Kyle Bittinger

外源致龋病原体如何影响原生口腔菌群的结构和功能

龋齿是一种微生物和糖介导的生物膜依赖性口腔疾病，其中致龋菌变形链球菌和机会性真菌病原体白色念珠菌协同作用，在龋齿发展中发挥重要作用，然而目前尚不清楚其互作在疾病发病机制中的重要作用及调节斑块菌群组成的机制。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，采用一种新型离体唾液微观世界生物膜模型评估外源性病原体如何影响原生口腔菌群的结构和功能特征，发现在复杂的口腔菌群中添加致龋病原体会导致生物膜组成和功能发生显著变化。

短肠综合征

短肠综合征患者为何对膳食纤维不耐受？

短肠综合征（SBS）的并发症包括吸收不良和细菌过度生长，需要长期依赖肠外营养。Gut Microbes近期发表的研究，揭示了肠道菌群和胆汁酸代谢在SBS患者对膳食纤维不耐受中的作用。

短肠综合征膳食纤维肠外营养肠内营养肠道菌群

益生菌

益生元补充对婴儿肠道菌群的影响（系统综述）

本研究总结了从RCT研究中获得的各项关于婴儿补充益生元、益生菌及合生元的研究证据，对其肠道菌群变化、其他健康相关结局的影响进行了系统综述。本研究为进一步开展临床干预研究提供了思路。

益生菌 gastrointestinal microbiota Infant prebiotic Probiotic

酒精性肝硬化

酒精性肝硬化患者：粪便菌群vs肠黏膜黏附菌群

Gut Microbes近期发表的文章，通过粪便和直肠拭子采样对肝硬化患者的粪便菌群和肠黏膜黏附菌群进行表征分析，两者具有不同的特征。同时揭示出肠黏膜粘附菌群的特征与黏膜微环境中丰富的氨基酸/氮与碳水化合物限制相一致，同时与酒精性肝硬化相关的独特特征可能与宿主衍生代谢物对肠道微生物组分的影响相一致。

酒精性肝硬化粪便菌群肠黏膜黏附菌群

饮食干预

限定碳水化合物饮食PK地中海饮食，谁更适合克罗恩病患者？

近期发表于Gastroenterology的一项研究，比较了地中海饮食（MD）和限定碳水化合物饮食（SCD）在轻中度克罗恩病（CD）成年患者中的疗效差异，结果显示SCD在症状缓解、粪便钙卫蛋白应答和C反应蛋白应答方面并不优于MD，而MD相比SCD干预更容易采纳和坚持，并考虑到MD可能带来的其它健康益处，对于大多数轻度至中度症状的CD患者，MD可能优于SCD。

饮食干预克罗恩病研究论文医学研究随机对照试验

艰难梭菌感染

Nature子刊：宿主免疫状态影响FMT治疗艰难梭菌感染的疗效

粪菌移植治疗复发性艰难梭菌感染具有非常显著的效果，但FMT治疗的机制尚不明确，这限制了其应用的范围。Nature Communications近期发表的文章，发现宿主的炎症免疫状态可以限制FMT治疗艰难梭菌感染的效果。

艰难梭菌感染宿主免疫状态粪菌移植

通佐溴胺

通佐溴胺影响口腔菌群，进而影响肠道菌群

药物与肠道菌群的互作是最近的研究热点，也是亟待解决的科学疑惑。本研究关注通佐溴胺（TB）的使用对口腔以及肠道菌群的影响。研究结果显示，TB的使用降低口腔罗氏菌属和韦荣球菌，但几乎不影响肠道菌群。进一步基于机器学习进行深入分析，发现口腔与肠道菌群之间的相互作用。口腔菌群的改变，则会导致肠道中出现特定的口腔菌。由此看来，一个可能的观点是：药物对菌群的干预具有原位性，而机体全身的肠道菌群存在互通。

通佐溴胺口腔菌群肠道菌群机器学习

脑海绵状血管瘤

Nature子刊：肠道特征菌可用于海绵状血管瘤（CA）的诊断和分型

海绵状血管瘤(CA)是常见的血管异常导致脑出血的疾病，16S宏基因分析显示，非CA和CA个体肠道微生物组差异。近期一篇发表在《Nature Communications》的文章通过宏基因组鸟枪测序法详细分析了CA个体以及不同亚型的CA个体的肠道菌群差异和特征菌群变化。研究结果提示微生物组变化联合临床血浆炎症生物标志物的加权组合可以增强对疾病严重情况的评价。

脑海绵状血管瘤肠道菌群特征鸟枪法宏基因组学队列研究肠道菌群特征

宿主-菌群互作

生活方式与肠道寄生虫对肠道菌群的影响

非洲人的基因组、表型及文化多样性为研究宿主-菌群共进化及其对适应性表型的影响提供了一个独特的机会。Genome Biology上发表的一项最新研究，通过分析对比不同种群及不同生活方式的喀麦隆人的肠道菌群、肠道寄生虫及免疫指标，发现生活方式及肠道寄生虫的存在显著影响了菌群的组成与多样性，并对宿主免疫应答产生显著影响。

