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Harris H Wang
文章数:6篇
机器学习
Nature子刊:自动化+机器学习,助力大规模微生物培养
虽然测序技术的快速发展极大促进了研究人员挖掘微生物“暗物质”,但在微生物实验和机理研究方面培养组学仍然发挥着关键作用,传统的培养组学方法存在劳动密集型、规模化小、缺乏表型-基因型的整合等问题。近日,美国哥伦比亚大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究,开发了一种自动化微生物组成像和分离的培养学(CAMII)平台,利用菌落形态学和基因组数据,可最大限度提高分离的微生物多样性,并能有针对性地挑选特定的菌属。总之,该研究为深入挖掘复杂生态样品中微生物“暗物质”提供了新的指导和见解,值得关注。
机器学习
高通量培养组学
研究论文
基础研究
自动化
Th17免疫
Cell:好菌换坏菌!高脂高糖如何破坏Th17免疫介导的代谢平衡
Cell重磅上线的文章,研究并阐述了在高脂饮食(HFD)诱导的肥胖(DIO)、代谢综合征和糖尿病前期情况下,动物肠道菌群、营养与免疫的复杂互作。揭示了以分节丝状菌SFB为代表的肠道共生菌诱导的Th17细胞具有代谢平衡和肠道保护作用。正常情况下脂质的吸收主要发生在空肠,HFD造成更多的脂肪进入回肠末端。此时Th17-IL-17是否能正常发挥功能,抑制CD36介导的上皮细胞脂质吸收就成了关键。文章内含海量数据,在菌群、营养成分和免疫端均有新发现,推荐阅读。
Th17免疫
高脂高糖诱导的菌群失调
研究论文
细菌基因组编辑
Nature子刊:高效的多重细菌基因组编辑工具
现有的细菌中千碱基大小的DNA序列的定点整合技术效率低、依赖重组,其应用收到限制。Nature Biotechnology近期发表的文章,开发出一种引导RNA辅助转座子靶向插入(INTEGRATE)技术,可实现大片段DNA(10-kb)在细菌基因组的高精度插入,同时利用CRISPR阵列可实现多位点不同片段的特异性整合,是一种多重、千碱基规模的基因组编辑技术。
细菌基因组编辑
CRISPR-Cas9
转座子
宏基因组学
Nature子刊:MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布
空间结构对于维护自然生态系统非常重要,许多微生物群落,包括肠道微生物群,显示复杂的空间组织。绘制细菌的生物地理图可以揭示群落功能的相互作用,但现有的方法无法容纳天然微生物组中发现的数百种物种。Nature Biotechnology发表的这项研究提出一种新测序方法——MaPS-seq,可以实现空间宏基因组学测序数据,可用于研究微生物复杂栖息地的生物地理学。
宏基因组学
metagenomics
Microbiome
微生物组
Huan Song
宏基因组
Nature子刊:宏基因组研究中取样和技术重复对时间和空间下物种丰度变化的影响
宏基因组测序已经能够对不同的微生物群落进行详细调查,但了解它们的时空变异仍然是一个重要的挑战。本文采用绝对定量、技术重复、不同取样部分的连续时间实验,经过方差分解法确定了各影响因素对不同丰度OTU丰度变化的影响大小,对我们研究中差异OTU的选择、丰度与差异可视度的关系、结果的评估有非常好的参考和借鉴意义。
宏基因组
Shivani Sahni
Courtney L Millar
基因工程
Nature子刊:对肠道菌群进行原位基因操作的新手段
用基因工程手段操作开放环境中的菌群非常具有挑战性。《Nature Methods》近期发表了一种可以对肠道菌群进行原位基因操作的手段,利用工程菌株将可移动基因工程元件导入肠道菌群,并可鉴定出经过基因操作的菌株。该方法有助于开发肠道菌群调控的新方法。
基因工程
菌群调控
肠道菌群基因操作