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diversity
文章数:19篇
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R包microeco:微生物组扩增子数据统计和可视化
基于高通量测序的群落数据分析分为前期的生物信息学分析和后续的统计分析,后续的分析则更注重于统计方法的使用和结果展示的快速性和灵活性。目前来看,依然缺少全面、简洁、快速的后续分析软件包。本文中提到的R语言包microeco 基于R6 class开发,整合了多种微生物群落生态学中常用的分析方法,归类成每个模块,以方便学习和使用,并研发了多种分析方法,同时提供了详细的教程,软件包已上传至CRAN,建议安装Github的更新版本。安装方法和使用教程等详见Github链接:https://github.com/ChiLiubio/microeco
共现网络
差异丰度检验
多样性
环境因子
功能分析
粪菌移植
粪菌移植治疗肠易激综合征的效果,反映在菌群的变化上
此前研究表明,粪菌移植(FMT)可改善肠易激综合征(IBS)(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1067002624),但并非对所有患者都有效。Gut Microbes发表了来自同一团队的后续研究,表明FMT可引起患者肠道菌群的长期变化,这些变化反映了治疗的临床效果。
粪菌移植
Irritable bowel syndrome
Fecal microbiota transplantation
Engraftment
Metagenomic sequencing
鸡肠道菌群
养殖条件如何影响鸡的肠道菌群?
Microbiome发表的一项研究,分析了不同养殖条件和参数对鸡的肠道菌群、生长性能和致病菌(弯曲杆菌)的影响,对于研究家禽养殖有参考意义。
鸡肠道菌群
chicken
Microbiome
Campylobacter
Production systems
肠-皮肤轴
紫外线可调节人肠道菌群组成,促进维生素D合成
肠道菌群在人类健康中扮演着越来越重要的角色。因此,许多研究集中在影响其微生物结构和功能的因素上,如饮食、年龄、性别、生活阶段、行为、种族、疾病等,并发现了它们之间强有力的联系。然而,关于微生物组影响因素的某些方面仍有待于探索。发表在《Frontiers in Microbiology》上的一项研究显示,皮肤暴露在窄波紫外线下可调节维生素D缺乏人群的肠道菌群,并促进维生素D的前体25-羟基维生素D合成。该研究表明,与阳光照射有关的人类生活方式应被视为调节肠道菌群的一种因素,指出了一种新的健康和疾病相关的皮肤-肠轴的存在。
肠-皮肤轴
16s
UVB light
diversity
Microbiome
哮喘
室内菌群与儿童哮喘风险相关
Journal of Allergy and Clinical Immunology上发表的一项前瞻性队列研究结果,在对近400名儿童随访10年后发现,儿童住宅的室内菌群组成及丰富度与哮喘风险显著相关。
哮喘
Asthma development
Lactococcus
Children
diversity
菌群-宿主互作
年龄和性别如何影响肠道菌群多样性?
人类肠道菌群的多样性随宿主年龄增长而改变,宿主性别也对菌群多样性具有影响。《mSystems》近期发表人群研究,纳入来自美国、英国、哥伦比亚和中国共计9000余名参与者,发现年龄和性别对于肠道菌群多样性的影响具有一定的人群差异性。该结果有助于进一步研究宿主特点对共生菌群的影响。
菌群-宿主互作
16S rRNA amplicon
age
diversity
Microbiome
益生菌
益生菌有望缓解败血症
肠道菌群与败血症密切相关。《Beneficial Microbes》近期发表研究,发现轻度败血症患者的肠道菌群具有特殊的结构和功能,而且通过益生菌干预,有望缓解与脓毒症相关的菌群结构和功能紊乱。该结果对缓解脓毒症具有一定参考价值。
益生菌
脓毒症
diversity
Gut barrier
Inflammation
饮食
个体特征、膳食饱和脂肪与蛋白质来源对肠道菌群的影响
mBio近期发表一项饮食干预研究,将109名健康成人,随机分为高饱和脂肪和低饱和脂肪组,每组均进行3种饮食,分别含红肉、白肉和非肉蛋白质,每种饮食持续4周,并间隔一定的洗脱期。该研究发现,个体因素对菌群组成的影响,大于4周饮食干预的影响,而饮食中蛋白质来源的作用小于饱和脂肪水平。该研究还表明菌群多样性越大,对饮食干扰的抗性也越大。
