物种簇

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基因组分类数据库

Nature子刊：细菌和古菌从域到种的完整分类新方法

大约40%的基因组在GTDB (Genome Taxonomy Database，基因组分类数据库)中缺乏种名。作者通过使用公认的平均核苷酸同源性(ANI)标准来设置物种界限，解决了这一局限，并提出包含所有公共可获得的细菌和古细菌基因组的物种簇。与以前的平均核苷酸同一性研究不同的是，作者选择了一个代表性的基因组作为有效命名法“类型”定义每个物种。在提议的24,706个物种簇中，有8,792个基于公开的名称，作者为剩余的15,914个物种簇分配了占位符名称，以为越来越多的未培养物种的基因组提供名称。这个资源为细菌和古细菌基因组提供了一个完整的从域到种的分类学框架，这将促进对未培养物种的研究并改善科学成果的交流。

基因组分类数据库平均核苷酸同源性物种簇基因组装配分类学