病毒组

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文章数：11篇

Nature子刊：绘制哺乳动物肠道和实质器官的病毒生物地理图谱

哺乳动物病毒组与健康和疾病有关，但目前关于其沿哺乳动物胃肠道和其他器官的横纵轴结构如何分布，这方面的研究知之甚少。近日发表在Nature Microbiology上的这篇文章，通过宏基因组对家猪和恒河猴这两种代表性哺乳动物的胃肠道、实质器官的病毒进行了全面的生物地理分析，绘制出详尽的哺乳动物肠道和实质器官的病毒生物地理图谱，并发现胃肠道病毒组具有高度的空间和物种特异性，为未来研究哺乳动物肠道病毒组提供了重要的资源。

病毒组

国内团队：野生鸟类和繁殖鸟类的泄殖腔病毒组

鸟类可以携带并向人类和其他动物传播病毒。江苏大学医学院的张文团队和中国农业科学院的童光志团队在Microbiome发表研究，对 3182只野生和繁殖鸟类的泄殖腔病毒组进行了大规模分析，扩展了对鸟类病毒多样性的认知。

鸟类菌群病毒组

人体肠道噬菌体

肠道元基因组分析发现数千种新噬菌体

Microbiome近期发表的文章，通过对整个人类肠道宏基因组中发现的噬菌体基因组的分析，至少确定了三个新的尾病毒目候选家族，并揭示了人类肠道中噬菌体-宿主相互作用的各种假定机制。这些发现还扩展了噬菌体基因的功能，特别是脂质生物合成途径、过氧化氢酶类、HipA家族蛋白激酶和与防御相关的高变基因。这些发现将有助于人类肠道病毒组的分类和功能特征研究。

人体肠道噬菌体病毒组

杨鹏辉&王军团队：新冠肺炎患者的特征肠道病毒和细菌组

肠道是新冠病毒感染的器官之一，研究肠道微生态在新冠肺炎发生发展中的作用或有助于新冠肺炎的诊疗。中国解放军总医院杨鹏辉团队和中科院王军团队近期在Gut Microbes发表研究，对比了13名新冠肺炎患者与5名健康人的肠道细菌组与病毒组变化规律，发现两者的组成和变化在新冠患者中具有特殊性，受药物的影响也各有不同，而且在不同疾病严重程度的患者中具有差异。上述结果在小鼠实验中得到证实。本研究的成果，对于研究新冠肺炎的病程特征、感染过程中共生微生态-宿主互作都具有参考价值。

新冠肺炎研究论文病毒组肠道细菌组人

VirSorter2：病毒组鉴定软件升级版发布

本文介绍了VirSorter2，这是一种DNA和RNA病毒识别工具，可利用自定义自动分类器集合中的基因组信息数据库更新来提高病毒序列检测的准确性和范围。通过多分类器和模块化设计，VirSorter2展示了主要病毒组之间更高的整体准确性，并将提高我们对各种生态系统中的病毒进化，多样性和病毒-微生物相互作用的了解。VirSorter2可以对测序数据中的所有类型的病毒进行可靠的检测并可以在大规模数据集中轻松检测到新的病毒多样性。这将使研究人员能够调查所有病毒在地球生物群系中所扮演的角色，并更好地了解这些病毒是如何限制基本微生物过程的。VirSorter2的源代码可以免费获得(https://bitbucket.org/MAVERICLab/virsorter2)。

RNA病毒分类器病毒组 DNA病毒软件

VIBRANT：宏基因组中自动恢复、注释、管理和评估病毒组群落功能的新方法

本文介绍了VIBRANT，这是第一种利用混合机器学习和蛋白质相似性的方法，该方法不依赖于序列特征来自动恢复和注释病毒，确定基因组质量和完整性以及从宏基因组学装配中表征病毒群落功能。VIBRANT使用蛋白质特征的神经网络和最新开发的v得分指标，该指标可以规避传统界限，以最大限度地识别裂解性病毒基因组和整合前病毒，包括高度多样化的病毒。VIBRANT突出显示了病毒辅助代谢基因和代谢途径，从而成为评估病毒群落功能的用户友好平台。

