鸟枪法宏基因组测序

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鸟枪法宏基因组测序

文章数：3篇

iMeta：国内团队“塑料际”微生物最新综述

充分了解“塑料际”生态过程及其环境影响对管理和预测塑料污染风险至关重要。本综述系统地总结了“塑料际”的研究方法、群落组成、构建过程以及生态功能，并指出测序方法和生物信息分析所导致的短序列错配和基因组组装错误不可避免，因此提出未来研究还应通过基于培养的方法为“塑料际”内发生的功能过程提供确凿证据。如：生物降解和致病性。

塑料际群落组成生态机制功能特征鸟枪法宏基因组测序

宏基因组学

诸奇赟+黄适：OGU一种不依赖分类学的宏基因组分析方法

与16S rRNA基因扩增子测序相比，宏基因组学是一种强大的但在计算上具有挑战性的技术，可用于解析微生物群落组成和结构。目前，对于宏基因组数据的分析主要基于分类学，但在特征解析方面存在一定的局限性。亚利桑那州立大学的诸奇赟和香港大学的黄适作为共同第一作者，与加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight团队合作在mSystems上发表文章，开发了一种新的宏基因组分析策略—操作基因组单位（OGU），OGU法不依赖于分类学，直接利用序列比对鉴定到的单个参考基因组作为评估微生物群落多样性的最小单位。Woltka（https://github.com/qiyunzhu/woltka）是实现该方法的生物信息学工具，已集成在QIIME2软件包和Qiita平台中，未来，将促进宏基因组学研究中广泛采用OGU方法。

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香港城市大学：宏基因组菌株分析的新算法

鸟枪法宏基因组测序使我们能够实际分析菌群中的菌株。然而，由于菌株之间的序列高度相似，目前的方法还不完善。作者发现可以通过基因型频率推测在同一单核苷酸变异（SNV）基因座处的菌株基因型，以及相同读长覆盖的不同基因座中的变异可以提供证据，证明它们存在于同一菌株上。基于此作者设计了PStrain算法，可以根据基因型频率和覆盖多个SNV基因座的读长从鸟枪法宏基因组测中迭代地推断菌株。

菌株鸟枪法宏基因组测序基因型频率大肠癌肠道菌群单核苷酸变异（SNV）