述关注以下几个相关问题:哪些微生物是可传播的,传播的机制是什么,最容易在哪些生物体之间传播? ③ 并着重介绍了从原始宏基因组数据中获得菌株水平信息的最新研究; ④ 以及如何用研究病原体传播的模型来研究共生微生物的传播。
共生微生物
传播
机制
菌株水平
宏基因组
相关性检测
ISME:不同方法分析微生物组数据,结果有很大区别
Rob Knight和团队最新数据分析研究,值得看看!
相关性检测
Milena Bogunovic
Paul Muller