Aviv Regev

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Aviv Regev

文章数：11篇

Nature子刊：SHM-seq——实现宿主-微生物组的空间组学分析

粘膜和屏障组织，如肠道、肺或皮肤，由复杂的细胞和微生物网络组成，形成一个紧密的生态位，来防止病原体定植并支持宿主-微生物组共生。Nature Biotechnology近期发表的文章，开发出新的测序手段——SHM-seq，可以实现宿主-微生物组的空间测序，或是研究健康和疾病中天然宿主-微生物相互作用的一大助力。

UC患者结肠浆细胞库如何变化？

浆细胞（PC）是结肠粘膜细胞的重要部分，并对溃疡性结肠炎（UC）的炎症浸润有贡献。虽然肠道PC会分泌针对细菌的IgA抗体，但它们在UC发病机制中的作用尚不清楚。Journal of Experimental Medicine发表的研究，对来自健康人和UC患者结肠的B细胞进行了分析发现，炎症区域与IgA到IgG的转变、PC克隆结构的破坏、未折叠蛋白反应（UPR）的上调以及PC中的抗原呈递基因有关，并且来自炎症结肠PC的IgG1 mAbs，能特异性与致病细菌菌株结合。

UC 浆细胞

Cell：维持肠道稳态的Th17如何“摇身一变”促脑炎？

产IL-17的CD4+ T细胞（Th17）不仅在维持组织稳态中很重要，在多种自身免疫疾病中也扮演了重要角色，但也有一些研究认为GM-CSF+ T细胞才是自身免疫炎症的主要诱导者，目前尚不清楚这两个效应T细胞类群之间有着怎样的关联。Cell发表的一项最新研究，结合scRNA测序、TCR测序和细胞命运映射，分析了小鼠多个组织中的逾8.4万个Th17细胞，描述了在稳态和自身免疫性中枢神经系统（CNS）炎症期间这些Th17的异质性、可塑性和迁移表型，发现在肠道中发挥维持稳态作用的干细胞样Th17细胞，是CNS炎症期间促神经炎症的致病性Th17细胞分化的来源，IL-23是关键诱导信号。该研究不仅揭示了Th17在稳态和致病性作用之间的转化，也表明Th17可能是致病性的GM-CSF+ IFN-γ+ T细胞的前体细胞，从而将两个与自身免疫疾病有关的T细胞类群联系到一起。该研究也提示，靶向干细胞样的肠道Th17和IL-23受体信号，或能用于改善自身免疫疾病。

Th17 肠-脑轴自身免疫性神经炎症多发性硬化

Cell：人类大肠癌中的多细胞免疫中枢

癌症的免疫反应是高度可变的，错配修复缺陷(MMRd)肿瘤比能进行错配修复(MMRp)肿瘤表现出更多的抗肿瘤免疫。Cell昨天发表的文章，开发了一种基于单细胞RNA测序(scRNA-seq)谱的系统方法来发现细胞类型、其潜在的基因表达程序和细胞群落，并将这套方法用于研究人MMRd和MMRp CRC的特征。在肿瘤-管腔界面发现了一个与组织损伤相关的骨髓细胞吸引中心，及肿瘤内一个MMRd富集的免疫中枢，该中枢由活化的T细胞和表达CXCR3配体的细胞和恶性髓系细胞构成。本研究通过识别相互作用的细胞程序，揭示了潜在的空间组织免疫-恶性细胞网络互作机制。

大肠癌多细胞免疫中枢

肠神经系统

Cell：对肠神经系统的单细胞分析发现了什么？

尽管肠神经元数量稀少（比如在结肠中，神经元在结肠细胞总数中只占不到1%），肠神经系统（ENS）对肠道功能起到重要的调控作用。但由于技术限制，这些神经元难以从组织中分离出来，导致人们一直缺乏对ENS分子特征的系统性研究。Cell最新上线来自美国Broad Institute的研究，开发了两种可用于对ENS和其它组织进行单细胞核RNA测序的方法（RAISIN RNA-seq和MIRACL-seq），并用这些方法分析了小鼠和人体肠道中的160万个细胞及其中的6513个肠神经元，揭示了肠神经元的非凡的多样性。该研究鉴定出几十个神经元亚群，揭示了不同因素（年龄、物种、生物节律、所处肠段等）对ENS的组成和基因表达的影响，以及肠神经与其它肠道细胞之间的潜在互作，并为肠神经元通过神经-免疫互作机制参与肠道和肠外疾病提供了新证据。

