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James T Morton
文章数:11篇
微生物-代谢物互作
mmvec神经元网络算法评估微生物-代谢物的互作
Nature Methods的这篇文章介绍了神经元网络mmvec在多组学研究中的使用。传统的统计学方法过度简化数据,容易造成大量假阳性结果,而微生物组和代谢组数据均为成分性数据,更加剧了分析误差的可能性。作者Rob Knight团队提出的mmvec神经元网络能够通过学习代谢物和微生物同时出现的概率,对代谢物与微生物互作进行评级,并可视化显示分析结果。作者随后对mmvec进行使用验证,证明mmvec在分析效用上显著优于目前常用方法。推荐需要多组学分析研究的读者尝试(https://github.com/biocore/mmvec)!!
微生物-代谢物互作
神经元网络算法mmvec
I M Moreno
I Martín-Carrasco
天然产物
Cell子刊:挖掘菌群天然产物的新工具
核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPP)是一类天然产物,微生物是其重要来源,在医药和食品工业上有广泛应用前景;但目前对这类物质的发掘存在局限性。Cell Systems报道的一种软件工具——MetaMiner,可通过分析同一微生物群落的宏基因组和质谱数据,来挖掘其中的已知和未知RiPP。
天然产物
ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides
computational mass spectrometry
metagenomics
natural products discovery
微生物生态学
Science子刊:分析化学梯度对CF患者肺部菌群的影响,有望带来新疗法
囊性纤维化(CF)是一种遗传疾病,患者的粘液分泌发生改变,易发生肺部感染,伴随肺部菌群的改变。Science Advances近期发表研究,用环境微生物学的技术和思路,从整体上研究CF患者失调的肺部菌群特征和潜在干预方法,表明氧气和pH梯度对菌群结构和代谢的影响,或可用于开发新疗法。
微生物生态学
囊性纤维化
肺部菌群
化学梯度
微生物发酵系统
宿主-菌群互作
宿主生理和饮食,哪个对菌群影响更大?
ISME Journal发表的一项研究,从演化角度,分析比较了18种灵长目动物的肠道菌群组成,表明影响菌群的主要因素是宿主本身的生理演化,而非宿主食性。该结论与此前的部分研究有所不同,作者也进行了一些探讨。对菌群-宿主互作、菌群-宿主共演化感兴趣的专业人士不妨关注。
宿主-菌群互作
灵长类动物微生物组
食性
环境辐射污染
核辐射之果:切尔诺贝利田鼠的肠道菌群变化
来自ISME Journal的一项研究,分析发生过核泄漏的切尔诺贝利附近的堤岸田鼠的肠道菌群,并与附近非污染区的田鼠进行对比,表明环境辐射显著改变肠道菌群和功能,可能在动物对环境污染的适应中有重要作用。
环境辐射污染
肠道菌群组成
肠道菌群功能
David Andrew Mills
Jinxin Liu
宏基因组分析方法
Nature子刊:菌群系统发育分析的方法
复杂菌群中的个体并非是孤立存在的,而是具有一定亲缘关系的。因此,在分析菌群表型时理应将物种之间的系统发育信息考虑进来。Nature Microbiology上的这篇综述总结出4种不同的研究问题和分析方法,更在网站上在线提供了具体分析流程,是进行菌群数据系统发育分析时非常有价值的参考材料。
宏基因组分析方法
系统发生学
菌群分析方法
一文读懂:Rob Knight手把手指导菌群研究(必读综述)
菌群研究和分析方法日新月异,本文系统性地介绍了菌群研究的实验设计、方法选择和数据分析方式,在列举和比较大量研究方法的同时,指出了目前OTU分析、菌群丰度分析和相关性分析的缺陷,强调数据共享、方法标准化的重要性。文中提及大量最新研究、分析方法和平台,指导作用强,值得专业人士参考。
菌群分析方法
多组学分析
Jordi Merino
Jordi Merino
马
SR:圈养改变菌群,唯一未被驯化的野马也不能幸免
普氏野马是唯一尚未被人类驯化的马种,是研究自然状态下野生动物和圈养动物菌群差异的良好模型,这篇文章正是关注于此,值得好好看看。
马
普氏野马
驯化
圈养
Min Han
秀丽线虫
Cell子刊:利用秀丽线虫筛选药物-肠道菌群互作
这篇文章介绍近期Cell上的两篇利用线虫做的研究,老规矩,这样的文章看看图就有收获。
秀丽线虫
5-氟尿嘧啶
体内代谢
肠道微生物
抗肿瘤
帕金森症
运动障碍:帕金森病人和相关药物的肠道菌群特征
新的一篇关于帕金森病人以及用药后的肠道菌群变化的研究,值得看一下。
帕金森症
Parkinson's disease
confounding
functional pathways
gut microbiome
可视化
Cell子刊:EMPeror升级,可动画表现菌群动态
Rob Knight和团队最新文献,介绍他们开发的将菌群动态动画展示的EMPeror软件,给力,强烈推荐看一看。
EMPeror
可视化
艰难梭菌
微生物组动态
动画