饮食
肠道菌群
Diet
diversity
gut microbiome
长寿
川农大等:长寿老人的肠道菌群多样性高于年轻人
Gut Microbes近期发表美国阿肯色大学与四川农业大学团队合作的研究,分析了中国都江堰地区、江苏省、意大利和日本的长寿人群,发现虽然肠道菌群组成存在差异,但长寿老人的菌群多样性高于同地区的年轻人,提示多样化且均衡的菌群可能有助于老龄健康。
长寿
beneficial bacteria
diversity
Gut microbiota
healthy aging
连蛋白
连蛋白与肠道菌群、膳食摄入及肠道通透性相关
来自European Journal of Nutrition的一项最新研究,在约100名女性中,鉴定出了血清连蛋白浓度与肠道菌群组成及膳食摄入的关联。
连蛋白
肠道通透性
Dietary intakes
diversity
Faecalibacterium
益生菌
益生菌怎样影响健康人的菌群多样性和组成
韩国一项人体研究,表明服用某市售混合益生菌胶囊,对健康受试者的粪便菌群多样性和整体组成影响有限,但可在菌属水平造成显著变化,不过停服后这些变化会逐渐恢复。
益生菌
粪便菌群
Composition
diversity
fecal microbiota
造血干细胞移植
造血细胞移植后的肺部菌群失调与肺部炎症及损伤相关
来自American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine上的最新研究,利用造血干细胞移植(HCT)动物模型及HCT受体患者的样本,发现HCT可改变肺部菌群,而菌群的变化与肺功能受损及肺部炎症相关,提示肺部菌群或可作为防治HCT后肺部并发症的潜在靶点。
造血干细胞移植
肺部菌群
hematopoietic stem cell transplantation
pulmonary complications
Microbiome
过敏
过敏儿童在8年里的肠道菌群特征
Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology上发表的一项前瞻性研究的结果,对近100名儿童进行了8年的跟踪随访,鉴定出了与过敏相关的肠道菌群短期及长期变化情况。
过敏
T-cell response
Allergy
diversity
Intestinal colonization
数据模型
建模研究单宿主的菌群动态变化
对单一环境下菌群的动态变化的研究现对匮乏。本研究开发了一种可研究单一宿主共生菌群动态变化得到数据模型,发现亲缘关系、环境影响和宿主的迁移情况都会影响共生菌群多样性。该研究为研究菌群进化、菌群-宿主互作都有参考价值,值得专业人士关注。
数据模型
菌群动态
进化生态学
Dispersal limitation
diversity
猪
Microbiome:断奶后的粪便菌群组成与猪肉的肥瘦相关
这是Microbiome[IF:8.496]发表的关于断奶后的仔猪肠道菌群组成与猪肉的肥瘦程度的关联的研究,关注点很奇特,很值得认真看看。
猪
背部脂肪厚度
diversity
Fecal microbiome
Genetic parameters
选择
Microbiome:结合了宿主选择与菌群选择的菌群进化模型
这是利用计算机模型研究宿主和菌群共进化机制的研究,推荐专业人士阅读。
选择
进化
Commensal and pathogen
diversity
Microbiome
糖尿病
PeerJ:糖尿病足溃疡患者的皮肤和伤口菌群
这是专门针对2型糖尿病足溃疡患者的皮肤和伤口菌群研究,推荐阅读。
糖尿病
糖尿病足溃疡
皮肤菌群
伤口菌群
16S rRNA gene sequencing
16S rDNA
Microorganisms:喝酸奶能改变肠道菌群么?
一篇热心肠先生评论说很尴尬的文章,大家看看觉得尴尬不?[呲牙]
16S rDNA
diversity
gut microbiome
next generation sequencing
yogurt
diversity
TM:微生物到底是如何入侵新环境的?(综述)
经典文献分享,全面综述微生物入侵的模式、机制、抑制因素和入侵环境和物种的丰度、均度,非常值得一读的文献。
diversity
microbial invasion
resource availability
species evenness
species richness