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Paolo Manghi
文章数:11篇
肠道菌群
Cell 子刊:新方法挖掘饮食相关肠道菌群变化
小鼠是研究菌群-机体互作的关键模型。但是,传统的基因枪法对肠道菌群的鉴定有限。本文提出一种宏基因组分析方法metaphan 4,利用小鼠的22718个宏基因组组装的基因组,改进小鼠肠道菌群分析,并基于8个公共数据集数据进行验证。研究结果显示,metaphan 4可以更好的挖掘小鼠饮食相关肠道菌群。
肠道菌群
宏基因组
晚期黑色素瘤
Nature子刊:肠道菌群与免疫检查点抑制剂的临床反应相关
肠道微生物组的组成与免疫检查点抑制剂(ICI)治疗的临床反应有关,但是与ICI临床益处相关的特定微生物组特征还缺乏认知。Nature Medicine近期发表的文章,通过对晚期黑色素瘤患者接受ICI治疗前的粪便样本进行测序分析,同时整合之前发表的数据集,发现肠道微生物组的组成与ICI的临床反应具有相关性,但是呈现队列之间的差异性,没有一个物种在所有队列中是完全一致的。
晚期黑色素瘤
肠道菌群
人群队列数据
约2700年前欧洲小镇已食用奶酪和啤酒
哈尔施塔特镇(Hallstatt)是奥地利的一个古镇,“Hall”可能源自于古克尔特语的“盐”,得名于村庄附近的盐矿,这里又被称作“世界上最美的小镇”或“世界最古老的盐都”,“著名爱情打卡地”。近期发表于Current Biology的一项研究表明哈尔施塔特矿工在铁器时代已食用蓝纹奶酪和啤酒,并在巴洛克时期之前保留了类似现代非西式饮食人群的肠道微生物群特征。
AKK菌
挖掘人肠道中的Akk菌多样性
嗜粘蛋白阿克曼菌(Akkermansia muciniphila)在调节肠道和宿主健康中有重要作用,但人们对这种细菌及其近缘种的基因组多样性仍所知有限。Genome Biology近期发表研究,通过对人源的阿克曼菌属(Akk菌)的分离菌基因组和宏基因组组装基因组进行大规模分析,揭示了Akk菌的系统发育和功能多样性,为未来进一步研究Akk菌的功能机制和转化应用打下基础。
AKK菌
口腔微生态
牙菌斑菌群有望用于诊断植牙相关口腔疾病
粘膜炎和植牙的牙周围炎是常见的微生物-生物膜相关口腔疾病。近期发表在NPJ Biofilms and Microbiomes的文章对72名患者种植体周围炎和粘膜炎相关的菌斑进行测序分析,鉴定与植牙体周围疾病相关的微生物特征。该研究有望用于诊断植牙相关口腔疾病并判断其预后。
口腔微生态
研究论文
基础研究
植牙相关口腔疾病
牙周炎
直肠真杆菌
从宏基因组中重构1321个直肠真杆菌基因组,发现了什么?
直肠真杆菌是一种属于毛螺菌科细菌,广泛存在于人类肠道菌群中。《Genome Biology》发表的一项研究,建立了一种宏基因组分析流程,从>6500个粪便宏基因组中重构了1321个高质量的直肠真杆菌基因组,并分析了这种细菌的种群结构和分布。
直肠真杆菌
宏基因组
系统发生生物地理学
人肠道细菌
宏基因组组装基因组(MAGs)
人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的比较宏基因组分析
Genome Biology发表的文章,比较分析了人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的宏基因组,扩展了人类与NHP相关的微生物多样性,能够更好地表征灵长类动物菌群,深入进行人类和NHP的比较研究。
宏基因组组装基因组(MAGs)
非人类灵长类动物肠道菌群
metagenomic assembly
Non-human primates microbiome
Microbiome sharing
人肠道细菌
Cell子刊:揭秘西化人群中缺乏的Prevotella copri
Prevotella copri是常见的人类肠道细菌,尤其存在于非西化人群中,这种菌在健康与疾病中的作用仍有不小的争议。Cell Host and Microbe近期发表的一项研究,分析了超过7000个宏基因组中>1000个P. copri基因组,结合对古人类化石样本的分析,充分揭示了这种菌的种内多样性和在不同人群中(西化vs非西化)的存在情况,及其与人类共生的进化史,表明西化进程(尤其是相关的饮食变化)可能导致了这种菌在人类肠道中不断减少。
人肠道细菌
human microbiome
metagenomics
Prevotella copri
comparative microbial genomics
结直肠癌
粪便菌群组成+粪便小RNA谱,或可用于结直肠癌诊断
来自mSystems上发表的一项最新研究,结合粪便菌群组成(细菌DNA)与粪便小RNA(包括人源RNA及细菌源RNA),可较好地区分出结直肠癌患者与健康人,以及结直肠癌患者与腺瘤患者。
结直肠癌
gut microbiome
human stool samples
small RNAs
microRNAs
结直肠癌
Nature子刊:跨越人群的大肠癌肠道菌群特征和诊断标志物
不少研究报道了肠道菌群与结直肠癌(CRC)之间的密切关系,但在不同队列和人群之间是否存在通用的菌群诊断标志物,仍需进一步探究。《Nature Medicine》刚刚上线的一项研究,对涉及5个国家人群的已报道的队列和意大利的2个新队列的粪便宏基因组数据集,进行了荟萃分析,鉴定出在不同人群间共通的CRC相关肠道菌群组成和功能特征,构建了含16个物种的CRC疾病预测模型,并在两个额外的队列数据中得到验证。该研究再次证实了,不同人群中的CRC菌群特征存在异质性,但综合分析多个队列获得的菌群标志物,能提高诊断准确性。这些发现对于用菌群标志物进行疾病诊断,以及研究菌群成员在CRC中的潜在作用,均有参考价值。
结直肠癌
肠道菌群
Cancer genomics
colorectal cancer
Microbial communities
人类微生物组
Cell:9428个人体宏基因组!探索全球人类微生物组中的广大未知
Cell发表的一项微生物组最新研究,对32个国家不同人群、生活方式、年龄段和身体部位(粪便、口腔、皮肤和阴道)的9428个人体宏基因组进行大规模组装,发现了大量的未知微生物物种和基因组,使人类微生物组的参考基因组规模翻了1倍,大大扩展了人们对人体微生物组多样性的认知,将为后续研究——特别是在菌株水平的肠道和口腔微生物组研究,提供很大助力。
人类微生物组
human microbiome
metagenomics
metagenomic meta-analysis
metagenomic assembly