Kern Rei Chng

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Kern Rei Chng

文章数：7篇

Cell：绘制城市微生物组和抗生素耐药性的宏基因组图谱

Cell近期发表的文章，通过对三年内收集的来自60个城市公共交通系统的4728个样本进行分析，构建出一个高分辨率的宏基因组图谱，有助于鉴定微生物和抗生素耐药性基因，具有潜在的公共卫生和法医应用。分析发现不同城市的抗生素耐药基因、微生物分类特征具有较大差异，且与气候和地理状况有关。

环境菌群城市微生物组抗生素耐药性

羧酸酯酶1如何恶化大肠癌

NF-κB通路与结直肠癌（CRC）病人的晚期疾病状态和较短的生存期有关。CRC模型小鼠中，NF-κB促进炎症、癌细胞存活和肠上皮细胞的去分化。Journal of Clinical Investigation近期发表的文章，发现羧酸酯酶1（CES1）的表达具有亚型分布特异性，且与不良的预后具有相关性，从而将其与其他细胞内三酰甘油脂肪酶区分开来，同时提示CES1可能作为治疗侵袭性大肠癌的靶点。

结直肠癌脂肪酸代谢羧酸酯酶1

Nature子刊：哪些关键肠菌在支撑抗生素后的菌群恢复？

肠道菌群是一个复杂的生态系统。在抗生素治疗后，肠道菌群会经历破坏后的重建和恢复。Nature Ecology & Evolution发表的这项研究，通过数据挖掘的方法，鉴定出在抗生素后肠道菌群恢复过程中的关键细菌和功能通路，提出了一个可解释这一现象的生态学模型，并在小鼠中进行了验证。这些发现为研发帮助抗生素治疗后菌群恢复的益生菌/元等干预手段提供了新思路。

抗生素菌群恢复力肠道菌群

医院微生物组

Nature子刊：深入分析医院环境微生物组，揭示隐藏的致病菌和抗生素耐药性

院内感染是全球医疗系统共同面临的挑战，尽管消毒是控制感染的关键，但我们对医院环境微生物的定殖分布和抗生素耐药性情况，仍缺乏了解。《Nature Medicine》最新发表了来自新加坡基因组研究院Niranjan Nagarajan团队主导的研究，李陈浩博士为并列第一作者。该研究对新加坡一家医院45张床位相关的179个位置进行多时间点的重复采样，通过深度鸟枪法宏基因组测序、富集培养结合二三代测序等方法，首次深入刻画了医院中的微生物组、病原体和抗生素耐药基因及相关可移动元件的时空分布和动态变化，表明一些多重耐药致病菌株可在医院内广泛传播并稳定长期留存，从而伺机造成院内感染。这些发现为未来进一步研究如何预防院内感染提供了宝贵信息。

医院微生物组 disease prevention Microbial genetics 院内感染多重耐药微生物

宏基因组学

Nature子刊：宏基因组二、三代混合组装新软件OPERA-MS

二代测序通量高、准确度高，但读长短；三代测序读长长，但错误率高、成本高。将这两者的优势结合，目前在宏基因组领域还没有得到广泛应用，存在很多技术难题没有解决。近日，来自新加坡基因组所的Niranjan Nagarajan课题组发布了一款二、三代测序混合组装软件OPERA-MS，组装结果不仅碱基准确率高，而且短读长数据拼接长度提升了一个数量级。这一重镑成果于7月29日发表于世界顶级期刊《Nature Biotechnology》。

宏基因组学 Clinical microbiology Genome assembly algorithms metagenomics Jing-Min Liu

β-葡糖醛酸酶

Hepatology：肠道菌群调节老年痴呆药物的肝毒性

他克林是第一代可逆性抗胆碱酯酶抑制药，用于治疗阿尔茨海默症，其主要副作用是肝毒性。本研究在大鼠中发现肠道菌群的活性影响他克林的肝毒性，特别推荐阅读。

β-葡糖醛酸酶肝肠循环他克林肝-肠轴肝脏毒性

Methods：微生物相互作用，你能算出来么？

深挖文献，算出关系，发大paper！欢迎大家深挖MC，发点中文期刊综述还是很方便的。

宏基因组微生物相互作用文献挖掘