VIBRANT 基因组序列神经网络 v-score 微生物群落代谢

婴儿肠道菌群

Nature：婴儿肠道病毒组定植分两步，母乳喂养保护作用显著

建立正常的肠道菌群对于婴儿的健康发育有重要意义，目前相关研究大多聚焦肠道细菌，人们对婴儿肠道病毒组还所知有限。Nature发表的一项最新研究，分析了20名婴儿出生、1月龄和4月龄时的粪便病毒组及其影响因素，并在另外2个超过百人的婴儿队列中进行验证。该研究发现，婴儿肠道病毒组的定植可分为2个阶段：早期以先锋细菌诱导的温和噬菌体为主，之后逐渐出现可感染人体细胞的病毒，而这些病毒在母乳喂养的婴儿中明显较少。这项研究不仅揭示了生命早期肠道病毒组的发展规律，也为母乳喂养的积极作用提供了新的见解。

婴儿肠道菌群病毒组 Microbiome Virology 喂养方式

“可爱”背后：企鹅可能也是重要病毒库

有观点认为企鹅等南极动物面临的病原体暴露压力较低，导致其在其它环境中的疾病易感性增强。《ISME Journal》上发表的一项最新研究，对3种南极企鹅的体内及体表寄生虱的RNA病毒组进行了测序分析，发现企鹅携带的RNA病毒多样性与其它区域（如澳大利亚）的水鸟类似，提示企鹅也是重要的病毒储存库。

病毒组 community ecology microbial ecology Molecular ecology Phylogenetics

病毒组研究亟需突破，但面临5大挑战

在微生物组研究中，相比于细菌及真菌的相关研究，目前对病毒组的研究相对滞后。PLoS Pathogens上发表的一篇评论观点，列举了病毒组研究面临的5大挑战，并讨论了潜在的应对策略，展望了病毒组研究的未来发展方向。

病毒组 Janet K Jansson Janet K Jansson

基于深度学习的病毒序列识别

最新的宏基因组测序技术可以对包括病毒基因组在内的微生物基因组进行大规模测序，大大加快了病毒的研究。为了快速识别宏基因组数据中的病毒序列，美国南加州大学定量计算生物学中心孙丰珠教授课题组在《Quantitative Biology》期刊上发表了题为“Identifying viruses from metagenomic data using deep learning”的文章，在该课题组2017年开发并广泛应用的VirFinder基础上进一步发展了一个基于深度学习识别病毒序列的方法－DeepVirFinder。此方法利用了深度学习和大数据的优势，无需与参考序列比对，显著提高了病毒识别的速度和准确性，将有助于在宏基因组学时代下对病毒的研究。

病毒组宏基因组分析工具宏基因组深度学习机器学习

Viruses：病毒宏基因组学揭示马来亚穿山甲受仙台病毒和冠状病毒的侵染

2020年2月7日上午11时，华南农业大学针对新型冠状病毒肺炎疫情研究攻关情况举行了新闻发布会。华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室教授沈永义、肖立华等科研人员，通过联合攻关，在新型冠状病毒潜在中间宿主的溯源上取得突破。他们的最新研究表明，穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主。由于相关论文并未发表或提交到预印本杂志，更多的细节无从知晓。本文章通过解读2019年10月24日发表的一篇采用宏基因组学技术揭示穿山甲与冠状病毒相关的一篇文章，来提供一些更详细且可能相关的信息。本研究为了解马来亚穿山甲的病毒群落以及马来亚穿山甲与其他宿主间优势致病性病毒的分子流行病学提供了依据。扩展了我们对濒危物种病毒组的理解，并提供了对病毒整体多样性的洞察。

病毒组马来亚穿山甲仙台病毒冠状病毒分子流行病学