大肠癌肠道菌群

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香港城市大学：宏基因组菌株分析的新算法

鸟枪法宏基因组测序使我们能够实际分析菌群中的菌株。然而，由于菌株之间的序列高度相似，目前的方法还不完善。作者发现可以通过基因型频率推测在同一单核苷酸变异（SNV）基因座处的菌株基因型，以及相同读长覆盖的不同基因座中的变异可以提供证据，证明它们存在于同一菌株上。基于此作者设计了PStrain算法，可以根据基因型频率和覆盖多个SNV基因座的读长从鸟枪法宏基因组测中迭代地推断菌株。

菌株鸟枪法宏基因组测序基因型频率大肠癌肠道菌群单核苷酸变异（SNV）