Saccharibacteria (TM7)

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Saccharibacteria (TM7)

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细菌多样性

Cell子刊：生命树的新成员Saccharibacteria

生命树的新成员包括一群被称为CPR（candidate phyla radiation）的细菌，它们形成了生命树中的一个主要分枝。这群细菌包含近一半的生物多样性，广泛存在于哺乳动物宿主的各个身体部位以及各种环境中。但由于其细胞体积小（200–300nm）、基因组小、不可体外培养、只具有单拷贝的16S rDNA等原因，以往的大规模测序研究很难检测到它们，使得对它们多样性的认识严重不足。发表在Cell Reports上的一项研究对来源于不同样品的测序数据进行重新组装，并有目的地分析CPR细菌基因组特征，对CPR细菌中的Saccharibacteria菌门的基因组多样性进行了全面的分析。进化分析将Saccharibacteria菌门分为G1-G6六个单系群，其中G3、G5和G6在人类中高度流行，表明它们在人类健康和疾病发病机制中的潜在作用。

细菌多样性 ultra-small bacteria TM7 Saccharibacteria candidate phyla radiation

量化人类口腔菌群生物合成能力的新方法

微生物的生物合成能力是其生长和相互作用的基础，在微生物群落结构中起着重要作用。对于大型、多样的微生物群落，这些能力的预测受到代谢功能和环境条件的不确定性的限制。eLife发表的文章，提出一种基于渗透理论的概率方法，来计算量化代谢网络如何在一组可变环境下产生一组给定的代谢产物。本方法是基于整个代谢网络，并捕获大量不同的途径，即不依赖于已经注释的生物合成途径，而是寻求使用整个代谢网络结构来预测生物合成能力。本方法可广泛用于理解复杂微生物生态系统中的代谢相互作用。

口腔菌群 Saccharibacteria (TM7) computational biology human microbiome metabolic modeling