Robert A Quinn

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Robert A Quinn

文章数：9篇

多囊卵巢综合症（PCOS）

肠道菌群代谢物更能预测多囊卵巢综合征疾病和同笼状态

多囊卵巢综合征（PCOS）影响了全世界10%的育龄妇女。除了不孕症之外，患有PCOS的妇女还患有代谢失调，并且罹患2型糖尿病、心血管疾病和非酒精性脂肪肝的风险增加。研究表明，PCOS患者的肠道微生物组与对照组相比存在差异，小鼠模型研究显示同笼（co-housing）对PCOS的生殖表型和代谢表型具有保护作用，这种保护作用与肠道菌群的时间依赖性偏移有关。mSystems近期发表的文章，对PCOS样小鼠的肠道菌群代谢物进行分析，发现模型构建或同笼处理过程中，肠道代谢物组成的变化更早，更显著，比肠道菌群出现差异更早。肠道代谢物，尤其是胆汁酸，与PCOS表型及同笼的保护作用相关。

多囊卵巢综合症（PCOS）肠道菌群代谢物胆汁酸

微生物结合胆汁酸

宿主与菌群互作新焦点：微生物结合胆汁酸MCBA（综述）

宿主胆汁酸（BA）多样性调控肠道微生物多样性。反之肠道菌群代谢形成次级胆酸影响宿主生理。Microbiome上发表的综述，讨论了BA的化学结构多样性，与微生物相互作用的机理，并聚焦最新发现的微生物结合胆汁酸(MCBA)在肠道稳态与疾病中的作用。

微生物结合胆汁酸肠道菌群综述基础研究

Nature：全面分析菌群对宿主代谢组的影响，发现新型结合型胆汁酸

在宿主与微生物的共生系统中，菌群产生的大量生物活性分子，对宿主生理具有不可忽视的影响。Nature最新发表的一项研究，用质谱信息学和数据可视化方法，系统性分析了菌群对小鼠代谢组的影响，意外地发现了一类新型的氨基酸结合型胆汁酸，代表了菌群的第5种胆汁酸代谢机制。研究者通过使用Mass Spectrometry Search Tool分析了上千个公开的数据集，确认了这些胆汁酸也存在于人类中，并且在炎症性肠病和囊性纤维化患者中更常见。细胞和小鼠试验表明，这些胆汁酸可能通过作用于FXR通路影响宿主生理。该研究为用代谢组学方法研究菌群-宿主互作带来新启示。

代谢组学胆汁酸代谢 metabolomics Microbiome 微生物组

微生物-代谢物互作

mmvec神经元网络算法评估微生物-代谢物的互作

Nature Methods的这篇文章介绍了神经元网络mmvec在多组学研究中的使用。传统的统计学方法过度简化数据，容易造成大量假阳性结果，而微生物组和代谢组数据均为成分性数据，更加剧了分析误差的可能性。作者Rob Knight团队提出的mmvec神经元网络能够通过学习代谢物和微生物同时出现的概率，对代谢物与微生物互作进行评级，并可视化显示分析结果。作者随后对mmvec进行使用验证，证明mmvec在分析效用上显著优于目前常用方法。推荐需要多组学分析研究的读者尝试（https://github.com/biocore/mmvec）！！

微生物-代谢物互作神经元网络算法mmvec I M Moreno I Martín-Carrasco

微生物生态学

Science子刊：分析化学梯度对CF患者肺部菌群的影响，有望带来新疗法

囊性纤维化（CF）是一种遗传疾病，患者的粘液分泌发生改变，易发生肺部感染，伴随肺部菌群的改变。Science Advances近期发表研究，用环境微生物学的技术和思路，从整体上研究CF患者失调的肺部菌群特征和潜在干预方法，表明氧气和pH梯度对菌群结构和代谢的影响，或可用于开发新疗法。

微生物生态学囊性纤维化肺部菌群化学梯度微生物发酵系统

菌群分析方法

一文读懂：Rob Knight手把手指导菌群研究（必读综述）

菌群研究和分析方法日新月异，本文系统性地介绍了菌群研究的实验设计、方法选择和数据分析方式，在列举和比较大量研究方法的同时，指出了目前OTU分析、菌群丰度分析和相关性分析的缺陷，强调数据共享、方法标准化的重要性。文中提及大量最新研究、分析方法和平台，指导作用强，值得专业人士参考。

菌群分析方法多组学分析 Jordi Merino Jordi Merino

婴儿支气管炎

AJRCCM：整合菌群及代谢组学，更好理解呼吸道感染！

介绍一项我们之前介绍过的研究（http://www.xunludkp.com/papers/read/1041289612），今天这篇小文章，没有图，不过仍然因为短小精湛却内容可读，特别推荐。

婴儿支气管炎代谢组学传染性呼吸道疾病 Microbiome infant bronchiolitis

Nature：精准诊断和治疗疾病，MWAS来帮忙！

① DNA测序、代谢组、蛋白组和计算工具快速发展，推动微生物组与疾病相关联；② 时间序列研究和多分子视角促进MWAS发展，已有研究支持MWAS的可靠结果；③ 对精准诊断和治疗来说，应充分理解微生物组和饮食、化学、健康的复杂关系，并要确定记录和整合这些动态变化的检测频率；④ 特别提出MWAS的原则。

GWAS MWAS DNA测序代谢组蛋白组

囊性纤维化

囊性纤维化患者痰代谢物中的微生物、宿主体内物质及异生物质多样性研究

① 基于分子网络的代谢组学分析肺囊性纤维化（CF）痰液的物质组成；② CF痰液化学组成复杂，临床培养和微生物组分析其致病菌铜绿假单胞菌代谢物的结果不一致，痰液中检测到的铜绿假单胞菌分子与实验室培养的也不一致；③ 喹诺酮假单胞菌信号只在培养液中检测到，而痰液中检测不到，表明基于培养的对该病原体的研究可能无法解释其在肺中的行为；④ CF与非CF痰液中差异最大物质为鞘脂类，所含炎症介质神经酰胺在炎症反应中起重要作用。

囊性纤维化痰代谢物异生物质