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David VanInsberghe
文章数:2篇
肠道致病菌感染
Nature子刊:祸不单行!腹泻可导致艰难梭菌感染
艰难梭菌感染(CDI)是全球住院患者腹泻的主要原因。尽管针对CDI的治疗和预防(如粪菌移植和使用抗生素)已初见成效,但对艰难梭菌定植的机制和及其发展进程并不十分清楚。《Nature Microbiology》上的一项研究表明,腹泻可导致艰难梭菌在患者肠道内定植并大量繁殖,治愈后则成为无症状的病菌携带者。该研究确定了影响艰难梭菌定植的历史事件及其在宿主体内随时间变化的数量动态,指出在胃肠道紊乱后针对此时期阻断艰难梭菌传播的重要性。
肠道致病菌感染
艰难梭菌感染
腹泻
细菌定植
16S rRNA
微生物生态学
Cell:PopCOGenT新方法鉴定微生物基因组间的基因流动
2001年人类基因组发布后,进入了后基因组时代,开展人类基因组的多角度挖掘,伴随着一系列的方法和软件的开发,实现了更多研究问题的手段。近年来微生物组研究也积累了大量数据,以人类微生物组计划公布的数据为基础,大家可以将之前很多想法付诸实践。近期Cell就有多篇基于HMP数据挖掘的文章,如本周内同期发表的《Cell:20种宏基因组学物种分类工具大比拼》(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1033790381)、《Cell:挖掘人体菌群中不为人知的小蛋白》(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1056603186)。本文是又一篇基于人类微生物组数据挖掘并开发方法的Cell文章,套路值得学习,软件值得跟进和使用。
微生物生态学
Reverse ecology
microbial ecology
Population structure
population genomics