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Ran Blekhman
文章数:8篇
宿主-菌群互作
Nature子刊:宿主转录组+肠道菌群,鉴别不同肠道疾病的特性和共性
肠道菌群和宿主基因调控都可参与胃肠道疾病的发生发展,但尚不清楚这二者如何互作以影响宿主疾病。Nature Microbiology近期发表的一项研究,建立了一个用于整合多组学高维数据集的机器学习框架,并用该方法在三种肠道疾病中,鉴定了疾病间特有和共有的宿主基因-微生物组关联,为进一步研究菌群影响疾病的机理提供了新线索。
宿主-菌群互作
多组学
转录组
肠道菌群
菌群数据库
公共人菌群数据库需要更多的发展中国家数据
PLoS Biology上发表的一项最新研究结果,发现在全球最大的3个基因组数据库中,来自发达国家的人菌群数据占据了绝大部分,其中美国的样本接近一半,而欠发达地区(尤其是中亚及南亚)的数据较少。
菌群数据库
研究论文
基础研究
菌群-宿主互作
Cell子刊:人和猩猩的菌群如何影响肠上皮细胞基因表达
不同的人科动物的肠道菌群存在很大的差异。这些菌群差异是否影响不同物种的宿主生理和基因表达?Cell Reports发表的这项研究,揭示了人结肠上皮细胞对不同人科动物肠道菌群的转录应答,发现只响应特定人科物种肠道菌群的宿主基因与胃肠道疾病有关。
菌群-宿主互作
灵长类动物
肠道菌群
基因调控
饮食-菌群互作
Nature子刊:吃木薯导致的konzo病,肠道菌群可能影响其易感性
Konzo是一种运动神经疾病,可导致患者瘫痪,主要影响撒哈拉以南非洲的儿童和妇女,这种疾病的发生主要与含氰饮食(如进食木薯)和慢性营养不良有关,其发病机制可能也受宿主遗传和肠道菌群等因素的影响。Nature Communications近期发表的一项研究对刚果180名儿童的肠道菌群进行了分析,揭示了肠道菌群结构的地理区域性变化,以及可能对konzo病有促进和抵抗作用的肠道菌群特征。
饮食-菌群互作
肠道菌群
konzo
肠道菌群遗传力
Science:研究狒狒14年,揭开被低估的肠道菌群遗传力
遗传因素在多大程度上影响肠道菌群?此前基于人群的横断面研究显示,环境因素(如饮食、药物、生活方式等)可能对菌群的塑造起主要作用,而遗传因素的影响可能甚微(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1097013359)。但Science最新发表的一项研究通过对野生狒狒肠道菌群进行大样本的长期纵向分析,从另一个角度对这一问题做出了不同的回答。该研究表明,97%的肠道菌群特征(分类群和群落表型)都具有一定程度的显著遗传力。这种遗传力的数值大小会受到宿主年龄和环境因素的影响,而纵向分析和大样本量对于揭示菌群遗传力非常关键。
肠道菌群遗传力
狒狒
纵向研究
宿主-菌群互作
环境菌群
Cell:绘制城市微生物组和抗生素耐药性的宏基因组图谱
Cell近期发表的文章,通过对三年内收集的来自60个城市公共交通系统的4728个样本进行分析,构建出一个高分辨率的宏基因组图谱,有助于鉴定微生物和抗生素耐药性基因,具有潜在的公共卫生和法医应用。分析发现不同城市的抗生素耐药基因、微生物分类特征具有较大差异,且与气候和地理状况有关。
环境菌群
城市微生物组
抗生素耐药性
囊性纤维化
囊性纤维化患者的宿主-肠道菌群互作
囊性纤维化(CF)是白种人中常见的常染色体隐性遗传病,早发性大肠癌是CF患者的一个潜在并发症。Genome Medicine近期发表的一项研究,分析了CF患者结肠粘膜的基因表达和菌群组成的变化,以及二者间的关联,表明宿主-微生物互作可能在CF大肠癌的发病机制中有关键作用。这些结果为CF患者的大肠癌风险预测,提供了潜在的生物标志物。
囊性纤维化
结直肠癌
cystic fibrosis
Host-microbe interactions
gene regulation
粪便样品储存
SR:野外考察收集粪便样本,不用过于纠结存储方法
比较对野外考察收集的粪便样本的立即冻存、冻干法、乙醇中储存及RNAlater中储存这4种方法,发现存储方法不会造成结果的显著差异,个体化差异才是最大差异。
粪便样品储存
方法学
β多样性
α多样性
Michelle M Stein