宿主-菌群互作 gut microbiome hunter-gatherers parasites helminths

新生儿肠道代谢组

Nature子刊：细菌定殖重组新生儿肠道代谢组

Nature Microbiology的这篇文章介绍了非裔美国新生儿在生命初期肠道菌群定殖及相关代谢物的变化特点。该研究的亮点包括使用了包括基因组、蛋白组和代谢组在内的多组学研究，认为大肠杆菌虽是兼性厌氧菌，但在新生儿出生后仍处于厌氧环境中生长，暗示新生儿的大肠环境本就是无氧的，而非通常认为的通过兼性厌氧菌消耗氧气促进严格厌氧菌的后续定殖。

新生儿肠道代谢组细菌定殖 metabolomics metagenomics Microbiome

糖基化

HIV感染期间，肠道糖基化修饰与菌群易位及炎症相关

糖基化修饰在维持肠道稳态中发挥重要作用。Mucosal Immunology上发表的一项最新研究，正在HIV感染者的肠道活检样本中发现，不同肠道部位的糖基化修饰谱有所差异，肠道糖基化修饰（特别是唾液酸化及岩藻糖基化修饰）与肠道菌群组成/多样性、菌群易位及炎症水平相关，而炎性小体激活的eIF2信号通路介导了上述关联。

糖基化 HIV感染唾液酸化岩藻糖基化 eIF2

次级胆汁酸

Cell子刊：菌群失调诱导的次级胆汁酸缺失促进肠道炎症

胆汁酸在肠道炎症中发挥调节作用，次级胆汁酸可由肠道菌群代谢初级胆汁酸产生。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，报道了在溃疡性结肠炎患者中，肠道中的次级胆汁酸水平降低，产生次级胆汁酸所需的基因及次级胆汁酸产生菌减少。在结肠炎小鼠模型中，补充次级胆汁酸可缓解肠道炎症。

次级胆汁酸次级胆汁酸肠道炎症溃疡性结肠炎菌群-免疫互作

菌群-免疫互作

肠道菌群调控放疗诱导的抗肿瘤免疫应答

Journal of Clinical Investigation上发表的一项最新研究，发现在肿瘤小鼠模型中，万古霉素可增强放疗的抗肿瘤作用。机制上，万古霉素通过清除丁酸盐产生细菌，增强树突细胞对肿瘤相关抗原的交叉呈递及CD8+ T细胞对肿瘤相关抗原的识别，从而增强IFN-γ依赖性放疗诱导的抗肿瘤免疫应答。

菌群-免疫互作 antigen presentation Dendritic cells IMMUNOLOGY oncology

肠-脑轴

Science子刊：脑海绵状血管瘤中的肠脑轴因素

一些遗传缺陷可增加脑海绵状血管瘤（CCM）的疾病风险，有研究显示，肠道菌群组分中的脂多糖可经TLR4引起MEKK3信号过度活化，从而加剧CCM。Science Translational Medicine近期发表的一项研究发现，与严重CCM相关的Pdcd10基因突变，可导致结肠粘膜屏障损伤，为CCM中的肠脑轴机制提供了新证据。

肠-脑轴脑海绵状血管瘤肠道屏障肠黏膜屏障 Yin Huang

病毒-菌群-宿主互作

Cell：特定肠道菌可抵御轮状病毒感染

轮状病毒（RV）是引起婴幼儿腹泻的主要病原体之一，目前除了疫苗预防，没有很好的治疗方法。Cell最新发表了来自美国佐治亚州立大学Andrew Gewirtz团队的最新研究，他们无意中培育出能抵抗RV感染的免疫缺陷小鼠，深入分析发现，小鼠肠道菌群中的分节丝状菌是抵御RV的主力，能通过直接削弱RV感染性和诱导肠上皮细胞更新等不依赖于免疫细胞的机制，来预防和治疗RV感染。这些发现表明，用特定肠道菌群成员来预防和治疗肠道病毒感染，具有可行性。

病毒-菌群-宿主互作 microbiota-virus interactions Germ-free mice infectious diarrhea Fecal transplant

菌群-免疫互作

ILC3通过抗原呈递维持粘膜免疫稳态

粘膜B细胞产生的IgA调节肠道菌群的组成，但IgA应答的调控机制尚未明确。Journal of Experimental Medicine上发表的一项最新研究，发现肠系膜淋巴结中的3型天然淋巴细胞（ILC3）可与TfH及B细胞互作，并通过抗原呈递抑制针对共生菌群及致病菌的T细胞依赖性IgA应答，以维持结肠粘膜免疫稳态。

菌群-免疫互作 3型天然淋巴细胞菌群-免疫互作 Tfh细胞 IgA

胎盘菌群

胎盘菌群可能并不存在

一直以来人们以为子宫内是无菌环境，但近年来这一认知受到挑战，一些研究指出，胎盘中可能存在菌群——尽管含量很低。Microbiome近期发表的一项研究，通过多种方法分析早产和足月生产的人体胎盘样本，并设计了严格的阴性和阳性对照，发现胎盘菌群与阴性对照没有明显差异。

胎盘菌群 16S rRNA gene Microbiome Placenta preterm birth

宏基因组学

Microbiome：在微生物组研究中优化方法和规避误区（必读综述）

这是关注菌群研究的人必读的方法学综述，强烈推荐。

宏基因组学 “猎枪”宏基因组环境污染方法研究设计