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人类胃肠道基因组(UHGG)
文章数:2篇
宏基因组组装基因组 (MAGs)
陈卫华+赵兴明等:利用基因组分辨肠道宏基因组学计算策略的调查(综述)
恢复高质量宏基因组组装基因组对于探索微生物组成和微生物表型关联至关重要。但目前用于此目的的多种测序平台和计算工具可能会使研究人员感到困惑,因此需要进行广泛的评估。近日,复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新综述,利用4种测序技术(mNGS、PacBio、Nanopore和metaHiC),在三个数据集上评估多种用于基因组解析宏基因组学的计算工具和测序平台,通过多个性能进而确定组装和分箱最佳工具,发现混合组装和基于metaHiC分箱组合的性能表现最好,其次是混合和长读长组装。
宏基因组组装基因组 (MAGs)
测序技术
综述
基础研究
混合组装
微生物参考基因组
Nature子刊:高达20万个微生物的人类肠道微生物组参考基因组集
人类肠道微生物组与人类健康和疾病有关的重要表型密切相关。 缺乏足够微生物多样性的完整参考基因组,妨碍了对微生物组中单个物种的作用及其功能和相互作用的理解。因此,建立微生物参考基因组和基因的整合数据库,是准确表征肠道微生物物种分类和功能的重要步骤。本文生成了代表人类肠道微生物组的20万个基因组和1.71亿个蛋白质序列的基因集,其中的4,644个物种中,有71%缺乏培养的菌株,表明大多数微生物仍有待实验表征。本研究获得的高质量参考基因组集可极大提高宏基因组研究的分辨率和准确性,对人类肠道微生物组与表型的关联分析提供了数据基础。遥想十年前Science和Nature发表的微生物组里程碑研究中鉴定出的178个微生物基因组和330万个微生物基因(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070911392)(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1083232040),这十年间科学家们在微生物组参考基因集方面的进展速度可谓是呈指数级增长。
微生物参考基因组
肠道微生物组
UHGP
功能注释
宏基因组组装基因组