Iwijn De Vlaminck

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Iwijn De Vlaminck

文章数：5篇

宏基因组测序

Nature子刊：一种抗环境DNA污染的宏基因组DNA测序方法

宏基因组测序样品制备过程中难以避免被外界DNA污染。在Nature Communications近期发表的文章中，研究人员开发了一种基于物理标记的宏基因组测序方法SIFT-seq，可有效抵御测序样品制备过程中引入的环境DNA污染。SIFT-seq在低微生物量的宏基因组分析中拥有十分广阔的应用前景，如描述血液和尿液样本中的微生物DNA特征以及识别体液中潜在低丰度微生物感染源。未来可围绕SIFT-seq开发清除污染工具包，实现采样-测序-分析的完整解决方案。

宏基因组测序新方法研究论文

Nature：新方法看清菌群中成百上千种细菌的空间分布

菌群是一个复杂的生态系统，要理解其内部的物种互作机制和变化规律，目前的研究主要是基于测序分析和体外培养实验。如何对具有高细菌密度和物种多样性的菌群进行高分辨率的原位成像，从而直观地看到菌群内不同种类细菌的空间分布，仍是一大挑战。Nature最新发表的一项来自康奈尔大学团队的研究，在解决这一技术问题上迈出了重要的一步。研究者开发了一种名为HiPR-FISH（使用荧光原位杂交的高系统发生分辨率微生物组图谱）的菌群原位成像方法，能在单菌分辨率水平上绘制区分数百（至多1023）种细菌的菌群空间分布图，在解析菌群的空间结构，以及菌群成员之间在空间上的相互作用方面，具有很大的研究应用价值。Nature特别配发了解读文章（见“延伸阅读”），可搭配阅读。

细菌成像研究方法与技术荧光原位杂交菌群

宏基因组分析工具

一个适用于cfDNA宏基因组测序降噪的R语言工具

无细胞DNA（cfDNA）是溶解在血液、尿液等生物流体中的一些DNA片段，这些片段可以来自于人体自身细胞或者共生的微生物。游离在细胞外的cfDNA可以很容易通过人体的组织或免疫屏障，显现于血液或尿液等生物流体中。cfDNA已经在临床上实现了无创产前诊断的应用。类似的，通过对cfDNA的检测也可以敏锐地获知人体内部细菌和病毒感染。cfDNA样本很容易受到污染或干扰，对背景信号的降噪要求很高。低生物量背景校正（LBBC）工具用流行的 R 语言写成，使用方便，值得一试。

宏基因组分析工具 Cell-free DNA metagenomics Biomarkers infectious disease

Nature子刊：肠道内的尿路病原体，或是尿路感染元凶

尿路感染是最常见的细菌感染疾病之一。接受肾脏移植的个体会定期检查菌尿（尿液中有细菌感染，但患者不表现排尿困难、尿急、尿频等临床症状）及尿路感染（尿液中有细菌感染，患者表现排尿困难、尿急、尿频等临床症状）情况，因此有利于研究尿路感染机制。Nature communications 最近发表的一项研究，主要探讨了肠道菌群与发生菌尿症或尿路感染风险之间的关系，发现肠道中高丰度的大肠杆菌和肠球菌与相应细菌感染导致的菌尿症相关，并且肠道中高丰度大肠杆菌还与尿路感染相关。本研究结果支持肠道菌群- 尿路感染轴，并暗示调节肠道菌群或可用于预防尿路感染。

尿路感染菌尿症肠道菌群埃希氏杆菌肠球菌属

Nature子刊：尿液游离DNA可用于监测尿路感染

来自Nature Communications发表的最新研究报道，发现利用尿液中的游离DNA（cfDNA），可监测肾脏移植患者的尿路细菌及病毒感染、抗菌药物敏感性、移植物损伤等指标。

尿路感染尿液游离DNA 肾移植 Christine E Spadola Christine E Spadola