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微生物群落中高维模式识别的新方法

微生物群落内部复杂的多维相互作用模式的识别是理解、调节和设计有益微生物组的关键。由于微生物群落成员常常同时参与多种关系，因此并不是所有这些微生物的交互模式都有望呈现出视觉上不间断的模式。因而，传统的相关性、交互信息、主坐标分析或基于协变的网络推理方法都无法检测到这种关系。本文提出了一种新的特定模式的方法来量化强度并估计两种生物丰度分布之间的二维共存、互斥和单向关系模式的统计显著性，并扩展此方法以允许搜索和可视化三维、四维和更高维的模式。使用人类微生物组计划中的2380个微生物组样本对提出的方法进行了测试，结果产生了具有统计学意义的二维模式的特定于身体部位的网络，并揭示了人类微生物组计划数据中存在三维模式。

微生物组多维布尔模式微生物群落共排斥共存