肠神经系统 Enteric nervous system ENS enteric neuron single cell

菌群-肠-脑轴

Nature长文揭示：肠道菌群如何帮小鼠忘记恐惧

肠道菌群参与调节大脑发育和功能，甚至影响个体行为和神经精神疾病，但相关机制仍需深入研究。Nature刚刚发表了由美国康奈尔大学David Artis与Conor Liston团队合作主导、朱可可博士为第一作者的长文研究，表明小鼠的恐惧消退学习（不再对特定事物产生恐惧的联想性学习）需要幼年神经发育阶段和成年期的肠道菌群信号。该研究通过单细胞RNA测序和双光子成像等方法，揭示了缺乏复杂菌群造成的神经细胞功能和突触可塑性缺陷，并通过代谢组分析鉴定出4种菌群相关代谢物（硫酸吲哚酚+3种酚类化合物），可能介导了菌群对小鼠神经发育和功能的作用。这些发现对菌群-肠-脑轴的机制研究有重要意义，有助于进一步理解饮食、感染和生活方式等因素对大脑健康和神经精神疾病的影响。

菌群-肠-脑轴 neuroimmunology 联想性学习恐惧消退学习小鼠

2型天然淋巴细胞

Cell子刊：神经肽α-CGRP调节肠道ILC2应答

小肠中的免疫应答异常可驱动与多种免疫细胞类型相关的2型炎症反应。来自Immunity上发表的一项最新研究，发现在2型炎症反应下，肠道2型天然淋巴细胞（ILC2）显著增加，而胆碱乙酰转移酶+ 肠神经元产生的神经肽——α-CGRP在ILC2的稳态及应答中起到了关键调节作用，提示神经-免疫互作在肠道免疫稳态调节中的重要角色。

2型天然淋巴细胞 CGRP allergic inflammation batch effect correction intestinal immune cell atlas

肠道干细胞

Cell：生酮促进肠道干细胞功能

生酮饮食近年备受关注，Cell发表的一项最新研究揭示了酮体在肠道干细胞中的重要作用，以及相关的信号通路机制。值得注意的是，Notch信号的活化也存在于一些癌症中，因此长期生酮提升肠道干细胞数量和功能对癌症风险的影响仍需研究。

肠道干细胞 Hmgcs2 ketone bodies beta-hydroxybutyrate notch

溃疡性结肠炎

Cell：溃疡性结肠炎中哪些细胞和基因出了问题？

上周Cell发表的又一篇单细胞RNA测序研究，对18名溃疡性结肠炎（UC）和12名健康人的结肠粘膜样本进行单细胞RNA测序，揭示出基因表达模式和细胞类群的变化在UC发生和药物应答中的作用，以及风险基因与特定细胞类型和功能通路的关系。

溃疡性结肠炎 INFLAMMATORY BOWEL DISEASE ULCERATIVE COLITIS Inflammation anti-TNF resistance

肠道干细胞

Cell：与T细胞间的亲密互作，调节肠道干细胞的更新和分化

肠道干细胞（ISC）稳态受多种细胞和信号因素的影响，Cell上周发表的一项研究揭示了ISC与T细胞间的互作对ISC稳态的调控机制。该研究发现有些ISC可直接向辅助性T细胞呈递抗原，而不同类型的T细胞及其细胞因子可对ISC的分化和自我更新起不同作用，影响小鼠对肠道感染的抵抗力。这些发现为干细胞与免疫细胞间的互作提供了新机制。

肠道干细胞辅助性T细胞粘膜免疫主要组织相容性复合体 MHC class II

联合微生物组计划

Science：呼吁发起“联合微生物组计划”

这是美国科学家在“国家微生物组计划”启动之前在Science上呼吁启动“联合微生物组计划”的文章，很值得没看过的人看一看，看看这样的大型计划会关注哪些领域，要有什么人参与，需要什么资源。

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