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Christian von Mering
文章数:5篇
宏基因组学
Cell子刊:从异质微生物测序数据中快速推断大规模生态网络中的直接相互作用
目前,虚假关联和计算的复杂性阻碍了从跨研究宏基因组学数据推论生态网络。Tackmann等人介绍了FlashWeave,这是一种新颖的共现方法,可通过图形模型推断来预测可解释的微生物相互作用网络。 FlashWeave具有高度可扩展性,可解决数据异质性。他们在广泛的基准测试中对各种综合和现实数据集验证了该方法。
宏基因组学
微生物相互作用
共现
环境因素
技术因素
菌群-免疫互作
PTPN22突变体通过影响菌群调节小鼠结肠炎
非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶22(PTPN22)是一种免疫细胞上表达的负向调控因子。Journal of Clinical Investigation上发表的一项最新研究,发现一种与IBD风险降低,但又与自身免疫疾病风险增加相关的非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶22(PTPN22)突变体,可抑制急性DSS处理诱导的小鼠结肠炎,但在多次慢性DSS处理后,又可加剧小鼠结肠炎。同时,该效应依赖于PTPN22突变体对肠道菌群的调控。
菌群-免疫互作
菌群-免疫互作
动物实验
非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶22(PTPN22)
结肠炎
数据库
eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库重大更新
eggNOG是一个公共数据库,包含了直接同源关系、基因进化史和功能注释。本次仅从4.5更新到5.0版,数据量就增加了一倍,共计算了分布在379个分类水平上的4.4百万个直系同源群(OGs),以及它们的相关序列比对、系统发育、HMM模型和功能描述,同时改进了在线使用的易用性。
数据库
功能基因注释
eggNOG
宏基因组
参考基因集
eggNOG
高速宏基因组功能注释工具eggNOG-Mapper
eggNOG-mapper是一款又快又准的功能基因注释工具,比传统的BLAST或InterProScan方法的注释速度提高2到15倍,同时进一步提高了回收率和降低假阳性率,是目前宏基因组基因注释中的主流方法之一,强烈推荐。
eggNOG
功能注释
同源基因
鸟枪法宏基因组学
功能基因注释
Microbiome:利用唾液DNA测序,即可了解囊性纤维化相关细菌
利用唾液里含量并不高的DNA进行测序,即可以了解肺部囊性纤维化相关细菌,这是一个重大的方法学进步,应用前景也很大,值得关注。
Marc Mac Giolla Eain
Paul Wilmes