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文章数：4篇

药物-菌群互作

Cell：新方法解析癌症患者的药物-菌群关联

Cell发表的一项最新研究，开发了一种名为PARADIGM的计算方法，将其应用于癌症患者的纵向粪便样本和详细的每日用药记录的大型数据集，揭示了药物暴露和肠道菌群之间的关联，这些关联再现了体外研究结果，并能预测临床结果。

药物-菌群互作肠道菌群计算模型异基因造血细胞移植

矿大团队综述：菌群与疾病的计算模型开发

人体中的微生物已被证明在各种生理过程中起着重要作用，例如增强免疫力，改善胃肠道的消化和增强代谢功能。越来越多的研究结果表明，人类非传染性疾病的出现与微生物之间有着密切的联系，这为我们进一步了解疾病的发病机理提供了新的见解。然而，应用生物学实验方法揭示微生物-疾病关联是昂贵且低效的。近年来，越来越多的研究人员构建了多种计算模型，以预测可能与疾病相关的微生物。本文首先简要介绍微生物和数据库以及与它们相关的在线服务器。然后，主要介绍四种计算模型，包括基于得分函数的模型，基于网络算法的模型，基于机器学习的模型和基于试验分析的模型。最后，作者总结了它们的优缺点，并为基于计算模型揭示微生物-疾病关联的未来工作指明了方向。

疾病微生物关联预测计算模型网络算法

Cell子刊：大肠癌微生物组，如何从宏组学走向机制研究？（综述）

来自宏基因组分析的大量证据表明，在结直肠癌（CRC）患者的肠道中普遍存在一种病理性微生物失衡或失调状态。已经鉴定出几种微生物类群与CRC显著相关，但其潜在促癌机制仍未阐明。最新发表在Trends in Microbiology的综述提供了一份关于CRC肠道菌群当前知识的调查。除了观察性研究，该综述还概述了新的实验方法，以获得生态系统级的机制以理解肠道微生物在癌症发病机制中的作用。

结直肠癌肠道菌群代谢促癌机制肠道芯片

Science子刊：KRAS基因突变对靶向EGFR治疗的特异性应答机制

癌症治疗决策越来越多地参考每个患者肿瘤组织内的特定基因突变情况。例如，抑制表皮生长因子受体（EGFR）的药物对许多结肠直肠癌（CRC）患者有益，但那些肿瘤组织中包含KRAS突变的患者除外。然而，在KRAS的各种突变中，KRASG13D的突变体表现不同，KRASG13D CRC患者可受益于EGFR阻断抗体西妥昔单抗，具体机制尚不明确。围绕这一观察结果存在许多争议，主要原因是它与有关RAS突变的EGFR信号传导的既定机制相矛盾。最新发表于Science Signaling的研究利用RAS信号的计算模型等手段，为KRASG13D突变结直肠癌对EGFR抑制的反应提供了系统水平及机制上的解释。该研究证明了系统方法如何在基因组医学中实现基于机制的推断，未来将帮助患者选择合适的个性化治疗方案。

结直肠癌 KRAS 抗EGFR治疗 NF1 KRAS突变